| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 MICRORNA的生成及代谢 | 第12-34页 |
| 1.1 引言 | 第12页 |
| 1.2 非编码RNA的功能 | 第12-17页 |
| 1.2.1 参与蛋白质的翻译过程 | 第12-13页 |
| 1.2.2 参与mRNA的剪切过程 | 第13页 |
| 1.2.3 参与DNA的复制过程 | 第13页 |
| 1.2.4 参与基因的表观调控 | 第13-15页 |
| 1.2.4.1 反式调控 | 第14页 |
| 1.2.4.2 顺式调控 | 第14-15页 |
| 1.2.5 参与细胞免疫防御 | 第15页 |
| 1.2.6 参与调控染色体的结构 | 第15页 |
| 1.2.7 非编码RNA的分类 | 第15-17页 |
| 1.3 MICRORNA的生成及代谢 | 第17-34页 |
| 1.3.1 miRNA的命名规则 | 第17页 |
| 1.3.2 miRNA的生成 | 第17-25页 |
| 1.3.2.1 miRNA的转录过程 | 第18页 |
| 1.3.2.2 miRNA的核内加工过程 | 第18-21页 |
| 1.3.2.3 pre-miRNA由细胞核输出到细胞质过程 | 第21-22页 |
| 1.3.2.4 pre-miRNA在细胞质中的加工过程 | 第22-25页 |
| 1.3.3 Mirtron | 第25-28页 |
| 1.3.3.1 Mirtron的发现及其miRNA的生成途径 | 第25-26页 |
| 1.3.3.2 哺乳动物细胞中的mirtron | 第26页 |
| 1.3.3.3 3'端和5'端tailed mirtron | 第26-28页 |
| 1.3.4 miRNA的降解 | 第28-34页 |
| 1.3.4.1 mRNA的降解过程 | 第28-31页 |
| 1.3.4.2 DIS3L2依赖的miRNA降解过程 | 第31-34页 |
| 第2章 尿嘧啶化(URIDYLATION)修饰 | 第34-54页 |
| 2.1 尿嘧啶化(URIDYLATION)的功能 | 第34-38页 |
| 2.1.1 Small RNA3'末端尿嘧啶化修饰 | 第34-35页 |
| 2.1.2 组蛋白mRNA 3'端尿嘧啶化介导的mRNA代谢 | 第35-36页 |
| 2.1.3 miRNA介导的5'cleavage产物的尿嘧啶化 | 第36页 |
| 2.1.4 U6 snRNA的尿嘧啶化修饰 | 第36页 |
| 2.1.5 pre-miRNA的尿嘧啶化(uridylation) | 第36-37页 |
| 2.1.6 其它尿嘧啶化修饰情况 | 第37-38页 |
| 2.2 尿嘧啶转移酶(URIDYLYLTRANSFERASE) | 第38-46页 |
| 2.2.1 裂殖酵母中的尿嘧啶转移酶—Cid1 | 第38-41页 |
| 2.2.2 锥虫TUT4、RET1和人源TUT1、TUT7的结构和功能 | 第41-44页 |
| 2.2.3 果蝇中尿嘧啶转移酶Tailor | 第44-46页 |
| 参考文献 | 第46-54页 |
| 第3章 材料与方法 | 第54-84页 |
| 3.1 果蝇蛋白质TAILOR和DIS3L2(CG16940)基因的克隆 | 第54-69页 |
| 3.1.1 果蝇cDNA的建立 | 第54-55页 |
| 3.1.1.1 果蝇S2细胞总的RNA的提取 | 第54页 |
| 3.1.1.2 S2细胞总RNA逆转录 | 第54-55页 |
| 3.1.2 果蝇蛋白质Tailor边界的选择及克隆方法 | 第55-61页 |
| 3.1.2.1 线性化质粒制备 | 第56页 |
| 3.1.2.2 插入目的基因片段引物设计 | 第56-57页 |
| 3.1.2.3 PCR扩增目的基因片段或线性化质粒 | 第57页 |
| 3.1.2.4 琼脂糖凝胶电泳 | 第57页 |
| 3.1.2.5 琼脂糖凝胶电泳DNA片段回收 | 第57-58页 |
| 3.1.2.6 重组反应 | 第58页 |
| 3.1.2.7 感受态细胞制备 | 第58-59页 |
| 3.1.2.8 质粒转化 | 第59页 |
| 3.1.2.9 单克隆鉴定 | 第59-60页 |
| 3.1.2.10 突变体构建 | 第60-61页 |
| 3.1.3 果蝇蛋白质DmDis312(CG16940)表达及克隆方法 | 第61-69页 |
| 3.1.3.1 重组pFastBac质粒构建 | 第63-64页 |
| 3.1.3.2 重组Bacmid的构建 | 第64-65页 |
| 3.1.3.3 重组bacmid质粒抽提 | 第65页 |
| 3.1.3.4 重组bacmid的鉴定 | 第65-67页 |
| 3.1.3.5 重组杆状病毒获取 | 第67页 |
| 3.1.3.6 P1代病毒获取 | 第67-68页 |
| 3.1.3.7 P2代病毒获取 | 第68页 |
| 3.1.3.8 目的蛋白质的表达 | 第68-69页 |
| 3.2 蛋白质样品制备 | 第69-72页 |
| 3.2.1 6XHis标签融合蛋白质表达 | 第69页 |
| 3.2.2 6XHis标签融合蛋白质纯化 | 第69-71页 |
| 3.2.3 蛋白质样品的精细纯化 | 第71-72页 |
| 3.3 PRE-MIR-1003 RNA转录 | 第72-77页 |
| 3.3.1 RNA体外转录模板获取 | 第72-73页 |
| 3.3.2 优化转录体系 | 第73-74页 |
| 3.3.3 变性PAGE或native PAGE判断体外转录情况 | 第74-76页 |
| 3.3.4 RNA大量转录 | 第76-77页 |
| 3.4 TAILOR3'端加POLYU酶活实验 | 第77-78页 |
| 3.5 蛋白质及蛋白质-核酸晶体获取 | 第78-80页 |
| 3.5.1 晶体生长条件初筛 | 第78-79页 |
| 3.5.2 晶体出晶条件优化 | 第79-80页 |
| 3.6 晶体数据收集及结构解析 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-84页 |
| 第4章 TAILOR结构功能研究 | 第84-120页 |
| 4.1 果蝇蛋白质TAILOR边界选择 | 第84-86页 |
| 4.2 果蝇蛋白质TAILOR截短边界的表达 | 第86-87页 |
| 4.3 果蝇蛋白质TAILOR对底物RNA3'末端核苷酸的选择性 | 第87-88页 |
| 4.4 TAILOR_(202-560)和TAILOR_(202-560)-RNA复合物结构 | 第88页 |
| 4.5 TAILOR202-560结构描述 | 第88-90页 |
| 4.6 TAILOR与同源蛋白质结构比较 | 第90-92页 |
| 4.7 TAILOR-AGU及TAILOR-AGUU复合物结构描述 | 第92-97页 |
| 4.8 核酸AGUU及AGU与蛋白质TAILOR的相互作用分析 | 第97-100页 |
| 4.9 TAILOR-RNA复合物结构与TAILOR单体结构比对 | 第100-103页 |
| 4.10 TAILOR对RNA底物3'端核苷酸偏好性的分子机理 | 第103-104页 |
| 4.11 TAILOR特异性识别3'末端G的保守性分析 | 第104-106页 |
| 4.12 TAILOR- MIRTRON的结合模式 | 第106-109页 |
| 4.13 小结 | 第109页 |
| 4.14 缺陷与展望 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-120页 |
| 附录 晶体衍射数据的收集及处理 | 第120-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第129页 |
