| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-22页 |
| 1.1 鱼类性别决定及分化机制的研究进展 | 第12-13页 |
| 1.1.1 遗传性别决定模式 | 第12页 |
| 1.1.2 环境性别决定模式 | 第12-13页 |
| 1.2 高通量测序技术在鱼类研究中的应用 | 第13-17页 |
| 1.2.1 高通量测序在鱼类基因组研究中的应用 | 第13-15页 |
| 1.2.2 转录组在鱼类性别研究中的概况 | 第15-16页 |
| 1.2.3 MicroRNA在鱼类性别研究中的概况 | 第16-17页 |
| 1.3 Piwi基因研究进展 | 第17-19页 |
| 1.3.1 Piwi基因概述 | 第17-18页 |
| 1.3.2 鱼类Piwi基因研究进展 | 第18-19页 |
| 1.4 研究目的、意义和主要内容 | 第19-21页 |
| 1.4.1 研究目的和意义 | 第19页 |
| 1.4.2 研究的主要内容 | 第19-21页 |
| 1.5 技术路线 | 第21-22页 |
| 第2章 河川沙塘鳢性腺mRNA-seq和miRNA-seq联合分析 | 第22-48页 |
| 2.1 实验材料、仪器及试剂 | 第22-23页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第22页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第22-23页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-31页 |
| 2.2.1 河川沙塘鳢性腺发育时期鉴定 | 第23页 |
| 2.2.2 总RNA提取与质量检测 | 第23-24页 |
| 2.2.3 转录组cDNA文库构建及测序 | 第24页 |
| 2.2.4 miRNA组cDNA文库构建及测序 | 第24页 |
| 2.2.5 转录组数据预处理 | 第24-25页 |
| 2.2.6 Trinity拼接 | 第25页 |
| 2.2.7 基因功能注释 | 第25页 |
| 2.2.8 GO分类注释分类与KEGG分类注释 | 第25页 |
| 2.2.9 转录组表达分析 | 第25-26页 |
| 2.2.10 SNP查找和分析 | 第26页 |
| 2.2.11 miRNA组数据分析 | 第26页 |
| 2.2.12 第一链cDNA的合成(mRNA验证) | 第26页 |
| 2.2.13 实时荧光定量PCR(mRNA验证) | 第26-28页 |
| 2.2.14 miRNA实时荧光定量PCR验证 | 第28-30页 |
| 2.2.15 SNP位点PCR验证 | 第30-31页 |
| 2.3 实验结果 | 第31-45页 |
| 2.3.1 河川沙塘鳢性腺HE染色 | 第31-32页 |
| 2.3.2 转录组测序和拼接分析 | 第32-34页 |
| 2.3.3 转录组测序功能注释和分类 | 第34页 |
| 2.3.4 河川沙塘鳢精巢与卵巢表达谱差异分析 | 第34-38页 |
| 2.3.5 miRNA测序质控及分析 | 第38-40页 |
| 2.3.6 精巢与卵巢差异miRNA分析 | 第40-42页 |
| 2.3.7 转录组与miRNA组联合分析 | 第42页 |
| 2.3.8 mRNA与miRNA的qRT-PCR验证 | 第42-44页 |
| 2.3.9 SNP位点检测及验证 | 第44-45页 |
| 2.4 讨论 | 第45-48页 |
| 第3章 河川沙塘鳢Piwil1和Piwil2基因的克隆与生物信息学分析 | 第48-59页 |
| 3.1 实验材料、仪器及试剂 | 第48页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第48页 |
| 3.1.2 主要仪器设备 | 第48页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第48页 |
| 3.2 实验方法 | 第48-50页 |
| 3.2.1 总RNA提取与质量检测 | 第48页 |
| 3.2.2 cDNA的合成 | 第48页 |
| 3.2.3 河川沙塘鳢Piwil1与Piwil2基因cDNA全长的克隆 | 第48-50页 |
| 3.2.4 河川沙塘鳢Piwil1与Piwil2基因的生物信息学分析 | 第50页 |
| 3.2.5 河川沙塘鳢Piwil1与Piwil2基因组织分布检测 | 第50页 |
| 3.3 实验结果 | 第50-57页 |
| 3.3.1 河川沙塘鳢Piwil1与Piwil2基因cDNA全长分析 | 第50-53页 |
| 3.3.2 河川沙塘鳢Piwil1与Piwil2蛋白多重序列比较分析 | 第53-56页 |
| 3.3.3 河川沙塘鳢Piwil1与Piwil2系统进化分析 | 第56页 |
| 3.3.4 河川沙塘鳢Piwil1与Piwil2组织表达分布 | 第56-57页 |
| 3.4 讨论 | 第57-59页 |
| 第4章 河川沙塘鳢Piwil1和Piwil2基因在性腺发育不同时期表达模式分析 | 第59-69页 |
| 4.1 实验材料、仪器与试剂 | 第59-60页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第59页 |
| 4.1.2 实验仪器设备 | 第59页 |
| 4.1.3 实验试剂 | 第59-60页 |
| 4.2 实验方法 | 第60-61页 |
| 4.2.1 河川沙塘鳢不同发育时期性腺指数及HE染色 | 第60页 |
| 4.2.2 河川沙塘鳢不同发育时期性腺总RNA提取及cDNA合成 | 第60页 |
| 4.2.3 荧光定量PCR检测Piwil1及Piwil2基因mRNA表达量 | 第60页 |
| 4.2.4 蛋白质免疫印迹 | 第60-61页 |
| 4.2.5 免疫组化 | 第61页 |
| 4.3 实验结果 | 第61-68页 |
| 4.3.1 河川沙塘鳢不同发育时期性腺指数及HE染色 | 第61-63页 |
| 4.3.2 河川沙塘鳢性腺发育不同时期Piwil1与Piwil2基因mRNA表达量 | 第63-64页 |
| 4.3.3 河川沙塘鳢性腺发育不同时期Piwil1与Piwil2蛋白表达量 | 第64-65页 |
| 4.3.4 河川沙塘鳢性腺发育不同时期Piwil1与Piwil2蛋白表达定位 | 第65-68页 |
| 4.4 讨论 | 第68-69页 |
| 第5章 激素刺激下河川沙塘鳢性腺Piwil1和Piwil2基因表达模式分析 | 第69-73页 |
| 5.1 实验材料、仪器与试剂 | 第69页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第69页 |
| 5.1.2 实验仪器设备 | 第69页 |
| 5.1.3 实验试剂 | 第69页 |
| 5.2 实验方法 | 第69-70页 |
| 5.2.1 激素处理后河川沙塘鳢性腺总RNA的提取及cDNA合成 | 第69页 |
| 5.2.2 荧光定量PCR检测河川沙塘鳢Piwil1和Piwil2基因的表达量 | 第69页 |
| 5.2.3 蛋白质免疫印记检测河川沙塘鳢Piwil1和Piwil2蛋白表达量 | 第69-70页 |
| 5.3 实验结果 | 第70-72页 |
| 5.3.1 激素处理后河川沙塘鳢Piwil1和Piwil2基因的表达量 | 第70-71页 |
| 5.3.2 激素处理后河川沙塘鳢Piwil1和Piwil2蛋白的表达量 | 第71-72页 |
| 5.4 讨论 | 第72-73页 |
| 第6章 小结 | 第73-75页 |
| 6.1 河川沙塘鳢性腺mRNA-seq与miRNA-seq的联合分析 | 第73页 |
| 6.2 河川沙塘鳢Piwil1和Piwil2基因的分子特征与表达分析 | 第73-74页 |
| 6.3 展望 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-87页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第87-89页 |
| 致谢 | 第89页 |
