六种天牛线粒体全基因组测定和分析
| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 前言 | 第10-18页 |
| 1.1 线粒体 | 第10页 |
| 1.2 线粒体基因组 | 第10-11页 |
| 1.2.1 线粒体基因组特征 | 第10页 |
| 1.2.2 线粒体基因组结构特征 | 第10-11页 |
| 1.3 线粒体基因组测序 | 第11-13页 |
| 1.3.1 线粒体测序的研究进展 | 第11-12页 |
| 1.3.2 线粒体基因组拼接注释 | 第12-13页 |
| 1.4 比较基因组学及分子系统学研究 | 第13页 |
| 1.5 天牛科系统发育研究进展 | 第13-15页 |
| 1.6 研究物种介绍 | 第15-17页 |
| 1.7 研究目的及意义 | 第17-18页 |
| 第2章 研究材料与方法 | 第18-26页 |
| 2.1 研究材料 | 第18-19页 |
| 2.1.1 样本材料 | 第18页 |
| 2.1.2 主要仪器与试剂 | 第18-19页 |
| 2.2 研究方法 | 第19-26页 |
| 2.2.1 DNA的提取与检测 | 第19-21页 |
| 2.2.2 引物设计和PCR扩增 | 第21页 |
| 2.2.3 样品的DNA纯化及DNA文库构建 | 第21-22页 |
| 2.2.4 高通量测序 | 第22-23页 |
| 2.2.5 序列组装及注释 | 第23-24页 |
| 2.2.6 比较基因组分析 | 第24页 |
| 2.2.7 系统发育分析 | 第24-26页 |
| 第3章 六种天牛全线粒体基因组分析 | 第26-70页 |
| 3.1 天牛亚科三个物种的线粒体基因组 | 第26-41页 |
| 3.1.1 基因组结构 | 第26-27页 |
| 3.1.2 基因的间隔区与重复区 | 第27页 |
| 3.1.3 碱基组成 | 第27页 |
| 3.1.4 蛋白质编码基因 | 第27-33页 |
| 3.1.5 tRNA基因与rRNA基因 | 第33页 |
| 3.1.6 A+T富集区 | 第33-41页 |
| 3.2 锯天牛线粒体基因组 | 第41-49页 |
| 3.2.1 基因组结构 | 第41页 |
| 3.2.2 基因的间隔区与重叠区 | 第41-43页 |
| 3.2.3 碱基组成 | 第43页 |
| 3.2.4 蛋白质编码基因 | 第43-47页 |
| 3.2.5 tRNA基因与rRNA基因 | 第47页 |
| 3.2.6 A+T丰富区 | 第47-49页 |
| 3.3 桑并脊天牛线粒体基因组 | 第49-55页 |
| 3.3.1 基因组结构 | 第49页 |
| 3.3.2 基因的间隔区与重叠区 | 第49-51页 |
| 3.3.3 碱基组成 | 第51页 |
| 3.3.4 蛋白质编码基因 | 第51-54页 |
| 3.3.5 tRNA与rRNA基因 | 第54页 |
| 3.3.6 A+T丰富区 | 第54-55页 |
| 3.4 褐梗天牛线粒体基因组 | 第55-62页 |
| 3.4.1 基因组结构 | 第55-56页 |
| 3.4.2 基因的间隔区与重叠区 | 第56-57页 |
| 3.4.3 碱基组成 | 第57-58页 |
| 3.4.4 蛋白质编码基因 | 第58-61页 |
| 3.4.5 tRNA基因与rRNA基因 | 第61页 |
| 3.4.6 A+T丰富区 | 第61-62页 |
| 3.5 六种天牛科线粒体基因组比较 | 第62-70页 |
| 3.5.1 线粒体基因组结构 | 第62-63页 |
| 3.5.2 线粒体基因组碱基组成 | 第63-64页 |
| 3.5.3 蛋白质编码基因 | 第64-70页 |
| 第4章 天牛科线粒体基因组学比较研究 | 第70-80页 |
| 4.1 线粒体基因组序列总长度 | 第71-72页 |
| 4.2 天牛科线粒体基因组的间隔区和重叠区 | 第72-73页 |
| 4.3 碱基组成 | 第73-74页 |
| 4.4 蛋白编码基因长度的变化 | 第74-76页 |
| 4.5 蛋白质编码基因密码子使用情况 | 第76-80页 |
| 4.5.1 蛋白编码基因起始密码子 | 第76-77页 |
| 4.5.2 蛋白质编码基因终止密码子 | 第77-78页 |
| 4.5.3 蛋白质编码基因进化速率 | 第78-80页 |
| 第5章 天牛科系统发育分析 | 第80-88页 |
| 5.1 序列组成分析 | 第80-82页 |
| 5.2 遗传距离分析 | 第82页 |
| 5.3 序列异质性分析 | 第82页 |
| 5.4 碱基替换饱和分析 | 第82-83页 |
| 5.5 系统树构建的结果及讨论 | 第83-88页 |
| 5.5.1 结果 | 第83-84页 |
| 5.5.2 讨论 | 第84-88页 |
| 第6章 总结 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-98页 |
| 附录 | 第98-100页 |
| 致谢 | 第100-102页 |
| 攻读硕士学位期间研究成果 | 第102页 |
