| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第12-25页 |
| 1.1 植物根际促生菌(PGPR) | 第12-16页 |
| 1.1.1 PGPR促进植物生长的作用 | 第13-15页 |
| 1.1.1.1 植物中的非生物胁迫耐受性 | 第13-14页 |
| 1.1.1.2 植物摄取的营养供应 | 第14页 |
| 1.1.1.3 植物生长调节剂 | 第14页 |
| 1.1.1.4 产生铁载体 | 第14-15页 |
| 1.1.1.5 产生挥发性有机化合物 | 第15页 |
| 1.1.1.6 产生酶 | 第15页 |
| 1.1.2 PGPR用作生物肥料 | 第15-16页 |
| 1.2 根系分泌物 | 第16-19页 |
| 1.2.1 根系分泌物作为植物和微生物之间的信号 | 第17-18页 |
| 1.2.2 根系分泌物的组成及分析方法 | 第18-19页 |
| 1.3 多粘类芽孢杆菌 | 第19-20页 |
| 1.3.1 多粘类芽孢杆菌SC | 第19-20页 |
| 1.4 细菌定殖和趋化性 | 第20-21页 |
| 1.4.1 细菌定殖 | 第20页 |
| 1.4.2 细菌趋化性 | 第20-21页 |
| 1.5 转录组测序 | 第21-23页 |
| 1.6 本研究的目的及意义 | 第23页 |
| 1.7 研究内容和技术路线 | 第23-25页 |
| 1.7.1 研究内容 | 第23-24页 |
| 1.7.2 技术路线 | 第24-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-33页 |
| 2.1 材料 | 第25-27页 |
| 2.1.1 辣椒 | 第25页 |
| 2.1.2 供试菌株 | 第25页 |
| 2.1.3 培养基 | 第25页 |
| 2.1.4 生化试剂及仪器 | 第25-26页 |
| 2.1.5 引物 | 第26-27页 |
| 2.2 方法 | 第27-33页 |
| 2.2.1 辣椒种子的消毒与培养 | 第27页 |
| 2.2.2 辣椒植株根系分泌物的收集 | 第27页 |
| 2.2.3 辣椒根系分泌物的成分分析 | 第27-28页 |
| 2.3.3.1 样本前处理 | 第27-28页 |
| 2.3.3.2 气相色谱-质谱分析条件 | 第28页 |
| 2.2.4 SC2对辣椒根系分泌物及其中单一成分趋化性的定性分析 | 第28页 |
| 2.2.5 能够为SC2提供碳源和氮源的物质分析 | 第28-29页 |
| 2.2.6 多粘类芽孢杆菌SC2应答辣椒根系分泌物的转录组测序分析 | 第29-31页 |
| 2.2.6.1 多粘类芽孢杆菌SC2响应辣椒根系分泌物的时间选择 | 第29页 |
| 2.2.6.2 多粘类芽孢杆菌SC2应答辣椒根系分泌物的转录组分析 | 第29页 |
| 2.2.6.3 总RNA提取 | 第29-30页 |
| 2.2.6.4 SC2总RNA质量分析 | 第30-31页 |
| 2.2.6.5 文库制备和IlluminaHiSeq4000测序 | 第31页 |
| 2.2.6.6 差异表达分析和功能富集 | 第31页 |
| 2.2.7 实时荧光定量PCR | 第31-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-53页 |
| 3.1 辣椒幼苗的培养 | 第33页 |
| 3.2 辣椒根系分泌物成分 | 第33-36页 |
| 3.3 多粘类芽孢杆菌SC2对辣椒根系分泌物的趋化性 | 第36-40页 |
| 3.3.1 SC2对辣椒根系分泌物总成分趋化性检测结果 | 第36-37页 |
| 3.3.2 SC2对单一组分趋化性检测结果 | 第37-40页 |
| 3.4 多粘类芽孢杆菌SC2对辣椒根系分泌物以及单一成分的利用分析 | 第40-42页 |
| 3.4.1 SC2对根系分泌物的利用情况 | 第40页 |
| 3.4.2 能够为SC2提供碳源和氮源的物质分析 | 第40-42页 |
| 3.4.2.1 能够为SC2提供碳源的物质检测结果 | 第41页 |
| 3.4.2.2 能够为SC2提供氮源的物质检测结果 | 第41-42页 |
| 3.5 SC2响应辣椒根系分泌物的时间选择 | 第42-43页 |
| 3.6 多粘类芽孢杆菌SC2应答辣椒根系分泌物的转录组分析 | 第43-52页 |
| 3.6.1 SC2总RNA质量分析 | 第43-44页 |
| 3.6.1.1 样品检测 | 第43页 |
| 3.6.1.2 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第43-44页 |
| 3.6.1.3 菌种鉴定检测 | 第44页 |
| 3.6.2 转录组测序质量分析 | 第44-45页 |
| 3.6.3 与参考基因组比对分析 | 第45-46页 |
| 3.6.4 转录组整体质量评估 | 第46-47页 |
| 3.6.5 基因表达分析 | 第47-52页 |
| 3.7 通过实时荧光定量PCR验证RNA-Seq的结果 | 第52-53页 |
| 4 讨论 | 第53-59页 |
| 5 结论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-71页 |
| 致谢 | 第71页 |
