| 中文摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第一章 序言 | 第8-11页 |
| 1.1 下一代测序技术的背景介绍 | 第8-9页 |
| 1.2 本课题的研究目的和意义 | 第9-10页 |
| 1.3 国内外的研究现状 | 第10-11页 |
| 第二章 现有的下一代测序相关数据格式及转换方法 | 第11-28页 |
| 2.1 引言 | 第11页 |
| 2.2 现有的下一代测序相关数据格式 | 第11-22页 |
| 2.2.1 序列质量分数相关格式 | 第12-15页 |
| 2.2.2 序列比对相关格式 | 第15-17页 |
| 2.2.3 序列组装相关格式 | 第17-18页 |
| 2.2.4 突变相关格式 | 第18-19页 |
| 2.2.5 序列注释及可视化相关格式 | 第19-22页 |
| 2.3 数据格式转换软件 NGS-FC | 第22-26页 |
| 2.3.1 NGS-FC 软件概况 | 第22页 |
| 2.3.2 NGS-FC 功能 | 第22-26页 |
| 2.3.3 NGS-FC 源代码说明 | 第26页 |
| 2.4 转换工具比较 | 第26-27页 |
| 2.5 本章小结 | 第27-28页 |
| 第三章 基于下一代测序数据表现和交换的全能格式及转换工具 | 第28-47页 |
| 3.1 引言 | 第28页 |
| 3.2 整合方法和模型框架 | 第28-38页 |
| 3.2.1 数据模型框架 | 第28-30页 |
| 3.2.2 格式内容 | 第30-37页 |
| 3.2.3 格式特点 | 第37-38页 |
| 3.3 数据格式比较和性能测试 | 第38-41页 |
| 3.4 转换工具 NGSMLEditor | 第41-46页 |
| 3.4.1 NGSMLEditor 软件概况 | 第41-43页 |
| 3.4.2 NGSMLEditor 功能 | 第43-45页 |
| 3.4.3 NGSMLEditor 源代码说明 | 第45-46页 |
| 3.5 本章小结 | 第46-47页 |
| 第四章 POMA 流程的自动化实现及 NGSML 的应用 | 第47-58页 |
| 4.1 引言 | 第47页 |
| 4.2 POMA 流程简介 | 第47-49页 |
| 4.3 小 RNA 预测软件 POMA | 第49-55页 |
| 4.3.1 POMA 软件概况 | 第49-50页 |
| 4.3.2 POMA 功能 | 第50-55页 |
| 4.3.3 POMA 源代码说明 | 第55页 |
| 4.4 NGSML 在 POMA 中的应用 | 第55-57页 |
| 4.5 本章小结 | 第57-58页 |
| 第五章 结论与展望 | 第58-60页 |
| 5.1 结论 | 第58页 |
| 5.2 进一步工作展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |
| 附录一 | 第64-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |