| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第13-31页 |
| 1.1 蛋白质的概念 | 第14-15页 |
| 1.2 基于质谱的蛋白质组学 | 第15-20页 |
| 1.2.1 蛋白质分离技术 | 第16-18页 |
| 1.2.2 质谱检测原理 | 第18-20页 |
| 1.3 常用的蛋白质组学定性方法 | 第20-25页 |
| 1.3.1 肽指纹图谱法 | 第21页 |
| 1.3.2 肽段与谱图的匹配 | 第21-22页 |
| 1.3.3 肽段-谱图匹配的质量控制 | 第22-24页 |
| 1.3.4 蛋白质的组装与质量控制 | 第24-25页 |
| 1.4 蛋白质组学定量方法 | 第25-26页 |
| 1.5 现有的蛋白质组学数据平台比较 | 第26-30页 |
| 1.5.1 质谱数据托管平台 | 第27-28页 |
| 1.5.2 现有的蛋白质组学数据分析工具集 | 第28-29页 |
| 1.5.3 现有的蛋白质组学生物信息分析工具 | 第29-30页 |
| 1.6 本章小结 | 第30-31页 |
| 第2章 蛋白质组学数据分析云系统总体架构 | 第31-33页 |
| 2.1 研究背景 | 第31页 |
| 2.2 Firmiana平台总体架构 | 第31-33页 |
| 第3章 元数据及原始数据管理模块 | 第33-41页 |
| 3.1 研究背景 | 第33-35页 |
| 3.1.1 元数据 | 第34页 |
| 3.1.2 原始数据 | 第34-35页 |
| 3.2 元数据管理模块的部署 | 第35-36页 |
| 3.3 质谱原始数据管理模块的部署 | 第36-39页 |
| 3.3.1 原始数据收集管理 | 第36-37页 |
| 3.3.2 基于多中心的数据备份策略 | 第37-39页 |
| 3.4 数据托管模块 | 第39-40页 |
| 3.4.1 研究背景 | 第39页 |
| 3.4.2 数据托管模块部署 | 第39-40页 |
| 3.5 本章小结 | 第40-41页 |
| 第4章 基于Galaxy的自动化数据处理模块 | 第41-51页 |
| 4.0 Galaxy平台简介 | 第41页 |
| 4.1 文件格式转换 | 第41-42页 |
| 4.2 基于质谱数据蛋白质组学数据定量分析 | 第42-45页 |
| 4.2.1 常用的蛋白质理论数据库搜索引擎及整合工具 | 第42-43页 |
| 4.2.2 肽段鉴定 | 第43-44页 |
| 4.2.3 蛋白质组装及质量控制 | 第44-45页 |
| 4.3 基于质谱的蛋白质组学定量 | 第45-48页 |
| 4.3.1 无标定量 | 第45-46页 |
| 4.3.2 有标定量 | 第46-48页 |
| 4.4 基于超级计算机的并行化程序优化 | 第48-49页 |
| 4.4.1 背景介绍 | 第48页 |
| 4.4.2 Firmiana中的并行化程序部署 | 第48-49页 |
| 4.5 本章小结 | 第49-51页 |
| 第5章 综合数据分析和可视化模块 | 第51-71页 |
| 5.1 系统架构 | 第51-52页 |
| 5.2 基本数据展示 | 第52-54页 |
| 5.3 多实验综合分析平台 | 第54-60页 |
| 5.3.1 研究背景 | 第54-56页 |
| 5.3.2 多实验综合分析模块部署 | 第56-60页 |
| 5.4 多组学数据综合分析和可视化模块 | 第60-63页 |
| 5.4.1 研究背景 | 第60-61页 |
| 5.4.2 多组学数据比较和可视化模块的部署 | 第61-63页 |
| 5.5 应用程序接口及数据挖掘 | 第63-67页 |
| 5.5.1 应用程序接口介绍 | 第63-64页 |
| 5.5.2 Firmiana扩展接口开发及应用 | 第64-67页 |
| 5.6 数据挖掘及可视化模块部署 | 第67-70页 |
| 5.6.1 蛋白质分布的情况 | 第68-69页 |
| 5.6.2 蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 第69-70页 |
| 5.7 本章小结 | 第70-71页 |
| 第6章 基于超短动态排除周期的质谱定量模块 | 第71-85页 |
| 6.1 研究背景 | 第71-73页 |
| 6.1.1 基于动态排除周期的质谱方法 | 第71-72页 |
| 6.1.2 基于子离子的定量方法 | 第72-73页 |
| 6.2 基于超短动态排除周期的质谱定量算法开发 | 第73-83页 |
| 6.2.1 材料与方法 | 第73-77页 |
| 6.2.2 实验结果 | 第77-83页 |
| 6.3 本章小结 | 第83-85页 |
| 第7章 讨论与展望 | 第85-89页 |
| 7.1 讨论 | 第85-86页 |
| 7.2 展望 | 第86-89页 |
| 参考文献 | 第89-93页 |
| 后记 | 第93-94页 |
| 个人简历 | 第94页 |
| 发表的学术论文与研究成果 | 第94页 |