| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第11-33页 |
| 1.1 异毛远盲蚓的研究价值 | 第11-12页 |
| 1.2 致病菌E. coli O157：H7的污染现状 | 第12-14页 |
| 1.2.1 E. coli O157：H7的致病机理 | 第12页 |
| 1.2.2 E. coli O157：H7的传播途径及危害 | 第12-13页 |
| 1.2.3 E. coli O157：H7的防控 | 第13页 |
| 1.2.4 蚯蚓对E.coli O157：H7的消除作用 | 第13-14页 |
| 1.3 蚯蚓的自身免疫系统研究 | 第14-17页 |
| 1.3.1 蚯蚓的体壁屏障 | 第14-15页 |
| 1.3.2 蚯蚓的细胞免疫 | 第15-16页 |
| 1.3.3 蚯蚓的体液免疫 | 第16-17页 |
| 1.3.4 蚯蚓自身免疫系统的应激性 | 第17页 |
| 1.4 蚯蚓免疫系统的转录组学研究 | 第17-20页 |
| 1.4.1 一代测序技术在蚯蚓免疫相关基因研究中的应用 | 第18页 |
| 1.4.2 二代测序技术在蚯蚓免疫相关基因研究中的应用 | 第18-19页 |
| 1.4.3 利用二代测序技术对蚯蚓转录组进行检测的基本流程 | 第19-20页 |
| 1.5 蚯蚓免疫系统的蛋白组学研究 | 第20-26页 |
| 1.5.1 蛋白质组学研究相关技术 | 第20-22页 |
| 1.5.2 基于层析技术的蚯蚓蛋白质组学研究 | 第22-25页 |
| 1.5.3 基于2-DE和质谱技术的蚯蚓蛋白质组学研究 | 第25页 |
| 1.5.4 iTRAQ技术在蚯蚓免疫相关蛋白研究中的应用 | 第25-26页 |
| 1.6 蚯蚓生态免疫防御体系的研究 | 第26-30页 |
| 1.6.1 肠道菌群协同防御的研究进展 | 第26-27页 |
| 1.6.2 蚯蚓的生态免疫防御体系假说 | 第27页 |
| 1.6.3 蚯蚓肠道微生物的研究进展 | 第27-28页 |
| 1.6.4 蚯蚓肠道细菌群落“协同免疫”的研究方法 | 第28-30页 |
| 1.7 本研究的意义、研究内容和技术路线 | 第30-33页 |
| 1.7.1 本研究的目的与意义 | 第30页 |
| 1.7.2 研究内容 | 第30-32页 |
| 1.7.3 技术路线 | 第32-33页 |
| 第二章 异毛远盲蚓在E. coli O157：H7胁迫下的差异表达基因研究 | 第33-65页 |
| 2.1 材料与方法 | 第33-39页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第33-34页 |
| 2.1.2 供试菌株 | 第34页 |
| 2.1.3 供试基质的制备 | 第34页 |
| 2.1.4 实验设置及取样方法 | 第34-35页 |
| 2.1.5 蚯蚓组织总RNA的提取 | 第35-36页 |
| 2.1.6 mRNA的纯化 | 第36-37页 |
| 2.1.7 测序数据的质量分析及过滤 | 第37-38页 |
| 2.1.8 转录本的拼接及功能基因注释 | 第38页 |
| 2.1.9 基因表达水平分析 | 第38页 |
| 2.1.10 样品间相关性分析 | 第38-39页 |
| 2.1.11 差异基因的表达分析 | 第39页 |
| 2.2 结果与分析 | 第39-60页 |
| 2.2.1 蚯蚓组织总RNA提取、纯化及检测 | 第39-41页 |
| 2.2.2 异毛远盲蚓转录本的构建 | 第41-45页 |
| 2.2.3 异毛远盲蚓转录本的功能分析 | 第45-53页 |
| 2.2.4 基于变化倍数的差异基因筛选 | 第53-54页 |
| 2.2.5 基于假设检验的差异表达基因的功能分析 | 第54-60页 |
| 2.3 讨论 | 第60-64页 |
| 2.3.1 异毛远盲蚓转录本的特点 | 第60-61页 |
| 2.3.2 与基础代谢和酶活性相关的基因 | 第61页 |
| 2.3.3 与蛋白泛素化相关的基因 | 第61-63页 |
| 2.3.4 与补体系统(Complement System)相关的基因 | 第63-64页 |
| 2.4 小结 | 第64-65页 |
| 第三章 异毛远盲蚓在E.coli O157：H7胁迫下的差异蛋白质组学研究 | 第65-95页 |
| 3.1 材料与方法 | 第65-70页 |
| 3.1.1 实验动物 | 第65页 |
| 3.1.2 供试菌株 | 第65-66页 |
| 3.1.3 实验基质 | 第66页 |
| 3.1.4 实验设置及取样方法 | 第66页 |
| 3.1.5 蚯蚓组织蛋白提取方法 | 第66-67页 |
| 3.1.6 蛋白质样品的酶切与标记 | 第67-68页 |
| 3.1.7 质谱分析 | 第68-69页 |
| 3.1.8 数据处理 | 第69-70页 |
| 3.2 结果与分析 | 第70-91页 |
| 3.2.1 异毛远盲蚓组织蛋白的提取 | 第70-72页 |
| 3.2.2 异毛远盲蚓蛋白质谱的定性分析 | 第72页 |
| 3.2.3 差异表达蛋白的筛选及功能分析 | 第72-83页 |
| 3.2.4 潜在的应激蛋白 | 第83-84页 |
| 3.2.5 以海蠕虫和水蛭为参考的蛋白质鉴定结果 | 第84-88页 |
| 3.2.6 异毛远盲蚓的差异转录组和差异蛋白质组联合分析 | 第88-91页 |
| 3.3 讨论 | 第91-94页 |
| 3.3.1 泛素及泛素化相关蛋白 | 第91页 |
| 3.3.2 白细胞迁移及清道夫受体 | 第91-92页 |
| 3.3.3 免疫球蛋白 | 第92-93页 |
| 3.3.4 MAPK信号通路 | 第93页 |
| 3.3.5 吞噬体(Phagosome)与溶酶体(Lysosome) | 第93页 |
| 3.3.6 补体系统(Complement System) | 第93-94页 |
| 3.4 小结 | 第94-95页 |
| 第四章 异毛远盲蚓的肠道细菌群落在E.coli O157：H7胁迫过程中的响应及机理研究 | 第95-122页 |
| 4.1 材料与方法 | 第95-104页 |
| 4.1.1 实验动物 | 第95-96页 |
| 4.1.2 供试菌株 | 第96页 |
| 4.1.3 供试基质的制备 | 第96页 |
| 4.1.4 实验设置及取样方法 | 第96-97页 |
| 4.1.5 样品总DNA的提取 | 第97-98页 |
| 4.1.6 样品中细菌总数的检测 | 第98-99页 |
| 4.1.7 样品中E. coli O157：H7数量的检测 | 第99页 |
| 4.1.8 标签基因的扩增 | 第99-100页 |
| 4.1.9 T-RFLP | 第100-102页 |
| 4.1.10 16S rRNA克隆文库 | 第102-104页 |
| 4.2 结果与分析 | 第104-118页 |
| 4.2.1 样品总DNA提取 | 第104-105页 |
| 4.2.2 各样品中E.coli O157：H7的数量检测 | 第105-108页 |
| 4.2.3 样品中细菌总数的检测 | 第108-110页 |
| 4.2.4 蚯蚓肠道菌群削减E.coli O157：H7数量的变化规律 | 第110页 |
| 4.2.5 各样品中的细菌群落结构分析(基于T-RF) | 第110-113页 |
| 4.2.6 16S rRNA基因的克隆文库构建 | 第113-115页 |
| 4.2.7 蚯蚓肠道不同部位的细菌群落对E.coli O157：H7胁迫的响应 | 第115-118页 |
| 4.3 讨论 | 第118-120页 |
| 4.3.1 蚯蚓的嗉囔和砂囊在削减E.coli O157：H7中发挥的作用 | 第118页 |
| 4.3.2 蚯蚓肠道前部的细菌群落在削减E.coli O157：H7中发挥的作用 | 第118-119页 |
| 4.3.3 蚯蚓肠道中部的细菌群落在削减E.coli O157：H7中发挥的作用 | 第119页 |
| 4.3.4 蚯蚓肠道后部的细菌群落在削减E.coli O157：H7中发挥的作用 | 第119-120页 |
| 4.3.5 蚯蚓活动对基质中E.coli O157：H7的削减作用 | 第120页 |
| 4.4 小结 | 第120-122页 |
| 第五章 异毛远盲蚓肠道细菌内稳态机制的初步研究 | 第122-138页 |
| 5.1 材料与方法 | 第122-124页 |
| 5.1.1 实验动物 | 第122页 |
| 5.1.2 供试基质的制备 | 第122-123页 |
| 5.1.3 实验设置及取样方法 | 第123-124页 |
| 5.1.4 样品总DNA的提取 | 第124页 |
| 5.1.5 样品中细菌总数的检测 | 第124页 |
| 5.1.6 T-RFLP与16S rRNA基因克隆文库 | 第124页 |
| 5.2 结果与分析 | 第124-135页 |
| 5.2.1 样品中细菌总数的检测 | 第124-126页 |
| 5.2.2 各样品中细菌群落结构分析(基于T-RF) | 第126-129页 |
| 5.2.3 蚯蚓肠道不同部位对外来细菌群落的响应 | 第129-134页 |
| 5.2.4 异毛远盲蚓肠道细菌群落的生物多样性分析 | 第134-135页 |
| 5.3 讨论 | 第135-136页 |
| 5.3.1 蚯蚓的嗉囔和砂囊对食源细菌的削减作用 | 第135页 |
| 5.3.2 蚯蚓肠道内源性菌群的群落结构特点 | 第135页 |
| 5.3.3 蚯蚓肠道内源性菌群的内稳态机制及其“归一化”效应 | 第135-136页 |
| 5.3.4 新的蚯蚓生态免疫防御体系 | 第136页 |
| 5.4 小结 | 第136-138页 |
| 第六章 结论与展望 | 第138-140页 |
| 6.1 结论 | 第138-139页 |
| 6.2 展望 | 第139页 |
| 6.3 主要创新点 | 第139-140页 |
| 参考文献 | 第140-153页 |
| 致谢 | 第153-154页 |
| 个人简历 | 第154-155页 |
