| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略词 | 第7-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-25页 |
| 1.1 棉花基因组学和生物信息学研究进展 | 第11-16页 |
| 1.1.1 棉花基因组学研究进展 | 第11-13页 |
| 1.1.2 棉花生物数据平台的现状 | 第13-15页 |
| 1.1.3 功能基因组学研究进展 | 第15-16页 |
| 1.2 植物miRNA、siRNA的合成与功能 | 第16-20页 |
| 1.2.1 植物miRNA的产生及功能 | 第16-19页 |
| 1.2.2 植物siRNA的产生及作用机制 | 第19-20页 |
| 1.3 根组织对水分胁迫响应的研究方法 | 第20-24页 |
| 1.3.1 非生物胁迫简要介绍 | 第20-21页 |
| 1.3.2 根对盐胁迫响应的调控过程 | 第21-22页 |
| 1.3.3 茉莉酸信号途径及其对水分胁迫的响应 | 第22-24页 |
| 1.4 研究的目的和意义 | 第24-25页 |
| 第二章 雷蒙德氏棉功能基因组学平台搭建 | 第25-42页 |
| 2.1 背景介绍 | 第25页 |
| 2.2 相关数据的收集及预处理 | 第25-27页 |
| 2.3 不同版本雷蒙德氏棉基因组的共线性分析 | 第27-29页 |
| 2.4 信号传导和转录调控相关的基因家族分类 | 第29-30页 |
| 2.5 蛋白互作网络的预测 | 第30-34页 |
| 2.6 miRNA及其靶基因的校对与整合 | 第34页 |
| 2.7 顺式作用元件整理及分析 | 第34-35页 |
| 2.8 GraP平台各功能模块的实现及整合 | 第35-38页 |
| 2.9 GraP平台更新 | 第38页 |
| 2.10 GraP平台应用实例分析 | 第38-40页 |
| 2.11 讨论 | 第40-42页 |
| 第三章 亚洲棉根应答盐胁迫miRNA-mRNA双色网络的功能分析 | 第42-64页 |
| 3.1 背景介绍 | 第42页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第42-50页 |
| 3.2.1 棉花的培养和处理 | 第42-43页 |
| 3.2.2 材料的收取及总RNA提取 | 第43-44页 |
| 3.2.3 小RNA测序及数据处理 | 第44-47页 |
| 3.2.4 降解组测序及数据处理 | 第47-50页 |
| 3.3 结果与分析 | 第50-62页 |
| 3.3.1 小RNA测序数据的初步处理 | 第50-51页 |
| 3.3.2 已知miRNA和新miRNA的鉴定 | 第51-52页 |
| 3.3.3 miRNA差异表达分析及qRT-PCR验证 | 第52-56页 |
| 3.3.4 利用降解组测序数据寻找miRNA靶基因 | 第56-59页 |
| 3.3.5 盐胁迫响应miRNA功能分析 | 第59-60页 |
| 3.3.6 双色网络的构建与microRNA的系统生物学功能探索 | 第60-62页 |
| 3.4 讨论 | 第62-64页 |
| 第四章 亚洲棉siRNA应答水分胁迫的初步探索 | 第64-74页 |
| 4.1 背景介绍 | 第64页 |
| 4.2 实验材料与方法 | 第64-67页 |
| 4.2.1 棉花的培养和处理 | 第64页 |
| 4.2.2 材料的收取及总RNA提取 | 第64页 |
| 4.2.3 小RNA测序及数据处理 | 第64-66页 |
| 4.2.4 亚洲棉重复序列的鉴定和相关基因的筛选 | 第66页 |
| 4.2.5 RNA-seq测序及数据处理 | 第66-67页 |
| 4.3 研究结果与分析 | 第67-73页 |
| 4.3.1 亚洲棉重复序列位点鉴定 | 第67页 |
| 4.3.2 胁迫相关的siRNA位点鉴定 | 第67-69页 |
| 4.3.3 水分胁迫相关siRNA位点的功能分析 | 第69-73页 |
| 4.4 讨论 | 第73-74页 |
| 第五章 其他参与工作：盐胁迫条件下GhJAZ6根发育调控功能的初步探索 | 第74-86页 |
| 5.1 背景介绍 | 第74页 |
| 5.2 实验方法 | 第74-77页 |
| 5.2.1 GhJAZ6过表达拟南芥株系的构建 | 第74页 |
| 5.2.2 材料的处理及总RNA提取 | 第74-75页 |
| 5.2.3 GhJAZ6过表达株系的基因型鉴定 | 第75-76页 |
| 5.2.4 RNA测序及数据处理 | 第76-77页 |
| 5.3 结果与分析 | 第77-84页 |
| 5.3.1 GhJAZ6过表达株系的构建与基因型鉴定 | 第77-80页 |
| 5.3.2 盐胁迫条件下GhJAZ6过表达株系的根表型实验分析 | 第80页 |
| 5.3.3 RNA-seq数据及基因的差异表达分析 | 第80-83页 |
| 5.3.4 差异表达基因的功能富集分析 | 第83-84页 |
| 5.4 讨论 | 第84-86页 |
| 第六章 结论与展望 | 第86-89页 |
| 6.1 结论 | 第86-87页 |
| 6.2 展望 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-103页 |
| 附录 | 第103-141页 |
| 致谢 | 第141-143页 |
| 个人简历 | 第143页 |
