| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-24页 |
| 1.1 纤维细胞起始发育 | 第13-16页 |
| 1.1.1 棉纤维起始分化及影响因素 | 第13-14页 |
| 1.1.2 棉花中与拟南芥毛状体发育相关的同源基因 | 第14-15页 |
| 1.1.3 其他纤维起始相关基因 | 第15-16页 |
| 1.2 纤维突变体及相关基因定位研究 | 第16-18页 |
| 1.2.1 纤维突变体的类型 | 第16页 |
| 1.2.2 纤维突变体的优缺点 | 第16-17页 |
| 1.2.3 纤维突变体中纤维相关基因的定位研究 | 第17-18页 |
| 1.3 转录组测序技术 | 第18-23页 |
| 1.3.1 高通量测序的发展 | 第18-21页 |
| 1.3.2 转录组测序的原理及流程 | 第21-22页 |
| 1.3.3 棉花纤维转录组学研究进展 | 第22-23页 |
| 1.4 本研究的目的及意义 | 第23-24页 |
| 第二章 亚洲棉纤维突变体DPL972中光籽基因的初步定位 | 第24-35页 |
| 2.1 材料与方法 | 第24-28页 |
| 2.1.1 实验材料与群体构建 | 第24页 |
| 2.1.2 样品采集与性状调查 | 第24页 |
| 2.1.3 棉花基因组DNA的提取 | 第24-26页 |
| 2.1.4 分子标记开发与多态性标记筛选 | 第26页 |
| 2.1.5 PCR反应体系及程序 | 第26-27页 |
| 2.1.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE） | 第27页 |
| 2.1.7 银染过程 | 第27-28页 |
| 2.1.8 构建连锁图谱 | 第28页 |
| 2.2 结果与分析 | 第28-32页 |
| 2.2.1 田间性状调查及遗传分析 | 第28-29页 |
| 2.2.2 DNA浓度及纯度的检测 | 第29-30页 |
| 2.2.3 分子标记开发 | 第30-31页 |
| 2.2.4 连锁图谱的构建 | 第31-32页 |
| 2.3 讨论 | 第32-35页 |
| 2.3.1 亚洲棉光籽基因的遗传研究及定位 | 第32页 |
| 2.3.2 利用NIL实现质量性状基因定位的利弊 | 第32-33页 |
| 2.3.3 构建多群体进行基因定位的必要性 | 第33页 |
| 2.3.4 染色体拼接与基因组优化 | 第33-35页 |
| 第三章 棉花短绒起始阶段的转录组分析 | 第35-52页 |
| 3.1 材料与方法 | 第35-38页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第35页 |
| 3.1.2 总RNA提取及检测 | 第35-36页 |
| 3.1.3 cDNA文库构建和Illumina测序 | 第36页 |
| 3.1.4 数据拼接组装 | 第36-37页 |
| 3.1.5 Unigene表达丰度计算及差异表达基因检测 | 第37页 |
| 3.1.6 差异表达基因的功能注释 | 第37页 |
| 3.1.7 实时荧光定量PCR | 第37-38页 |
| 3.2 结果与分析 | 第38-49页 |
| 3.2.1 样品质量及测序质量评估 | 第38-40页 |
| 3.2.2 比对结果统计 | 第40-42页 |
| 3.2.3 差异表达基因获得 | 第42-44页 |
| 3.2.4 差异表达基因的功能富集分析 | 第44-47页 |
| 3.2.5 差异表达基因qRT-PCR验证 | 第47-48页 |
| 3.2.6 染色体A08上差异表达基因分析 | 第48-49页 |
| 3.3 讨论 | 第49-52页 |
| 3.3.1 棉花转录组测序及组装策略 | 第49-50页 |
| 3.3.2 差异表达基因的生物学过程分析 | 第50-51页 |
| 3.3.3 纤维起始相关的特异表达分析 | 第51-52页 |
| 第四章 全文结论 | 第52-54页 |
| 参考文献 | 第54-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 个人简历 | 第62页 |
