| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-18页 |
| 1.1 分子动力学模拟 | 第10-13页 |
| 1.1.1 力场 | 第10-12页 |
| 1.1.2 积分求解 | 第12页 |
| 1.1.3 分子动力学模拟中一些其它的说明 | 第12-13页 |
| 1.2 Bam复合体 | 第13-18页 |
| 1.2.1 Bam复合体的拓扑结构 | 第13页 |
| 1.2.2 Bam复合体的工作机制 | 第13-14页 |
| 1.2.3 关于BamA | 第14-18页 |
| 第2章 实验方法 | 第18-27页 |
| 2.1 BamA分子动力学模拟体系的构建 | 第18-24页 |
| 2.1.1 全原子体系的构建 | 第18-20页 |
| 2.1.2 粗粒化体系的构建 | 第20-24页 |
| 2.2 模拟体系分析方法的介绍 | 第24-27页 |
| 2.2.1 基本分析 | 第24页 |
| 2.2.2 主成分分析 | 第24-27页 |
| 第3章 结果分析 | 第27-39页 |
| 3.1 基本分析 | 第27-30页 |
| 3.1.1 RMSD（均方根偏差） | 第27-28页 |
| 3.1.2 RMSF（均方根波动） | 第28-29页 |
| 3.1.3 拟合BamA β 桶的部分，各个POTRA的RMSD | 第29-30页 |
| 3.1.4 相邻POTRA之间的角度 | 第30页 |
| 3.2 主成分分析 | 第30-39页 |
| 3.2.1 分组情况 | 第30-33页 |
| 3.2.2 主成分分析所得的运动模式 | 第33-36页 |
| 3.2.3 各种运动模式的总结与分析 | 第36-39页 |
| 第4章 结论 | 第39-40页 |
| 参考文献 | 第40-45页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第45-46页 |
| 后记和致谢 | 第46页 |