面向三代测序的序列比对算法研究与优化
| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第13-23页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第13-14页 |
| 1.2 研究现状 | 第14-19页 |
| 1.2.1 种子扩展方法 | 第14-15页 |
| 1.2.2 基于哈希索引的序列比对算法 | 第15-17页 |
| 1.2.3 基于后缀索引的序列比对算法 | 第17-18页 |
| 1.2.4 序列比对算法的分类和总结 | 第18-19页 |
| 1.3 本文研究内容 | 第19-21页 |
| 1.3.1 过滤方法设计及优化 | 第19-20页 |
| 1.3.2 索引改造及验证方法改进 | 第20-21页 |
| 1.4 论文组织 | 第21-23页 |
| 第2章 问题定义及相关工作 | 第23-37页 |
| 2.1 预备知识 | 第23-30页 |
| 2.1.1 测序技术介绍 | 第23-24页 |
| 2.1.2 相关名词介绍 | 第24-26页 |
| 2.1.3 数据文件格式介绍 | 第26-30页 |
| 2.2 基本概念及问题定义 | 第30-33页 |
| 2.2.1 序列比对的问题定义 | 第30-31页 |
| 2.2.2 索引技术介绍 | 第31-33页 |
| 2.2.3 测试数据集及评价标准 | 第33页 |
| 2.3 现有三代测序序列比对算法 | 第33-35页 |
| 2.3.1 BLASR和BWA-MEM | 第33-34页 |
| 2.3.2 NanoBLASTer | 第34-35页 |
| 2.3.3 Minimap2和rHAT | 第35页 |
| 2.4 本章小结 | 第35-37页 |
| 第3章 基于低频种子的过滤方法设计及优化 | 第37-53页 |
| 3.1 过滤方法现状分析及优化思路 | 第37-40页 |
| 3.1.1 比对时间占比分析 | 第37-38页 |
| 3.1.2 现有方法的缺陷与不足 | 第38-39页 |
| 3.1.3 优化思路 | 第39-40页 |
| 3.2 基于低频种子的过滤方法 | 第40-46页 |
| 3.2.1 过滤方法流程概述 | 第40页 |
| 3.2.2 建造区域索引 | 第40-42页 |
| 3.2.3 种子选取及投票策略 | 第42-44页 |
| 3.2.4 进一步优化 | 第44-46页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第46-51页 |
| 3.3.1 低频种子的参数选择与过滤效果 | 第47-49页 |
| 3.3.2 进一步优化效果 | 第49-51页 |
| 3.4 本章小结 | 第51-53页 |
| 第4章 验证方法优化及总体实验 | 第53-67页 |
| 4.1 验证方法现状分析及优化思路 | 第53-58页 |
| 4.1.1 动态规划技术 | 第53-56页 |
| 4.1.2 现有验证方法 | 第56-57页 |
| 4.1.3 优化思路 | 第57-58页 |
| 4.2 分段哈希索引设计 | 第58-61页 |
| 4.2.1 分段哈希索引设计方案 | 第58-60页 |
| 4.2.2 基于分段索引的验证方法 | 第60-61页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第61-65页 |
| 4.3.1 验证优化效果 | 第61-63页 |
| 4.3.2 序列比对总体效果 | 第63-64页 |
| 4.3.3 内存占用 | 第64-65页 |
| 4.4 本章小结 | 第65-67页 |
| 第5章 总结 | 第67-71页 |
| 5.1 本文工作 | 第67-68页 |
| 5.2 本文贡献与创新之处 | 第68页 |
| 5.3 进一步工作 | 第68-71页 |
| 参考文献 | 第71-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第76-77页 |
| 攻读学位期间参加的科研项目 | 第77页 |
