| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 前言 | 第12-22页 |
| §1.1 生物信息学简介 | 第12-14页 |
| §1.2 蛋白质结构与生物学功能 | 第14-19页 |
| §1.3 突变对蛋白质结构与功能的影响 | 第19页 |
| §1.4 DNA 的结构与功能 | 第19-20页 |
| §1.5 研究目的和论文内容 | 第20-22页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第22-60页 |
| §2.1 同源模建 | 第22-27页 |
| §2.1.1 基本原理与步骤 | 第22-23页 |
| §2.1.2 序列比对 | 第23-24页 |
| §2.1.2.1 双序列比对 | 第23-24页 |
| §2.1.2.2 多序列比对 | 第24页 |
| §2.1.3 构建主链结构 | 第24页 |
| §2.1.4 构建环区结构 | 第24-25页 |
| §2.1.5 侧链的建模及优化 | 第25页 |
| §2.1.6 整体结构模型的优化和评估 | 第25-27页 |
| §2.2 分子力场 | 第27-32页 |
| §2.2.1 力场的组成和定义 | 第31-32页 |
| §2.3 分子力学 | 第32-35页 |
| §2.4 分子动力学模拟 | 第35-48页 |
| §2.4.1 基本步骤 | 第36-37页 |
| §2.4.2 基本理论 | 第37-38页 |
| §2.4.3 积分算法 | 第38-42页 |
| §2.4.4 各种系综的分子动力学计算方法 | 第42-45页 |
| §2.4.5 初始化 | 第45-47页 |
| §2.4.5.1 粒子受力的计算 | 第47页 |
| §2.4.6 长程静电力 | 第47-48页 |
| §2.5 分子对接 | 第48-56页 |
| §2.5.1 分子对接的基本原理 | 第49页 |
| §2.5.2 分子对接的类型 | 第49-50页 |
| §2.5.3 常用的分子对接软件——ZDOCK | 第50-53页 |
| §2.5.4 采样算法 | 第53-54页 |
| §2.5.5 打分函数 | 第54-56页 |
| §2.6 结合自由能的计算 | 第56-60页 |
| §2.6.1 MM-PB/GBSA 方法基本原理 | 第57-60页 |
| 第三章 天然鹿茸多肽的结构预测以及与 TGF-β1 复合物的分子对接研究 | 第60-84页 |
| §3.1 引言 | 第60-62页 |
| §3.2 理论方法 | 第62-65页 |
| §3.2.1 同源模建 | 第62页 |
| §3.2.2 nVAP 三维结构的分子动力学优化和评估 | 第62-63页 |
| §3.2.3 表面静电势的绘制 | 第63页 |
| §3.2.4 分子对接 | 第63-65页 |
| §3.3 结果与讨论 | 第65-83页 |
| §3.3.1 nVAP 的同源模建 | 第65-68页 |
| §3.3.2 对接结果 | 第68-83页 |
| §3.3.2.1 对 ZDOCK 对接方法的验证 | 第68-72页 |
| §3.3.2.2 nVAP 与 TβRII-ED:TGF-β1 之间的相互作用 | 第72-75页 |
| §3.3.2.3 TβRI-ED 与 TGF-β1，TβRII-ED 结合位点的识别 | 第75-79页 |
| §3.3.2.4 nVAP 与 TβRI-ED:TβRII-ED:TGF-β1 三元复合物之间的相互作用 | 第79-83页 |
| §3.4 本章小结 | 第83-84页 |
| 第四章 自整合障碍因子及其Gly25Glu突变体与DNA的分子对接和分子动力学研究 | 第84-101页 |
| §4.1 引言 | 第84-85页 |
| §4.2 理论方法 | 第85-87页 |
| §4.2.1 分子对接 | 第85-86页 |
| §4.2.2 表面静电势的绘制 | 第86页 |
| §4.2.3 分子动力学模拟 | 第86页 |
| §4.2.4 结合自由能的计算 | 第86-87页 |
| §4.3 结果与讨论 | 第87-99页 |
| §4.3.1 DNA 与 BAF(WT)的分子对接 | 第87-89页 |
| §4.3.2 分子动力学分析 | 第89-92页 |
| §4.3.3 DNA 与 BAF 之间的相互作用 | 第92-95页 |
| §4.3.4 影响 DNA 与 BAF 相互作用的关键氨基酸 | 第95-99页 |
| §4.4 本章小结 | 第99-101页 |
| 第五章 自整合障碍因子二聚体及其 Gly25Glu 突变体与伊默菌素LEM 结构域的分子对接和分子动力学研究 | 第101-117页 |
| §5.1 引言 | 第101-102页 |
| §5.2 理论方法 | 第102-104页 |
| §5.2.1 分子对接 | 第102-103页 |
| §5.2.2 分子动力学模拟 | 第103页 |
| §5.2.3 结合自由能的计算 | 第103-104页 |
| §5.2.4 π-π堆积作用的鉴定 | 第104页 |
| §5.3 结果与讨论 | 第104-115页 |
| §5.3.1 DNA 与 BAF2(WT):EmLEM复合物的分子对接 | 第104-105页 |
| §5.3.2 分子动力学分析 | 第105页 |
| §5.3.3 EmLEM和 BAF2 之间结合自由能的分析 | 第105-109页 |
| §5.3.4 影响 EmLEM与 BAF2 相互作用的关键氨基酸 | 第109-112页 |
| §5.3.5 DNA 对 BAF2 结构的影响 | 第112-115页 |
| §5.4 本章小结 | 第115-117页 |
| 总结与展望 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-144页 |
| 个人简介以及攻读博士学位期间取得的科研成果 | 第144-145页 |
| 致谢 | 第145页 |
