| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-27页 |
| 1.1 关联分析 | 第11-20页 |
| 1.1.1 关联分析在植物中的研究进展 | 第11-12页 |
| 1.1.2 关联分析的基础 | 第12-13页 |
| 1.1.3 影响关联分析的因素 | 第13页 |
| 1.1.4 关联分析的一般流程 | 第13-14页 |
| 1.1.5 单位点关联分析方法 | 第14-17页 |
| 1.1.6 多位点关联分析方法与多性状关联分析方法 | 第17-18页 |
| 1.1.7 多重测验矫正 | 第18-19页 |
| 1.1.8 关联分析常用软件 | 第19-20页 |
| 1.2 基因组预测 | 第20-24页 |
| 1.2.1 基因组预测研究背景 | 第20-21页 |
| 1.2.2 影响基因组预测准确性的主要因素 | 第21-22页 |
| 1.2.3 基因组预测的参数方法 | 第22-23页 |
| 1.2.4 基因组预测的半参数方法和非参数方法 | 第23-24页 |
| 1.3 基因组预测中常用R语言包 | 第24-27页 |
| 1.3.1 R/glmnet | 第24-25页 |
| 1.3.2 R/pls | 第25页 |
| 1.3.3 R/kernab | 第25页 |
| 1.3.4 R/BGLR | 第25-27页 |
| 第2章 基于LASSO的多位点关联分析方法 | 第27-46页 |
| 2.0 前言 | 第28-29页 |
| 2.1 材料与方法 | 第29-32页 |
| 2.1.1 材料收集和表型鉴定 | 第29页 |
| 2.1.2 基因型测定 | 第29页 |
| 2.1.3 群体结构分析 | 第29-30页 |
| 2.1.4 基于LASSO的多位点关联分析 | 第30-32页 |
| 2.1.5 模拟研究 | 第32页 |
| 2.2 结果与分析 | 第32-43页 |
| 2.2.1 模拟结果分析 | 第32-33页 |
| 2.2.2 群体结构分析 | 第33-34页 |
| 2.2.3 表型性状间相关关系 | 第34-35页 |
| 2.2.4 关联分析 | 第35-39页 |
| 2.2.5 与经济性状显著关联的标记位点 | 第39-42页 |
| 2.2.6 检测的标记位点与已报道结果的比较 | 第42-43页 |
| 2.3 讨论 | 第43-46页 |
| 第3章 基于多元偏最小二乘的多性状联合关联分析方法研究 | 第46-62页 |
| 3.0 前言 | 第46-49页 |
| 3.1 原理与方法 | 第49-53页 |
| 3.1.1 模型构建 | 第49-50页 |
| 3.1.2 统计分析 | 第50-52页 |
| 3.1.3 模拟设置 | 第52-53页 |
| 3.1.3.1 模拟一 | 第52-53页 |
| 3.1.3.2 模拟二 | 第53页 |
| 3.2 结果与分析 | 第53-60页 |
| 3.2.1 多性状联合分析的检测功效 | 第53-54页 |
| 3.2.2 多性状联合分析位点效应值估计的准确度和精确度 | 第54-58页 |
| 3.2.3 单性状分析和多性状联合分析的比较 | 第58-60页 |
| 3.2.4 不同剩余误差相关下多性状联合分析的检测功效 | 第60页 |
| 3.3 讨论 | 第60-62页 |
| 第4章 玉米自交系中组学预测的统计方法比较 | 第62-77页 |
| 4.0 前言 | 第63-64页 |
| 4.1 材料与方法 | 第64-67页 |
| 4.1.1 材料收集 | 第64页 |
| 4.1.2 预测方法 | 第64-65页 |
| 4.1.3 组学数据的联合预测 | 第65-66页 |
| 4.1.4 基于代谢物的关联分析 | 第66-67页 |
| 4.1.5 GWAS和基因组预测结合分析 | 第67页 |
| 4.2 结果 | 第67-75页 |
| 4.2.1 预测结果比较 | 第67-71页 |
| 4.2.2 组学联合预测 | 第71页 |
| 4.2.3 六个农艺性状的全基因组关联分析 | 第71-72页 |
| 4.2.4 LASSO方法检测到的显著代谢物 | 第72页 |
| 4.2.5 GWAS和基因组预测结合分析 | 第72-75页 |
| 4.3 讨论 | 第75-77页 |
| 第5章 杂交水稻产量及其相关性状的组学预测 | 第77-95页 |
| 5.0 前言 | 第78-79页 |
| 5.1 材料与方法 | 第79-83页 |
| 5.1.1 材料收集 | 第79页 |
| 5.1.2 预测方法 | 第79-80页 |
| 5.1.3 预测模型 | 第80页 |
| 5.1.4 交叉验证 | 第80-81页 |
| 5.1.5 定义X矩阵 | 第81-82页 |
| 5.1.6 预测力的方差分析 | 第82-83页 |
| 5.1.7 预测力的置换检验 | 第83页 |
| 5.2 结果与分析 | 第83-91页 |
| 5.2.1 杂交种产量及其构成性状的预测力 | 第83页 |
| 5.2.2 预测力的方差分析 | 第83-86页 |
| 5.2.3 预测力的显著性测验 | 第86页 |
| 5.2.4 叶片与种子代谢物的比较 | 第86-88页 |
| 5.2.5 组学数据的联合预测 | 第88-89页 |
| 5.2.6 预测未测验的杂交种 | 第89-90页 |
| 5.2.7 对产量有显著影响的代谢物 | 第90-91页 |
| 5.3 讨论 | 第91-95页 |
| 参考文献 | 第95-102页 |
| 致谢 | 第102-104页 |
| 攻读博士学位期间发表的研究论文 | 第104-105页 |
