| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-22页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第9-17页 |
| 1.1.1 环肽纳米管简介 | 第9-11页 |
| 1.1.2 环肽纳米管模拟通道蛋白的研究进展 | 第11-13页 |
| 1.1.3 倾斜现象的研究进展 | 第13-17页 |
| 1.2 课题的提出及研究内容和目标 | 第17-19页 |
| 1.2.1 课题的提出 | 第17页 |
| 1.2.2 研究内容和目标 | 第17-19页 |
| 参考文献 | 第19-22页 |
| 第二章 研究方法和理论基础 | 第22-37页 |
| 2.1 分子动力学模拟简介 | 第22-23页 |
| 2.2 分子动力学模拟基本原理 | 第23-29页 |
| 2.2.1 牛顿运动方程及其解法 | 第23-25页 |
| 2.2.2 分子力场 | 第25-26页 |
| 2.2.3 时间步长 | 第26-27页 |
| 2.2.4 分子动力学系综 | 第27页 |
| 2.2.5 周期性边界条件及最近镜像约定 | 第27-29页 |
| 2.3 分子动力学模拟步骤 | 第29-33页 |
| 2.3.1 初始构型的构建及其优化 | 第29-30页 |
| 2.3.2 初始条件的设定 | 第30页 |
| 2.3.3 体系平衡 | 第30-31页 |
| 2.3.4 数据产出和分析 | 第31-33页 |
| 2.4 NAMD和VMD软件简介 | 第33-35页 |
| 参考文献 | 第35-37页 |
| 第三章 水环境中和无水条件下环八肽纳米管在POPE质膜中的倾斜行为 | 第37-61页 |
| 3.1 引言 | 第37-38页 |
| 3.2 模型构建和研究方法 | 第38-44页 |
| 3.2.1 模型的构建及其平衡 | 第38-40页 |
| 3.2.2 MD模拟条件设置 | 第40页 |
| 3.2.3 自由能计算方法 | 第40-43页 |
| 3.2.4 体系平衡的判定 | 第43-44页 |
| 3.3 结果讨论 | 第44-58页 |
| 3.3.1 水环境和无水条件下环八肽纳米管在POPE质膜中的倾斜程度 | 第44-47页 |
| 3.3.2 水环境对环八肽纳米管倾斜结构的影响 | 第47-58页 |
| 3.4 本章小结 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-61页 |
| 第四章 环八肽纳米管的倾斜行为对管内水分子运动行为的影响 | 第61-78页 |
| 4.1 引言 | 第61-62页 |
| 4.2 模型构建和研究方法 | 第62-63页 |
| 4.2.1 模型的构建 | 第62页 |
| 4.2.2 MD模拟条件设置 | 第62-63页 |
| 4.3 结果讨论 | 第63-75页 |
| 4.3.1 环八肽纳米管倾斜行为对管内水分子填充状态的影响 | 第63-67页 |
| 4.3.2 环八肽纳米管倾斜行为对管内水分子偶极取向的影响 | 第67-73页 |
| 4.3.3 环八肽纳米管倾斜行为对管内水分子传输特性的影响 | 第73-75页 |
| 4.4 本章小结 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-78页 |
| 全文结论 | 第78-80页 |
| 攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文 | 第80-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
