| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略词表(Abbreviations) | 第11-12页 |
| 第一章：引言 | 第12-26页 |
| 1.1 细菌的分泌系统 | 第12-18页 |
| 1.1.1 革兰氏阴性细菌和阳性细菌 | 第12-13页 |
| 1.1.2 革兰氏阴性细菌的分泌系统 | 第13-18页 |
| 1.1.2.1 Ⅰ型分泌系统(type Ⅰ secretion system,T1SS) | 第13页 |
| 1.1.2.2 Ⅱ型分泌系统(type Ⅱ secretion system,T2SS) | 第13-14页 |
| 1.1.2.3 Ⅲ型分泌系统(type Ⅲ secretion system,T3SS) | 第14-15页 |
| 1.1.2.4 Ⅳ型分泌系统(type Ⅳ secretion system,T4SS) | 第15页 |
| 1.1.2.5 Ⅴ型分泌系统(type Ⅴ secretion system,T5SS) | 第15-16页 |
| 1.1.2.6 Ⅵ型分泌系统(type Ⅵ secretion system,T6SS) | 第16页 |
| 1.1.2.7 Ⅶ型分泌系统(type Ⅶ secretion system,T7SS) | 第16-17页 |
| 1.1.2.8 Ⅷ型分泌系统(type Ⅷ secretion system,T8SS) | 第17-18页 |
| 1.2 Ⅴ型分泌系统的研究现状 | 第18-26页 |
| 1.2.1 Ⅴ型分泌系统的模型 | 第18-19页 |
| 1.2.2 Ⅴ型分泌系统的运输机制 | 第19-20页 |
| 1.2.3 Ⅴ型分泌系统中BAM复合物结构和功能简述 | 第20-26页 |
| 1.2.3.1 BamA结构和功能简述 | 第20-22页 |
| 1.2.3.2 BamB结构和功能简述 | 第22-23页 |
| 1.2.3.3 BamC结构和功能简述 | 第23页 |
| 1.2.3.4 BamD结构和功能简述 | 第23-25页 |
| 1.2.3.5 BamE结构和功能简述 | 第25-26页 |
| 第二章：凝胶过滤层析法探索BamA-BamB的相互作用 | 第26-37页 |
| 2.1 凝胶过滤层析原理 | 第26页 |
| 2.2 实验材料和方法 | 第26-30页 |
| 2.2.1 实验菌株和载体 | 第26页 |
| 2.2.2 实验试剂和仪器 | 第26-27页 |
| 2.2.2.1 实验试剂 | 第26-27页 |
| 2.2.2.2 实验仪器 | 第27页 |
| 2.2.3 实验试剂配制 | 第27-30页 |
| 2.2.3.1 LB培养基配制表 | 第27页 |
| 2.2.3.2 SDS-PAGE凝胶电泳组成成分配制 | 第27-28页 |
| 2.2.3.3 SDS-PAGE蛋白胶(15%浓缩胶和5%分离胶)配制表 | 第28页 |
| 2.2.3.4 SDS-PAGE各种缓冲液配制方法 | 第28-29页 |
| 2.2.3.5 K+固体培养基制备 | 第29页 |
| 2.2.3.6 其他试剂配制 | 第29-30页 |
| 2.3 实验流程和方法 | 第30-33页 |
| 2.3.1 质粒扩增 | 第30-31页 |
| 2.3.1.1 Top10和BL21(DE3)感受态细胞制备 | 第30-31页 |
| 2.3.1.2 质粒转化步骤 | 第31页 |
| 2.3.1.3 质粒菌液培养和质粒抽提 | 第31页 |
| 2.3.2 目的蛋白的表达和纯化 | 第31-33页 |
| 2.3.2.1 目的蛋白的表达 | 第31-32页 |
| 2.3.2.2 Ni树脂处理 | 第32页 |
| 2.3.2.3 目的蛋白的纯化 | 第32-33页 |
| 2.4 实验结果和讨论 | 第33-37页 |
| 2.4.1 BamB、POTRA3-5、POTRA4-5单体蛋白纯化结果分析 | 第33-35页 |
| 2.4.2 初步探索POTRA3-5-BamB和POTRA4-5-BamB混合物的状态 | 第35-37页 |
| 第三章：晶体学方法验BamB和BamA POTRA3-5相互作用 | 第37-56页 |
| 3.1 蛋白结晶原理及方法 | 第37-38页 |
| 3.2 实验材料和方法 | 第38页 |
| 3.3 实验步骤和方法 | 第38-46页 |
| 3.3.1 BamB和POTRA3-5目的蛋白的表达和共纯化 | 第38-39页 |
| 3.3.1.1 BamB和POTRA3-5目的蛋白的表达 | 第38-39页 |
| 3.3.1.2 BamB和POTRA3-5目的蛋白的共纯化 | 第39页 |
| 3.3.2 BamB-POTRA3-5蛋白复合物晶体筛选 | 第39-40页 |
| 3.3.2.1 蛋白质晶体筛选 | 第39-40页 |
| 3.3.2.2 蛋白晶体染色法鉴定蛋白晶 | 第40页 |
| 3.3.3 BamB-POTRA3-5蛋白复合物晶体优化 | 第40-43页 |
| 3.3.4 蛋白晶体X射线衍射数据收集和解析 | 第43-46页 |
| 3.3.4.1 BamB-POTRA3-5蛋白复合物晶体数据收集 | 第43页 |
| 3.3.4.2 BamB-POTRA3-5蛋白复合物晶体结构解析 | 第43-46页 |
| 3.4 BamB-POTRA3-4蛋白复合物晶体结构分析 | 第46-56页 |
| 3.4.1 BamB-POTRA3-4整体结构分析 | 第46-49页 |
| 3.4.2 结构比对 | 第49-52页 |
| 3.4.3 BamB-POTRA3-4相互作用力分析 | 第52-56页 |
| 第四章：Pull和Western blotting方法验BamB和BamA的结合区域 | 第56-61页 |
| 4.1 实验材料和方法 | 第56页 |
| 4.1.1 实验菌株和载体 | 第56页 |
| 4.1.2 实验试剂和仪器 | 第56页 |
| 4.2 实验步骤和方法 | 第56-60页 |
| 4.2.1 pHGB-HA-POTRA4-5(266-420)质粒构建 | 第56-58页 |
| 4.2.2 目的蛋白表达纯化 | 第58页 |
| 4.2.3 Pull down和Western blot实验 | 第58-60页 |
| 4.2.3.1 做样 | 第58页 |
| 4.2.3.2 SDS-PAGE电泳 | 第58-59页 |
| 4.2.3.3 Western blot实验 | 第59-60页 |
| 4.3 实验结果分析 | 第60-61页 |
| 第五章：定点突变验证影响BamA-POTRA3和BamB相互作用的氨基酸 | 第61-65页 |
| 5.1 实验材料和方法 | 第61页 |
| 5.1.1 实验菌株 | 第61页 |
| 5.1.2 实验试剂和仪器 | 第61页 |
| 5.2 实验步骤和方法 | 第61-63页 |
| 5.2.1 定点突变质粒构建 | 第61-63页 |
| 5.2.2 突变蛋白的表达纯化 | 第63页 |
| 5.2.3 Pull-down和Western blotting实验步骤参考第三章 | 第63页 |
| 5.3 实验结果分析 | 第63-65页 |
| 结论 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-71页 |
| 图表目录 | 第71-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 在学期间发表的文章 | 第74页 |
