基因调控网络构建算法研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第13-18页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第13-14页 |
| 1.2 研究现状 | 第14-16页 |
| 1.3 本文工作与创新点 | 第16-17页 |
| 1.4 论文的组织结构 | 第17-18页 |
| 2 基因调控网络构建 | 第18-27页 |
| 2.1 基因芯片 | 第18-19页 |
| 2.2 基因调控网络 | 第19-21页 |
| 2.3 基因调控网络构建 | 第21-26页 |
| 2.3.1 布尔网络模型 | 第21-22页 |
| 2.3.2 微分方程模型 | 第22-23页 |
| 2.3.3 贝叶斯网络模型 | 第23-25页 |
| 2.3.4 基于信息论的模型 | 第25-26页 |
| 2.4 本章小结 | 第26-27页 |
| 3 基于K2算法和模拟退火算法的贝叶斯网络构建 | 第27-39页 |
| 3.1 问题描述 | 第27页 |
| 3.2 K2算法 | 第27-29页 |
| 3.3 模拟退火算法 | 第29-31页 |
| 3.4 MI_K2SA算法 | 第31-34页 |
| 3.4.1 构建无向图 | 第31页 |
| 3.4.2 获取初始节点 | 第31-32页 |
| 3.4.3 融合模拟退火算法的MI_K2SA算法 | 第32-33页 |
| 3.4.4 MI_K2SA算法伪代码 | 第33-34页 |
| 3.5 实验 | 第34-38页 |
| 3.5.1 实验环境及参数设定 | 第34页 |
| 3.5.2 实验评价 | 第34页 |
| 3.5.3 在已知结构上的贝叶斯网络构建 | 第34-37页 |
| 3.5.4 在真实数据集上的基因调控网络构建 | 第37-38页 |
| 3.6 本章小结 | 第38-39页 |
| 4 基于最大信息系数构建时序基因调控网络 | 第39-55页 |
| 4.1 问题描述 | 第39-40页 |
| 4.2 相关理论基础 | 第40-42页 |
| 4.2.1 最大信息系数 | 第40-41页 |
| 4.2.2 条件相对平均熵 | 第41页 |
| 4.2.3 时序互信息 | 第41-42页 |
| 4.3 MICRAT算法 | 第42-46页 |
| 4.3.1 数据预处理 | 第42-43页 |
| 4.3.2 生成无向基因调控网络 | 第43-44页 |
| 4.3.3 无向图中边的定向 | 第44-45页 |
| 4.3.4 MICRAT算法过程描述 | 第45-46页 |
| 4.4 实验结果及分析 | 第46-54页 |
| 4.4.1 实验环境及算法性能度量 | 第46页 |
| 4.4.2 仿真数据集的基因调控网络构建 | 第46-51页 |
| 4.4.3 真实数据集上的基因调控网络构建 | 第51-53页 |
| 4.4.4 实验总结 | 第53-54页 |
| 4.5 本章小结 | 第54-55页 |
| 5 总结与展望 | 第55-57页 |
| 5.1 本文总结 | 第55页 |
| 5.2 未来研究展望 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 个人简历 | 第62页 |
| 在读期间发表的论文及参与的项目 | 第62页 |
| 发表论文 | 第62页 |
| 参与项目 | 第62页 |
