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犬星状病毒(Canineastrovirus,CaAstv)半巢式RT-PCR检测方法的建立及基因序列分析

摘要第1-4页
ABSTRACT第4-7页
符号说明第7-12页
第一章 文献综述第12-28页
 1 星状病毒的研究进展第12-13页
 2 病原学第13-17页
   ·分类第13页
   ·形态学第13-14页
   ·生物学特性第14-15页
   ·分子病原学第15-16页
   ·致病性第16-17页
 3 流行病学第17-19页
   ·流行概况第17-19页
   ·传播途径第19页
 4 临床症状与病理变化第19-21页
   ·临床症状第19-20页
   ·病理变化第20-21页
 5 检测方法第21-26页
   ·电镜直接观察法第21页
   ·细胞培养和组织分离第21页
   ·免疫学检测技术第21-22页
     ·免疫荧光技术(immunofluorescence)第21-22页
     ·酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunoadsordent assay; ELISA)第22页
   ·分子生物学检测第22-26页
     ·逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)第22-23页
     ·实时荧光定量RT-PCR法第23-24页
     ·环介导等温扩增技术第24-25页
     ·基因芯片第25-26页
     ·核酸序列依赖扩增技术 ( nucleic acidsequence based amplification , NASBA)第26页
 6 治疗与预防第26页
 7 研究展望第26-27页
 8 本研究的目的和意义第27-28页
第二章 犬星状病毒半巢式RT-PCR检测方法的建立及应用第28-42页
 1 材料第28-29页
   ·粪便样本第28页
   ·病毒样品第28-29页
   ·主要试剂第29页
   ·主要仪器第29页
 2 实验方法第29-31页
   ·引物的设计与合成第29-30页
   ·病毒总RNA的提取第30页
   ·cDNA的合成第30-31页
 3 半巢式RT-PCR方法的建立第31-33页
   ·半巢式RT-PCR条件的优化第31-32页
     ·最适模板浓度的确定第31页
     ·最适引物使用量的确定第31页
     ·最适Taq酶浓度的确定第31页
     ·最适退火温度的确定第31页
     ·最适Mg2+浓度的确定第31-32页
     ·最适dNTP浓度的确定第32页
   ·PCR扩增体系与循环参数第32页
   ·扩增产物的检测与分析第32页
   ·PCR特异性试验第32-33页
   ·PCR敏感性试验第33页
   ·PCR重复性实试验第33页
   ·半巢式RT-PCR检测方法的应用第33页
 4 结果第33-40页
   ·最佳的PCR反应条件第33-36页
   ·扩增产物的检测与序列分析第36-38页
   ·PCR方法特异性试验第38页
   ·PCR方法敏感性试验第38-39页
   ·重复性试验第39页
   ·临床样品的检测第39-40页
 5 讨论第40-42页
第三章 犬星状病毒ORF1B和ORF2扩增及序列分析第42-59页
 1 技术原理第42-44页
 2 引物设计第44-45页
 3 反应条件第45-48页
   ·cDNA的合成第45页
   ·长片段扩增反应条件第45-46页
   ·染色体步移技术第46-48页
     ·1st PCR 反应第46-47页
     ·2nd PCR反应第47页
     ·3rd PCR反应第47-48页
 4 结果第48-54页
   ·测序结果的拼接第48-52页
     ·犬星状病毒ORF2序列信息第48-49页
     ·犬星状病毒ORF1b序列信息第49-51页
     ·犬星状病毒部分ORF1a序列信息第51-52页
   ·系统进化树分析第52-54页
 5 ORF2编码氨基酸差异分析第54-55页
 6 ORF2衣壳蛋白二级结构及B细胞表位预测第55-57页
 7 讨论第57-59页
第四章 犬星状病毒P1蛋白的原核表达及纯化第59-76页
 1 材料第59-60页
   ·病毒、菌株和质粒第59页
   ·主要试剂第59-60页
   ·主要仪器第60页
 2 实验方法第60-68页
   ·目的基因的扩增、纯化和回收第60-63页
     ·引物的设计与合成第60-61页
     ·目的基因的PCR扩增第61-62页
       ·cDNA的合成第61页
       ·PCR扩增第61-62页
     ·目的片段的纯化回收第62-63页
   ·目的基因的克隆第63-65页
     ·克隆质粒的构建第63页
     ·克隆质粒的筛选及制备第63-65页
       ·克隆质粒的转化与筛选第63页
       ·重组质粒的提取及鉴定第63-65页
   ·P1基因原核表达载体(pET-30a-P1)的构建第65-66页
     ·带粘性末端P1核苷酸片段的制备第65页
     ·带粘性末端表达载体的制备第65页
     ·目的基因与线性化表达载体pET-30a的连接第65页
     ·连接产物的转化和阳性重组子的筛选鉴定第65-66页
   ·重组表达载体诱导表达的鉴定第66页
   ·重组质粒pET-30a-P1诱导原核表达条件优化第66-67页
     ·不同诱导时间对重组质粒pET-30a-P1表达的影响第66-67页
     ·不同诱导温度对重组质粒pET-30a-P1表达的影响第67页
   ·重组质粒pET-30a-P1原核表达产物可溶性分析第67页
   ·表达产物的纯化第67-68页
     ·包涵体的分离和变性第67页
     ·目的蛋白的纯化第67-68页
   ·表达产物的复性第68页
 3 结果第68-74页
   ·P1基因的PCR结果第68-69页
   ·目的片段的克隆鉴定第69页
   ·原核重组表达载体的鉴定第69页
   ·P1蛋白原核表达的鉴定第69-70页
   ·重组质粒pET-30a-P1阳性BL21(DE3)菌诱导表达条件的优化第70-72页
     ·重组载体诱导表达时间的优化第70-71页
     ·重组载体诱导表达温度的优化第71-72页
   ·蛋白的可溶性分析第72-73页
   ·蛋白的纯化第73-74页
 4 讨论第74-76页
第五章 结论第76-77页
参考文献第77-84页
附录Ⅰ 试剂配置第84-86页
致谢第86-87页
攻读学位期间发表的学术论文目录第87-89页

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