| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第13-36页 |
| 1.1 课题背景 | 第13页 |
| 1.2 海洋微生物可培养化概述 | 第13-22页 |
| 1.2.1 地球海洋环境 | 第13-15页 |
| 1.2.2 海洋微生物分布与类型 | 第15-18页 |
| 1.2.3 海洋微生物特点 | 第18-19页 |
| 1.2.4 海洋微生物可培养化策略 | 第19-21页 |
| 1.2.5 海洋微生物的作用及研究意义 | 第21-22页 |
| 1.3 微生物来源琼胶酶研究概述 | 第22-26页 |
| 1.3.1 琼胶酶种类 | 第22-23页 |
| 1.3.2 琼胶酶来源菌株 | 第23-24页 |
| 1.3.3 琼胶酶系 | 第24-25页 |
| 1.3.4 琼胶酶三维结构 | 第25-26页 |
| 1.3.5 琼胶酶的应用 | 第26页 |
| 1.4 全基因组时代 | 第26-36页 |
| 1.4.1 高通量测序技术 | 第27-29页 |
| 1.4.2 微生物基因组研究 | 第29-31页 |
| 1.4.3 微生物基因组应用 | 第31-32页 |
| 1.4.4 嗜盐菌及其基因组研究介绍 | 第32-34页 |
| 1.4.5 基因组生物信息学分析 | 第34-36页 |
| 第2章 Gilvimarinus polysaccharolyticus YN3~T的多相分类学研究 | 第36-60页 |
| 2.1 材料与方法 | 第36-49页 |
| 2.1.1 菌株及样品来源 | 第36-37页 |
| 2.1.2 试剂与培养 | 第37-38页 |
| 2.1.3 菌株YN3~T表型特征 | 第38-42页 |
| 2.1.4 菌株YN3~T化学分类特征 | 第42-44页 |
| 2.1.5 菌株YN3~T遗传特征 | 第44-49页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第49-59页 |
| 2.2.1 形态学特征 | 第49-50页 |
| 2.2.2 生理生化特征 | 第50-52页 |
| 2.2.3 化学分类特征 | 第52-53页 |
| 2.2.4 遗传特征 | 第53-55页 |
| 2.2.5 新种描述 | 第55-59页 |
| 2.3 本章小结 | 第59-60页 |
| 第3章 Gilvimarinus polysaccharolyticus YN3~T全基因组研究 | 第60-84页 |
| 3.1 材料与方法 | 第60-74页 |
| 3.1.1 菌株信息与培养 | 第60页 |
| 3.1.2 试剂耗材 | 第60-61页 |
| 3.1.3 基因组DNA提取与质检 | 第61页 |
| 3.1.4 全基因组高通量测序与分析 | 第61-74页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第74-83页 |
| 3.2.1 菌株YN3~T全基因组基特征 | 第74-76页 |
| 3.2.2 菌株YN3~T全基因组注释 | 第76-77页 |
| 3.2.3 菌株YN3~T琼胶酶序列分析 | 第77-78页 |
| 3.2.4 菌株YN3~T全基因组圈图 | 第78-83页 |
| 3.3 本章小结 | 第83-84页 |
| 第4章 三株Halomonadaceae科菌株全基因组测序及比较分析 | 第84-95页 |
| 4.1 菌株分离信息及其重金属离子耐受性 | 第84-86页 |
| 4.2 重金属锌和汞对微生物的毒性 | 第86-87页 |
| 4.3 三株细菌全基因组测序分析 | 第87-90页 |
| 4.3.1 三株细菌基因组DNA提取 | 第87页 |
| 4.3.2 三株细菌全基因组高通量测序及拼接 | 第87-88页 |
| 4.3.3 三株细菌基因组功能注释 | 第88页 |
| 4.3.4 三株细菌基因组基本特征 | 第88-89页 |
| 4.3.5 全基因组圈图 | 第89-90页 |
| 4.4 三株细菌重金属耐受性分析 | 第90-94页 |
| 4.5 本章小结 | 第94-95页 |
| 第5章 两株盐环境微生物全基因组分析研究 | 第95-113页 |
| 5.1 耐盐细菌Amphibacillus jilinensis Y1~T全基因组测序分析 | 第95-102页 |
| 5.1.1 菌株Y1~T基因组抽提 | 第95页 |
| 5.1.2 菌株Y1~T全基因组高通量测序及拼接 | 第95-97页 |
| 5.1.3 菌株Y1~T基因组功能注释 | 第97页 |
| 5.1.4 菌株Y1~T基因组基本特征 | 第97-99页 |
| 5.1.5 比较基因组学分析 | 第99-102页 |
| 5.2 嗜盐古菌Natrinema altunense AJ2~T全基因组测序分析 | 第102-112页 |
| 5.2.1 菌株AJ2~T基因组抽提 | 第103-104页 |
| 5.2.2 菌株AJ2~T全基因组高通量测序及拼接 | 第104页 |
| 5.2.3 菌株AJ2~T基因组功能注释 | 第104-105页 |
| 5.2.4 菌株AJ2~T基因组基本特征 | 第105-108页 |
| 5.2.5 比较基因组学分析 | 第108-111页 |
| 5.2.6 Natrinema属菌株光敏蛋白 | 第111-112页 |
| 5.3 本章小结 | 第112-113页 |
| 第6章 结论与展望 | 第113-114页 |
| 参考文献 | 第114-130页 |
| 攻读博士学位期间主要的研究成果 | 第130-131页 |
| 致谢 | 第131-132页 |
