| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第14-27页 |
| 1.1 研究目的与意义 | 第14页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第14-25页 |
| 1.2.1 抗生素抗性基因的危害和传播机制 | 第14-16页 |
| 1.2.2 畜禽养殖中的抗生素和ARGs | 第16-17页 |
| 1.2.3 重金属对ARGs的协同选择作用 | 第17-19页 |
| 1.2.4 ARGs在环境中的传播途径 | 第19-20页 |
| 1.2.5 环境中ARGs的削减技术 | 第20-23页 |
| 1.2.6 环境中ARGs的研究方法 | 第23-25页 |
| 1.3 主要研究内容与技术路线 | 第25-27页 |
| 1.3.1 研究内容 | 第25-26页 |
| 1.3.2 技术路线 | 第26-27页 |
| 第二章 规模化养殖场中的抗生素抗性基因调查研究 | 第27-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第28-30页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第28-29页 |
| 2.1.2 理化性质测定 | 第29页 |
| 2.1.3 DNA提取及高通量定量PCR | 第29页 |
| 2.1.4 数据统计及分析 | 第29-30页 |
| 2.2 结果分析 | 第30-38页 |
| 2.2.1 不同畜禽粪便中的ARGs | 第30-31页 |
| 2.2.2 不同畜禽粪便堆肥产物中的ARGs | 第31-35页 |
| 2.2.3 不同畜禽粪便及其堆肥产物中的MGEs | 第35页 |
| 2.2.4 ARGs的共现（co-occurrence）分析 | 第35-37页 |
| 2.2.5 ARGs总丰度预测方程的建立 | 第37-38页 |
| 2.2.6 ARGs与基因移动元件和环境因子之间的关系 | 第38页 |
| 2.3 讨论 | 第38-42页 |
| 2.4 结论 | 第42-43页 |
| 第三章 畜禽粪便中残留的土霉素对好氧堆肥过程中抗生素抗性基因变化的影响 | 第43-61页 |
| 3.1 材料与方法 | 第44-48页 |
| 3.1.1 试验建立 | 第44页 |
| 3.1.2 样品采集 | 第44页 |
| 3.1.3 总可培养细菌和土霉素抗性细菌计数 | 第44-45页 |
| 3.1.4 土霉素抗性细菌和磺胺二甲嘧啶抗性细菌的分离和鉴定 | 第45页 |
| 3.1.5 DNA提取和普通PCR定性检测 | 第45页 |
| 3.1.6 qPCR定量检测 | 第45-47页 |
| 3.1.7 16S rRNA基因测序 | 第47-48页 |
| 3.1.8 数据统计与分析 | 第48页 |
| 3.2 结果与分析 | 第48-57页 |
| 3.2.1 土霉素抗性细菌在堆肥过程中的变化 | 第48-49页 |
| 3.2.2 堆肥过程中ARGs相对丰度的变化 | 第49-52页 |
| 3.2.3 堆肥前后ARGs绝对丰度的变化 | 第52-53页 |
| 3.2.4 堆肥过程中细菌群落的变化 | 第53-57页 |
| 3.3 讨论 | 第57-60页 |
| 3.4 结论 | 第60-61页 |
| 第四章 畜禽粪便中残留的重金属Cu和Zn对好氧堆肥过程中抗生素抗性基因变化的影响 | 第61-80页 |
| 4.1 材料与方法 | 第62-65页 |
| 4.1.1 试验材料与装置 | 第62页 |
| 4.1.2 试验处理设置 | 第62-63页 |
| 4.1.3 样品采集 | 第63页 |
| 4.1.4 DTPA态重金属浓度测定 | 第63页 |
| 4.1.5 DNA提取和定量PCR | 第63页 |
| 4.1.6 16S rRNA基因测序 | 第63-65页 |
| 4.1.7 数据统计与分析 | 第65页 |
| 4.2 结果与分析 | 第65-77页 |
| 4.2.1 重金属对堆肥过程中ARGs的影响 | 第65-67页 |
| 4.2.2 重金属对堆肥过程中MRGs的影响 | 第67-68页 |
| 4.2.3 重金属对堆肥过程中MGEs的影响 | 第68-69页 |
| 4.2.4 ARGs、MRGs和MGEs的共现分析 | 第69-70页 |
| 4.2.5 重金属对堆肥过程中细菌群落的影响 | 第70-74页 |
| 4.2.6 ARGs、MRGs和MGEs的宿主菌分析 | 第74-75页 |
| 4.2.7 堆肥过程中重金属DTPA-Cu和DTPA-Zn的变化 | 第75页 |
| 4.2.8 ARGs与重金属、MRGs、MGE以及细菌群落的关系 | 第75-77页 |
| 4.3 讨论 | 第77-79页 |
| 4.4 结论 | 第79-80页 |
| 第五章 3种重金属钝化剂对高Cu猪粪堆肥过程中抗生素抗性基因的影响 | 第80-97页 |
| 5.1 材料与方法 | 第81-82页 |
| 5.1.1 试验材料与装置 | 第81页 |
| 5.1.2 试验处理设置 | 第81页 |
| 5.1.3 样品采集 | 第81页 |
| 5.1.4 DTPA-Cu浓度测定 | 第81页 |
| 5.1.5 DNA提取和定量PCR | 第81页 |
| 5.1.6 16S rRNA测序 | 第81页 |
| 5.1.7 数据处理与分析 | 第81-82页 |
| 5.2 结果与分析 | 第82-94页 |
| 5.2.1 不同钝化剂对堆肥过程中ARGs的影响 | 第82-84页 |
| 5.2.2 不同钝化剂对堆肥过程中MRGs的影响 | 第84-85页 |
| 5.2.3 不同钝化剂对堆肥过程中MGEs的影响 | 第85-86页 |
| 5.2.4 ARGs、MRGs和MGEs的共现分析 | 第86页 |
| 5.2.5 不同钝化剂对堆肥过程中细菌群落的影响 | 第86-90页 |
| 5.2.6 堆肥产物中ARGs、MRGs和MGEs的宿主菌分析 | 第90-91页 |
| 5.2.7 不同钝化剂对堆肥过程DTPA-Cu浓度的影响 | 第91-92页 |
| 5.2.8 ARGs与重金属、MRGs、MGEs以及细菌群落的关系 | 第92-94页 |
| 5.3 讨论 | 第94-96页 |
| 5.4 结论 | 第96-97页 |
| 第六章 温度对好氧堆肥削减抗生素抗性基因的影响研究 | 第97-112页 |
| 6.1 材料与方法 | 第98-99页 |
| 6.1.1 试验材料与装置 | 第98-99页 |
| 6.1.2 样品采集 | 第99页 |
| 6.1.3 DNA提取和普通PCR和定量PCR | 第99页 |
| 6.1.4 16S rRNA基因测序 | 第99页 |
| 6.1.5 人类致病菌比对和分析 | 第99页 |
| 6.1.6 数据统计与分析 | 第99页 |
| 6.2 结果分析 | 第99-109页 |
| 6.2.1 不同温度好氧堆肥对ARGs的影响 | 第99-101页 |
| 6.2.2 不同温度好氧堆肥对整合子的影响 | 第101-102页 |
| 6.2.3 不同温度好氧堆肥对微生物群落的影响 | 第102-107页 |
| 6.2.4 不同温度好氧堆肥对人类致病菌的影响 | 第107页 |
| 6.2.5 ARGs、整合子和微生物群落之间的关系 | 第107-109页 |
| 6.3 讨论 | 第109-111页 |
| 6.4 结论 | 第111-112页 |
| 第七章 结论与展望 | 第112-114页 |
| 7.1 主要结论 | 第112-113页 |
| 7.2 研究展望 | 第113-114页 |
| 参考文献 | 第114-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
| 作者简介 | 第131-133页 |
| 附录 | 第133-153页 |
