| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-22页 |
| ·课题研究背景和意义 | 第10-12页 |
| ·染色体构象捕获技术及Hi-C数据 | 第12-16页 |
| ·染色体构象捕获及衍生技术的特点 | 第12页 |
| ·Hi-C技术及接触矩阵的特征 | 第12-16页 |
| ·染色体 3D结构的研究现状 | 第16-20页 |
| ·染色体结构的观察研究 | 第16-17页 |
| ·染色体结构的计算模型 | 第17-20页 |
| ·论文内容和结构 | 第20-22页 |
| 第2章 染色体3D结构预测方法 | 第22-38页 |
| ·结构预测流程 | 第22-23页 |
| ·基于距离约束的经典模型 | 第23-29页 |
| ·MDS方法原理 | 第23-26页 |
| ·基于流行结构的优化(MBO)方法 | 第26-29页 |
| ·基于概率分布的预测模型 | 第29-37页 |
| ·MCMC方法原理 | 第29-31页 |
| ·MCMC5C方法 | 第31-33页 |
| ·BACH和BACH-MIX方法 | 第33-35页 |
| ·PASTIS预测方法 | 第35-37页 |
| ·本章小结 | 第37-38页 |
| 第3章 基于ShRec3D和ChromSDE方法研究 | 第38-52页 |
| ·ShRec3D算法原理 | 第38-40页 |
| ·ChromSDE算法原理 | 第40-43页 |
| ·模型的评估指标 | 第43-44页 |
| ·算法的比较实验 | 第44-49页 |
| ·模拟数据集实验结果 | 第44-47页 |
| ·Hi-C数据集实验结果 | 第47-49页 |
| ·本章小结 | 第49-52页 |
| 第4章 基于ShRec3D+方法的研究 | 第52-62页 |
| ·ShRec3D+方法原理 | 第52页 |
| ·实验数据和数据的归一化 | 第52-54页 |
| ·模拟数据集来源 | 第53-54页 |
| ·Hi-C数据集来源 | 第54页 |
| ·算法的比较实验 | 第54-61页 |
| ·单峰函数的证明 | 第54-55页 |
| ·模拟数据集的实验结果 | 第55-58页 |
| ·Hi-C数据实验结果 | 第58-61页 |
| ·本章小结 | 第61-62页 |
| 第5章 基于不同归一化数据的ShRec3D+的性能 | 第62-68页 |
| ·模拟数据集的性能分析 | 第62-64页 |
| ·Possion-based模拟数据集 | 第62-63页 |
| ·实验结果及分析 | 第63-64页 |
| ·不同归一化的Hi-C数据的预测性能 | 第64-67页 |
| ·Hi-C数据来源 | 第64页 |
| ·实验结果及分析 | 第64-67页 |
| ·本章小结 | 第67-68页 |
| 结论 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-74页 |
| 攻读硕士学位期间所取得的成果 | 第74-76页 |
| 致谢 | 第76页 |