| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-15页 |
| 第一章 研究背景 | 第15-64页 |
| 第一节 原卟啉Ⅸ原氧化酶 | 第15-17页 |
| 第二节 原卟啉Ⅸ原氧化酶研究现状 | 第17-43页 |
| ·原卟啉Ⅸ原氧化酶的结构生物学研究 | 第17-24页 |
| ·原卟啉Ⅸ原氧化酶的催化机理研究 | 第24-27页 |
| ·原卟啉Ⅸ原氧化酶抑制剂研究 | 第27-38页 |
| ·原卟啉Ⅸ原氧化酶的医学研究 | 第38-43页 |
| 第三节 相关计算方法研究现状 | 第43-61页 |
| ·生物信息学方法 | 第43-46页 |
| ·分子对接 | 第46-51页 |
| ·分子动力学模拟 | 第51-61页 |
| 第四节 本文的研究目的和意义 | 第61-64页 |
| 第二章 原卟啉原Ⅸ氧化酶的生物信息学研究 | 第64-73页 |
| 第一节 实验资源和方法 | 第64-67页 |
| ·数据库 | 第65页 |
| ·实验方法 | 第65-67页 |
| 第二节 实验结果 | 第67-72页 |
| ·原卟啉原Ⅸ氧化酶序列的比较 | 第67-68页 |
| ·原卟啉原Ⅸ氧化酶结构域比较研究 | 第68-69页 |
| ·原卟啉原Ⅸ氧化酶活性空腔结构的比较研究 | 第69-72页 |
| 第三节 本章总结 | 第72-73页 |
| 第三章 原卟啉原Ⅸ氧化酶与底物结合模式的研究 | 第73-125页 |
| 第一节 研究的总体设计 | 第73-74页 |
| 第二节 原卟啉原Ⅸ氧化酶与底物分子对接研究 | 第74-81页 |
| ·实验目的 | 第74页 |
| ·实验步骤 | 第74-76页 |
| ·实验结果 | 第76-81页 |
| 第三节 原卟啉原Ⅸ的量化计算研究 | 第81-85页 |
| ·实验目的 | 第81-82页 |
| ·实验步骤 | 第82-83页 |
| ·实验结果 | 第83-85页 |
| ·小结 | 第85页 |
| 第四节 原卟啉原Ⅸ氧化酶与底物的分子动力学研究 | 第85-119页 |
| ·动力学研究总体设计 | 第85-86页 |
| ·原卟啉原Ⅸ氧化酶动力学模拟体系构建 | 第86-89页 |
| ·进行动力学模拟 | 第89-94页 |
| ·动力学模拟结果的分析 | 第94-98页 |
| ·烟草线粒体原卟啉原Ⅸ氧化酶与底物相互作用的动力学模拟研究 | 第98-108页 |
| ·枯草芽孢杆菌原卟啉原Ⅸ氧化酶与底物的动力学模拟研究 | 第108-114页 |
| ·人体原卟啉原Ⅸ氧化酶与底物的动力学模拟研究 | 第114-119页 |
| 第五节 原卟啉原与不同种属原卟啉原Ⅸ氧化酶结合模式的比较 | 第119-123页 |
| 第六节 本章总结 | 第123-125页 |
| 第四章 原卟啉原Ⅸ氧化酶功能的结构基础研究 | 第125-159页 |
| 第一节 人体原卟啉原Ⅸ氧化酶活性空腔残基的突变和计算研究 | 第125-131页 |
| ·实验目的 | 第125页 |
| ·分子动力学模拟研究 | 第125-126页 |
| ·实验结果 | 第126-131页 |
| ·小结 | 第131页 |
| 第二节 涉及原卟啉原Ⅸ氧化酶催化的残基簇的突变和计算研究 | 第131-157页 |
| ·前言 | 第131-133页 |
| ·人体原卟啉原Ⅸ氧化酶Arg59残基簇的研究 | 第133-146页 |
| ·枯草芽孢杆菌原卟啉原Ⅸ氧化酶Asp65残基簇的研究 | 第146-156页 |
| ·其他种属原卟啉原Ⅸ氧化酶中的极性作用网络 | 第156-157页 |
| 第三节 本章总结 | 第157-159页 |
| 第五章 人体卟啉症致病机制的计算研究 | 第159-184页 |
| 第一节 基于结构对卟啉症的研究 | 第159-161页 |
| 第二节 卟啉症分子致病机制的定量研究 | 第161-182页 |
| ·实验部分 | 第163-167页 |
| ·实验结果 | 第167-182页 |
| 第三节 本章总结 | 第182-184页 |
| 第六章 原卟啉原Ⅸ氧化酶与抑制剂相互作用的研究 | 第184-195页 |
| 第一节 人体原卟啉原Ⅸ氧化酶与抑制剂复合物的晶体结构研究 | 第184-187页 |
| ·实验目的 | 第184页 |
| ·实验方法 | 第184-185页 |
| ·实验结果和讨论 | 第185-187页 |
| 第二节 原卟啉原Ⅸ氧化酶对抑制剂选择性机制的研究 | 第187-194页 |
| ·实验目的 | 第187页 |
| ·实验方法 | 第187-188页 |
| ·实验结果和讨论 | 第188-194页 |
| 第三节 本章总结 | 第194-195页 |
| 第七章 总结与展望 | 第195-198页 |
| 第一节 课题总结 | 第195-197页 |
| 第二节 课题展望 | 第197-198页 |
| 参考文献 | 第198-212页 |
| 致谢 | 第212-213页 |
| 附录 | 第213-222页 |
| 附录A 氨基酸的中英文名称、简写符号及结构 | 第213-215页 |
| 附录B 由随机构象搜索得到的82个原卟啉原构象的二面角 | 第215-218页 |
| 附录C 野生型和突变体体系中D_(C5-N5)-A_(C5-N5-N10)的分布及分布函数 | 第218-221页 |
| 附录D 卟啉症突变体的实验活性和预测活性值 | 第221-222页 |
| 个人简历 | 第222页 |
| 在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第222页 |
