胡萝卜软腐欧文氏菌黑胫亚种蛋白质互作网络预测
| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略表(Abbreviation) | 第8-9页 |
| 1 前言 | 第9-17页 |
| ·欧文氏菌的介绍 | 第9-10页 |
| ·致病菌的重要特性分析 | 第10-13页 |
| ·细菌的分泌系统 | 第10-12页 |
| ·鞭毛合成以及趋化系统 | 第12-13页 |
| ·双组份信号转导系统 | 第13页 |
| ·蛋白质相互作用网络 | 第13-16页 |
| ·蛋白质相互作用的实验方法 | 第14页 |
| ·蛋白质相互作用的生物信息学预测方法 | 第14-16页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第16-17页 |
| 2 数据与方法 | 第17-23页 |
| ·数据来源 | 第17页 |
| ·数据库 | 第17页 |
| ·所用软件 | 第17页 |
| ·预测方法及验证方法的原理 | 第17-19页 |
| ·基于直系同源的方法 | 第17-18页 |
| ·基于结构域组合的方法 | 第18-19页 |
| ·基于K最近邻算法 | 第19页 |
| ·预测过程 | 第19-22页 |
| ·数据的预处理 | 第19-20页 |
| ·具体步骤 | 第20-22页 |
| ·初步结果 | 第22-23页 |
| ·基于直系同源预测方法的结果 | 第22页 |
| ·基于结构域组合预测方法的结果 | 第22-23页 |
| ·K最近邻算法评估的结果 | 第23页 |
| 3 蛋白质相互作用网络的构建及分析 | 第23-36页 |
| ·蛋白质相互作用网络的可视化 | 第23-25页 |
| ·蛋白质网络拓扑结构分析 | 第25-27页 |
| ·蛋白质功能模块分析 | 第27-28页 |
| ·COG分类 | 第27页 |
| ·模块划分 | 第27-28页 |
| ·子网络的分析 | 第28-36页 |
| ·分泌系统相关子网络 | 第28-30页 |
| ·鞭毛合成相关子网络 | 第30-33页 |
| ·趋化系统相关子网络 | 第33-34页 |
| ·信号转导系统相关子网络 | 第34-36页 |
| 4 讨论与展望 | 第36-38页 |
| ·讨论 | 第36-37页 |
| ·展望 | 第37-38页 |
| 参考文献 | 第38-48页 |
| 附表1 | 第48-50页 |
| 致谢 | 第50页 |
