基于并行混合粒子群算法的蛋白质结构预测
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 1 绪论 | 第8-13页 |
| ·研究背景及意义 | 第8页 |
| ·国内外研究现状 | 第8-11页 |
| ·本文的主要工作 | 第11-12页 |
| ·本文的组织结构 | 第12-13页 |
| 2 蛋白质结构预测理论 | 第13-21页 |
| ·蛋白质的结构 | 第13-18页 |
| ·蛋白质的基本组成单位 | 第13-15页 |
| ·蛋白质的分层结构 | 第15-18页 |
| ·蛋白质结构预测方法 | 第18-21页 |
| ·结构类型预测 | 第18页 |
| ·二级结构预测 | 第18-19页 |
| ·三维结构预测 | 第19-21页 |
| 3 蛋白质结构预测优化算法 | 第21-37页 |
| ·蛋白质优化模型 | 第21-27页 |
| ·全原子模型 | 第21-22页 |
| ·格点模型 | 第22-23页 |
| ·非格点模型 | 第23-27页 |
| ·粒子群算法 | 第27-30页 |
| ·粒子群算法的基本思想 | 第27-28页 |
| ·粒子群算法的算法描述 | 第28页 |
| ·粒子群算法的流程 | 第28-29页 |
| ·粒子群算法的性能分析 | 第29-30页 |
| ·禁忌搜索算法 | 第30-32页 |
| ·禁忌搜索算法的基本思想 | 第30页 |
| ·禁忌搜索算法的构成要素 | 第30-32页 |
| ·禁忌搜索算法的流程 | 第32页 |
| ·禁忌搜索算法的性能分析 | 第32页 |
| ·混合优化改进算法 | 第32-37页 |
| ·混合PSO和TS算法的基本策略 | 第33-35页 |
| ·混合优化算法的基本流程 | 第35-37页 |
| 4 蛋白质结构预测的并行优化算法 | 第37-45页 |
| ·并行算法基本知识 | 第37-41页 |
| ·并行计算机系统模型 | 第37-38页 |
| ·并行编程模式 | 第38-40页 |
| ·并行程序设计过程 | 第40-41页 |
| ·并行编程语言MPI | 第41-42页 |
| ·MPI的定义和特点 | 第41页 |
| ·MPI的基本函数 | 第41-42页 |
| ·TPSO并行改进 | 第42-45页 |
| ·TPSO算法的并行思想 | 第42-44页 |
| ·TPSO算法的并行流程 | 第44-45页 |
| 5 实验分析 | 第45-53页 |
| ·实验数据 | 第45页 |
| ·串行TPSO算法预测实验 | 第45-49页 |
| ·并行TPSO算法预测实验 | 第49-53页 |
| ·并行TPSO与串行TPSO性能比较实验 | 第49-50页 |
| ·真实蛋白质预测结果 | 第50-53页 |
| 结论 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-58页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-61页 |
