| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-35页 |
| ·土壤微生物多样性的基本特征 | 第15-17页 |
| ·物种多样性 | 第15-16页 |
| ·遗传多样性 | 第16页 |
| ·生态多样性 | 第16页 |
| ·功能多样性 | 第16-17页 |
| ·农业耕作措施对土壤微生物多样性影响 | 第17-19页 |
| ·耕作措施对土壤微生物的影响 | 第17-18页 |
| ·养分管理对土壤微生物的影响 | 第18页 |
| ·保护地（设施）栽培措施对土壤环境的影响 | 第18-19页 |
| ·根结线虫及包含病原线虫的复合病害 | 第19-21页 |
| ·根结线虫及其危害症状 | 第19-20页 |
| ·包含根结线虫的复合病害 | 第20-21页 |
| ·农田氮素循环及其与土壤微生物的关系 | 第21-25页 |
| ·农业生态系统的氮素输入 | 第21-22页 |
| ·农业生态系统中氮素输出 | 第22-23页 |
| ·硝化微生物分子生态学研究进展 | 第23-24页 |
| ·异养硝化作用的关键酶及其基因 | 第24-25页 |
| ·土壤微生物多样性的研究方法 | 第25-31页 |
| ·土壤微生物DNA 的提取与纯化 | 第25-26页 |
| ·16S rRNA 技术及分析方法研究进展 | 第26-28页 |
| ·土壤微生物群落总DNA 指纹图谱分析研究进展 | 第28-30页 |
| ·土壤细菌和古菌16S rRNA 基因文库的构建研究进展 | 第30-31页 |
| ·土壤氨氧化菌amoA 基因多样性研究进展 | 第31页 |
| ·科学问题的提出 | 第31-33页 |
| ·科学问题一 | 第31-32页 |
| ·科学问题二 | 第32-33页 |
| ·研究的目的和意义 | 第33页 |
| ·技术路线 | 第33-35页 |
| 第二章 土壤微生物总DNA 的提取和纯化 | 第35-42页 |
| ·材料 | 第35-36页 |
| ·方法 | 第36-39页 |
| ·土壤DNA 的提取 | 第36-37页 |
| ·土壤微生物粗提DNA 的纯化 | 第37-38页 |
| ·DNA 浓度和纯度检测 | 第38页 |
| ·PCR 检测 | 第38-39页 |
| ·结果与分析 | 第39-41页 |
| ·DNA 提取结果 | 第39-40页 |
| ·PCR 扩增结果 | 第40-41页 |
| ·讨论 | 第41-42页 |
| 第三章 保护地和露地土壤细菌和古菌群落多样性分析 | 第42-64页 |
| ·材料 | 第43-44页 |
| ·方法 | 第44-48页 |
| ·土壤微生物总DNA 的提取和纯化（方法同第二章方法二） | 第44页 |
| ·土壤细菌和古菌的16S RRNA 基因PCR 扩增反应，克隆和测序分析 | 第44-46页 |
| ·16S RRNA 克隆文库的ARDRA 分析 | 第46-47页 |
| ·16S rRNA 克隆文库的测序 | 第47-48页 |
| ·16S rRNA 克隆文库的分析 | 第48页 |
| ·系统发育分析和克隆文库间的比较分析 | 第48页 |
| ·结果与分析 | 第48-61页 |
| ·直接提取土壤微生物的DNA（方法二） | 第48-49页 |
| ·土壤细菌的16S rRNA 基因PCR 扩增、克隆文库的建立、系统发育分析 | 第49-54页 |
| ·土壤古菌的16S rRNA 基因PCR 扩增、克隆文库的建立、系统发育分析 | 第54-61页 |
| ·基因序列登录序列号 | 第61页 |
| ·讨论 | 第61-64页 |
| 第四章 保护地和露地土壤氨氧化古菌(AOA)和氨氧化细菌(AOB)群落多样性分析 | 第64-83页 |
| ·材料（同第三章） | 第65页 |
| ·方法 | 第65-68页 |
| ·土壤微生物总DNA 的提取和纯化（同第二章方法二） | 第65页 |
| ·土壤氨氧化古菌和细菌的amoA 基因PCR 扩增反应，克隆和测序分析.. | 第65-68页 |
| ·丰富度分析，系统发育分析和文库统计比较分析 | 第68页 |
| ·结果与分析 | 第68-80页 |
| ·直接提取土壤微生物的DNA（方法二） | 第68-69页 |
| ·氨氧化古菌（AOA）amoA 基因文库分析 | 第69-75页 |
| ·氨氧化细菌（AOB）amoA 基因文库分析 | 第75-80页 |
| ·基因序列登录序列号 | 第80页 |
| ·讨论 | 第80-83页 |
| 第五章 保护地土壤放线菌群落多样性分析 | 第83-91页 |
| ·材料 | 第83页 |
| ·方法 | 第83-86页 |
| ·土壤微生物总DNA 的提取和纯化（同第二章） | 第83页 |
| ·放线菌16S rRNA 克隆文库的建立 | 第83-86页 |
| ·放线菌16S rRNA 克隆文库的ARDRA 分析、测序和系统发育分析 | 第86页 |
| ·结果与分析 | 第86-90页 |
| ·土壤微生物总DNA 的提取 | 第86页 |
| ·放线菌16S r RNA PCR 扩增结果 | 第86-87页 |
| ·放线菌16S rRNA 基因克隆文库的建立 | 第87-88页 |
| ·土壤细菌和放线菌16S rRNA 基因克隆文库系统发育分析 | 第88-90页 |
| ·讨论 | 第90-91页 |
| 第六章 北京典型菜田土壤细菌群落多样性分析 | 第91-97页 |
| ·材料 | 第91页 |
| ·方法 | 第91页 |
| ·结果与分析 | 第91-96页 |
| ·土壤微生物总 DNA 的提取 | 第91-92页 |
| ·PCR 扩增土壤细菌 16S rRNA 基因 | 第92-93页 |
| ·北京地区土壤细菌 16S rRNA 基因克隆文库的建立 | 第93-94页 |
| ·土壤细菌 16S rRNA 基因克隆文库系统发育分析 | 第94-96页 |
| ·讨论 | 第96-97页 |
| 第七章 全文总结 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 作者简历 | 第111页 |
