| 中文摘要 | 第1-9页 |
| 英文摘要 | 第9-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-35页 |
| 1. 鳜类鱼类系统学研究进展 | 第13-15页 |
| 2. 分子系统学 | 第15-25页 |
| ·序列比对 | 第15-18页 |
| ·序列比对的原理 | 第15-16页 |
| ·序列比对的算法和类型 | 第16-18页 |
| ·空位编码 | 第18-21页 |
| ·将空位处理成缺失数据 | 第18页 |
| ·将空位编码成第五种性状 | 第18-19页 |
| ·将空位处理成性状状态变化 | 第19页 |
| ·多种状态空位区域的方法 | 第19-20页 |
| ·对插入缺失进行简单编码 | 第20页 |
| ·对插入缺失进行复杂编码 | 第20-21页 |
| ·对插入缺失进行复杂编码的改良方法 | 第21页 |
| ·分子钟估算的方法 | 第21-25页 |
| 3. 协同进化的研究 | 第25-28页 |
| ·寄生虫与寄主的协同进化模式 | 第25-26页 |
| ·寄生多种寄主的寄生虫与寄主的协同系统发育模式 | 第26-27页 |
| ·研究协同进化的方法 | 第27-28页 |
| 4. 本研究的目的 | 第28-35页 |
| 第二章 基于细胞色素b基因序列的鳜类系统发育和分化时间估算 | 第35-67页 |
| 1. 引言 | 第35-36页 |
| 2. 材料方法 | 第36-40页 |
| ·标本收集 | 第36页 |
| ·基因组的提取、扩增、克隆和测序 | 第36页 |
| ·序列的比对和分析 | 第36-37页 |
| ·系统发育分析 | 第37-39页 |
| ·分子钟检验和分化时间估算 | 第39-40页 |
| 3. 结果 | 第40-43页 |
| ·碱基组成和饱和检验 | 第40-41页 |
| ·系统发育分析 | 第41-42页 |
| ·参数检验 | 第42-43页 |
| ·分化时间 | 第43页 |
| 4. 讨论 | 第43-67页 |
| ·鳜类系统发育关系 | 第43-45页 |
| ·分化时间 | 第45-67页 |
| 第三章 基于S7核糖体蛋白基因内含子2的鳜类的系统发育分析 | 第67-89页 |
| 1. 引言 | 第67-68页 |
| 2. 材料方法 | 第68-70页 |
| ·采样 | 第68页 |
| ·基因组的提取、扩增、克隆和测序 | 第68页 |
| ·序列的比对 | 第68页 |
| ·系统发育分析 | 第68-70页 |
| 3. 结果 | 第70-71页 |
| 4. 讨论 | 第71-89页 |
| 第四章 viperin 基因在鳜类系统发育中的应用 | 第89-110页 |
| 1. 引言 | 第89-90页 |
| 2. 材料方法 | 第90-92页 |
| ·样品采集 | 第90页 |
| ·基因组的提取、扩增、克隆和测序 | 第90页 |
| ·序列比对与分析 | 第90-91页 |
| ·系统发育分析 | 第91-92页 |
| ·相竞争的系统发育假设检验 | 第92页 |
| 3. 结果 | 第92-95页 |
| ·序列分析 | 第92-94页 |
| ·基因单独及联合分析 | 第94-95页 |
| 4. 讨论 | 第95-110页 |
| ·鳜类viperin基因的内含子 | 第95页 |
| ·用线粒体基因和viperin 基因及rp57 的第一二内含子构建的鳜类系统发育关系 | 第95-96页 |
| ·在目前的采样条件下，哪一个基因是重建鳜类系统发育的最好标记？ | 第96-110页 |
| 第五章 运用ITS1-5.8S-ITS2 对两种近缘吸虫进行物种鉴别 | 第110-130页 |
| 1. 引言 | 第110-111页 |
| 2. 材料方法 | 第111-113页 |
| ·样品采集 | 第111-112页 |
| ·基因组提取、扩增、克隆和测序 | 第112页 |
| ·序列比对和分析 | 第112页 |
| ·系统发育分析 | 第112-113页 |
| ·检验竞争性的系统发育假设 | 第113页 |
| 3. 结果 | 第113-116页 |
| ·序列变异 | 第113-114页 |
| ·系统发育关系 | 第114-115页 |
| ·遗传分化和单倍型网络图 | 第115-116页 |
| 4. 讨论 | 第116-130页 |
| 参考文献 | 第130-150页 |
| 攻读博士学位期间发表论文 | 第150-153页 |
| 致谢 | 第153-154页 |
