| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-14页 |
| ·组合优化简介 | 第8-9页 |
| ·计算生物学中的组合优化问题 | 第9-11页 |
| ·算法和计算复杂性 | 第11-13页 |
| ·论文概述 | 第13-14页 |
| 第二章 单个基因组序列的重排列问题 | 第14-26页 |
| ·引言 | 第14-17页 |
| ·预备知识 | 第17-19页 |
| ·操作数下界 | 第19-23页 |
| ·一个2倍近似算法 | 第23-26页 |
| 第三章 多染色体基因组之间的syntenic距离问题 | 第26-42页 |
| ·引言 | 第26-28页 |
| ·预备知识 | 第28-32页 |
| ·连通的无覆盖synteny特殊类 | 第32-38页 |
| ·不连通的无覆盖synteny特殊类 | 第38-42页 |
| 第四章 染色体DNA序列重组合问题 | 第42-55页 |
| ·引言 | 第42-44页 |
| ·预备知识 | 第44-47页 |
| ·生成树型结构类的最优算法 | 第47-53页 |
| ·生成链型结构类的最优算法 | 第53-55页 |
| 第五章 广义链型结构类的序列重组合问题 | 第55-77页 |
| ·引言 | 第55-56页 |
| ·广义链的定义及预备知识 | 第56-60页 |
| ·广义3-链、广义4-链的最优重组合过程 | 第60-66页 |
| ·广义3-链的最优重组合过程 | 第60-62页 |
| ·广义4-链的最优重组合过程 | 第62-66页 |
| ·生成广义链的最优算法 | 第66-77页 |
| ·连续m-链的最优重组合算法 | 第66-73页 |
| ·混合m-链的最优重组合算法 | 第73-77页 |
| 第六章 决定生物性状的基因组群试问题 | 第77-90页 |
| ·引言 | 第77-80页 |
| ·在r-图中测试的一般方法 | 第80-83页 |
| ·在r-图中测试的一个竞争算法 | 第83-87页 |
| ·在超图中测试的一个竞争算法 | 第87-90页 |
| 后记 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
| 在学期间完成的论文 | 第96页 |