| 致谢 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-15页 |
| 目录 | 第15-20页 |
| 1 绪论 | 第20-60页 |
| ·双生病毒的危害及重要性 | 第20-21页 |
| ·双生病毒的分类及基因组结构 | 第21-26页 |
| ·玉米线条病毒属(Mastrevirus) | 第21页 |
| ·甜菜曲顶病毒属病毒(Curtovirus) | 第21-22页 |
| ·番茄伪曲顶病毒属(Topocuvirus) | 第22页 |
| ·菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus) | 第22-26页 |
| ·双生病毒的复制 | 第26-29页 |
| ·互补链的复制 | 第26页 |
| ·病毒链的复制 | 第26-28页 |
| ·与双生病毒复制有关的寄主因子以及病毒编码的其它蛋白 | 第28-29页 |
| ·双生病毒的转录 | 第29页 |
| ·双生病毒与RNA沉默 | 第29-51页 |
| ·RNA沉默的基本机制 | 第30-31页 |
| ·植物中的RNA沉默途径 | 第31-43页 |
| ·RNA沉默是植物抵御双生病毒侵染的一种固有机制 | 第43-51页 |
| ·双生病毒的变异与进化 | 第51-56页 |
| ·双生病毒的变异 | 第51-54页 |
| ·双生病毒的进化 | 第54-56页 |
| ·双生病毒与烟粉虱传播 | 第56-60页 |
| ·烟粉虱与双生病毒的大发生 | 第56页 |
| ·烟粉虱对双生病毒的获取与传播 | 第56-58页 |
| ·烟粉虱与双生病毒的相互作用 | 第58-60页 |
| 2 常规实验方法 | 第60-70页 |
| ·植物基因组DNA提取 | 第60-61页 |
| ·CTAB法提取植物基因组DNA | 第60页 |
| ·试剂盒法提取植物基因组DNA | 第60-61页 |
| ·常规DNA克隆技术 | 第61-63页 |
| ·PCR技术 | 第61页 |
| ·PCR产物纯化 | 第61-62页 |
| ·连接 | 第62页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞制备 | 第62页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞转化 | 第62-63页 |
| ·碱裂解法小量提取大肠杆菌质粒 | 第63页 |
| ·重组质粒导入根癌农杆菌 | 第63-64页 |
| ·根癌农杆菌感受态细胞制备 | 第63-64页 |
| ·重组质粒电击转化根癌农杆菌 | 第64页 |
| ·sRNA文库的构建 | 第64-67页 |
| ·植物总RNA的大量提取 | 第64页 |
| ·低分子量RNA(LMW RNA)的分离 | 第64-65页 |
| ·LMW RNA的纯化 | 第65页 |
| ·3'-接头连接纯化 | 第65-66页 |
| ·5'-接头连接纯化 | 第66页 |
| ·RT-PCR扩增small RNA | 第66-67页 |
| ·small RNA文库的纯化和高通量测序 | 第67页 |
| ·植物cDNA的制备 | 第67-70页 |
| ·植物RNA的小量提取 | 第67-68页 |
| ·RNA样品中基因组DNA的去除 | 第68页 |
| ·反转录 | 第68-70页 |
| 3 中国番茄黄曲叶病毒及其伴随的卫星DNA来源的小干扰RNA的鉴定 | 第70-96页 |
| ·材料与方法 | 第70-77页 |
| ·植物材料 | 第70页 |
| ·毒源 | 第70页 |
| ·农杆菌介导的植株接种 | 第70-71页 |
| ·病毒侵染性检测 | 第71页 |
| ·小RNA的文库构建 | 第71页 |
| ·sRNA的生物信息学分析 | 第71-72页 |
| ·sRNA的反向Northern杂交 | 第72-75页 |
| ·sRNA的Northern杂交 | 第75-76页 |
| ·Real-time RT PCR检测病毒转录本的含量 | 第76-77页 |
| ·结果与分析 | 第77-93页 |
| ·病毒及其卫星来源的sRNA(V-sRNA和S-sRNA)的鉴定及组成分析 | 第77-84页 |
| ·TYLCCNV和TYLCCNB基因组上sRNA产生的热点区 | 第84-85页 |
| ·反向Northern杂交验证TYLCCNV和TYLCCNB基因组上sRNA产生的热点区 | 第85-90页 |
| ·V-sRNA产生的前体 | 第90-93页 |
| ·讨论 | 第93-96页 |
| 4 中国番茄黄曲叶病毒卫星DNA编码的βC1蛋白抑制转录水平基因沉默研究 | 第96-128页 |
| ·材料与方法 | 第97-108页 |
| ·植物材料 | 第97页 |
| ·病毒材料 | 第97页 |
| ·PVX-βC1重组载体构建 | 第97页 |
| ·TGS回复试验 | 第97-98页 |
| ·病毒基因组的亚硫酸氢盐测序 | 第98-99页 |
| ·病毒的Southern blot检测 | 第99页 |
| ·甲基化敏感性延伸实验 | 第99-100页 |
| ·转βC1基因拟南芥植株的获得 | 第100-101页 |
| ·RNA提取及相关分析 | 第101-102页 |
| ·酵母双杂交实验 | 第102-104页 |
| ·双分子荧光互补实验(Bimolecular fluorescence complementation,BiFC) | 第104页 |
| ·SAHH活性测定 | 第104-108页 |
| ·结果与分析 | 第108-124页 |
| ·TYLCCNB能够降低TYLCCNV全基因组的甲基化水平 | 第108-111页 |
| ·TYLCCNB能够互补BCTV L2-突变体并且阻止回复 | 第111-115页 |
| ·βC1能够降低植物全基因组的甲基化水平 | 第115-117页 |
| ·βC1能够回复转录水平沉默的GFP转基因 | 第117-119页 |
| ·βC1转基因能够回复内源表观沉默位点的表达 | 第119-121页 |
| ·βC1与SAHH在体内直接互作 | 第121-122页 |
| ·βC1能够体外抑制SAHH活性 | 第122-124页 |
| ·讨论 | 第124-128页 |
| 5 番茄黄曲叶病毒和中国番茄曲叶病毒的分子变异分析 | 第128-145页 |
| ·材料与方法 | 第129-134页 |
| ·病毒样品的采集 | 第129-131页 |
| ·植物总DNA的提取 | 第131页 |
| ·病毒DNA的检测 | 第131页 |
| ·TYLCV全长基因组的克隆和序列测定 | 第131-133页 |
| ·DNA序列分析 | 第133-134页 |
| ·结果与分析 | 第134-141页 |
| ·TYLCV症状观察及检测 | 第134-135页 |
| ·TYLCV全长基因组的克隆及序列同源性比较 | 第135页 |
| ·TYLCV的群体遗传变异 | 第135-136页 |
| ·TYLCV的遗传距离分析 | 第136-137页 |
| ·TYLCV的核苷酸替代率分析 | 第137-140页 |
| ·TYLCV的核苷酸替代类型分析 | 第140页 |
| ·ToLCCNV是一个重组病毒 | 第140-141页 |
| ·讨论 | 第141-145页 |
| 6 番茄黄曲叶病毒在烟粉虱体内的分子变异研究 | 第145-160页 |
| ·材料与方法 | 第145-147页 |
| ·植物材料 | 第145页 |
| ·昆虫材料 | 第145-146页 |
| ·病毒材料 | 第146页 |
| ·农杆菌介导的植物接种 | 第146页 |
| ·烟粉虱获毒 | 第146页 |
| ·烟粉虱和植物基因组提取 | 第146页 |
| ·TYLCV全长基因组克隆 | 第146-147页 |
| ·TYLCV序列测定和分析 | 第147页 |
| ·结果与分析 | 第147-157页 |
| ·TYLCV在Q型烟粉虱体内的遗传变异和结构特征 | 第147-148页 |
| ·TYLCV在Q型烟粉虱体内的突变分布 | 第148-149页 |
| ·TYLCV在Q型烟粉虱体内的突变类型 | 第149页 |
| ·TYLCV在Q型烟粉虱体内的突变对氨基酸变异影响 | 第149页 |
| ·TYLCV在ZHJ2型烟粉虱体内的分子变异分析 | 第149-157页 |
| ·讨论 | 第157-160页 |
| 7 全文小结 | 第160-161页 |
| 参考文献 | 第161-184页 |
| 附录A 本论文所用缩写词及中英文对照 | 第184-188页 |
| 附录B 本论文所用病毒缩写及中英文对照 | 第188-190页 |
| 附录C 常用缓冲液及培养基配方 | 第190-196页 |
| 作者简历及攻读博士学位期间已发表论文 | 第196页 |
