| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-22页 |
| ·代谢网络重构概述 | 第10-12页 |
| ·基因尺度上的代谢网络重构 | 第12-16页 |
| ·代谢网络重构的研究现状 | 第16-19页 |
| ·代谢网络重构现状 | 第16-17页 |
| ·代谢网络重构方法 | 第17-19页 |
| ·论文的主要工作与内容结构 | 第19-22页 |
| 第二章 面向多细胞生物的代谢网络重构系统 | 第22-33页 |
| ·MCMNRS 系统架构 | 第22-25页 |
| ·代谢网络重构工具的现状 | 第22-23页 |
| ·面向多细胞生物的代谢网络重构系统MCMNRS 的特点 | 第23-24页 |
| ·面向多细胞生物的代谢网络重构系统MCMNRS 的结构设计 | 第24-25页 |
| ·代谢网络重构描述语言MNRML | 第25-31页 |
| ·MNRML 描述的内容 | 第27-29页 |
| ·MNRML 的应用程序接口 | 第29页 |
| ·面向MNRML 的应用程序框架 | 第29-31页 |
| ·小结 | 第31-33页 |
| 第三章 MCMNRS 中酶鉴定算法的实现及参数优化 | 第33-55页 |
| ·概述 | 第33-35页 |
| ·PathoLogic 算法 | 第35-37页 |
| ·酶鉴定算法中的数据特征分析 | 第37-41页 |
| ·酶名字特征分析 | 第37-39页 |
| ·基因产物特征分析 | 第39-40页 |
| ·结论 | 第40-41页 |
| ·混合分词匹配算法 | 第41-47页 |
| ·算法流程 | 第41-44页 |
| ·最优参数选择 | 第44-47页 |
| ·实验结果对比与分析 | 第47-53页 |
| ·实验设计 | 第47-48页 |
| ·HPA 和PathoLogic 重构大肠杆菌的结果对比与分析 | 第48-50页 |
| ·EcoCyc 简介 | 第48页 |
| ·HPA 和PathoLogic 算法在重构大肠杆菌时的对比 | 第48-50页 |
| ·HPA 和PathoLogic 重构酵母菌的结果对比与分析 | 第50-53页 |
| ·SGD 数据库简介 | 第51页 |
| ·HPA 和PathoLogic 算法在重构酵母菌时的对比 | 第51-53页 |
| ·小结 | 第53-55页 |
| 第四章 MCMNRS 的设计与实现 | 第55-70页 |
| ·输入数据处理模块的设计和实现 | 第56-59页 |
| ·数据库信息提取模块和标准网络重构模块的设计 | 第59-61页 |
| ·大规模网络重构模块的设计和实现 | 第61-66页 |
| ·基于MNRML 语言的模型划分 | 第63-65页 |
| ·子模型的分类互联 | 第65-66页 |
| ·代谢网络分析模块的设计和实现 | 第66-69页 |
| ·小结 | 第69-70页 |
| 第五章 MCMNRS 的应用研究 | 第70-89页 |
| ·MCMNRS 在多细胞生物代谢网络重构方面的应用研究 | 第70-78页 |
| ·多细胞生物的代谢网络重构 | 第71-73页 |
| ·网络特性分析 | 第73-77页 |
| ·结果分析 | 第77-78页 |
| ·MCMNRS 在生物组织代谢网络重构方面的应用研究 | 第78-88页 |
| ·小家鼠组织细胞的代谢网络重构 | 第78-79页 |
| ·网络特异性分析 | 第79-83页 |
| ·网络聚类分析 | 第83-87页 |
| ·结果分析 | 第87-88页 |
| ·小结 | 第88-89页 |
| 第六章 总结与展望 | 第89-92页 |
| ·成果总结 | 第89-90页 |
| ·工作展望 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第97页 |
