| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第17-33页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第17-19页 |
| 1.2 相关概念 | 第19-24页 |
| 1.2.1 测序技术简介 | 第19-20页 |
| 1.2.2 测序序列比对相关名词介绍 | 第20-23页 |
| 1.2.3 测序序列比对问题定义及评价标准 | 第23-24页 |
| 1.3 研究现状 | 第24-28页 |
| 1.3.1 序列比对算法的索引技术 | 第24-26页 |
| 1.3.2 序列比对算法设计 | 第26-27页 |
| 1.3.3 序列比对算法并行化 | 第27-28页 |
| 1.4 本文研究内容 | 第28-30页 |
| 1.4.1 FM-index索引方法中定位过程设计及优化 | 第28-29页 |
| 1.4.2 找全比对算法优化 | 第29页 |
| 1.4.3 找全比对算法的GPU加速 | 第29-30页 |
| 1.4.4 基于改进FM-index的甲基化序列比对算法设计 | 第30页 |
| 1.5 论文组织 | 第30-33页 |
| 第2章 FM-index索引方法中定位过程设计及优化 | 第33-55页 |
| 2.1 引言 | 第33-35页 |
| 2.2 背景知识及相关概念 | 第35-40页 |
| 2.2.1 相关定义和概念 | 第35页 |
| 2.2.2 FM-index简介 | 第35-39页 |
| 2.2.3 FM-index定位算法的的瓶颈 | 第39-40页 |
| 2.3 高效的FM-index定位算法:FMtree | 第40-48页 |
| 2.3.1 FMtree算法基本思路 | 第40-42页 |
| 2.3.2 进一步优化:剪枝策略 | 第42-46页 |
| 2.3.3 FMtree完整算法 | 第46-48页 |
| 2.4 实验结果与分析 | 第48-53页 |
| 2.4.1 小数据集上的实验结果 | 第50-51页 |
| 2.4.2 大数据集上的实验结果 | 第51-53页 |
| 2.5 本章小结 | 第53-55页 |
| 第3章 找全比对算法优化 | 第55-75页 |
| 3.1 引言 | 第55-56页 |
| 3.2 背景知识及相关概念 | 第56-58页 |
| 3.2.1 问题定义及相关概念 | 第56-57页 |
| 3.2.2 过滤阶段 | 第57-58页 |
| 3.2.3 验证阶段 | 第58页 |
| 3.3 基于向量化位并行算法的找全比对算法 | 第58-66页 |
| 3.3.1 受限编辑距离计算 | 第59-60页 |
| 3.3.2 向量化位并行算法 | 第60-63页 |
| 3.3.3 模式串数量对向量化位并行算法的影响 | 第63页 |
| 3.3.4 向量化验证框架 | 第63-66页 |
| 3.4 实验结果与分析 | 第66-73页 |
| 3.4.1 不同序列比对算法敏感性比较 | 第66-70页 |
| 3.4.2 不同序列比对算法在大数据集上的结果 | 第70-73页 |
| 3.5 本章小结 | 第73-75页 |
| 第4章 找全比对算法的GPU加速 | 第75-97页 |
| 4.1 引言 | 第75-76页 |
| 4.2 背景知识及相关概念 | 第76-80页 |
| 4.2.1 找全比对算法流程 | 第76-78页 |
| 4.2.2 GPU体系结构及编程模型 | 第78-79页 |
| 4.2.3 GPU加速找全比对算法瓶颈 | 第79-80页 |
| 4.3 基于稀疏q-gram index的GPU加速的找全比对算法 | 第80-91页 |
| 4.3.1 稀疏q-gram index | 第81-87页 |
| 4.3.2 GPU加速的BitMapper2算法设计 | 第87-91页 |
| 4.4 实验结果与分析 | 第91-96页 |
| 4.4.1 模拟数据集上敏感性结果 | 第91-93页 |
| 4.4.2 大规模真实数据集上性能比较 | 第93-96页 |
| 4.5 本章小结 | 第96-97页 |
| 第5章 基于改进FM-index的甲基化序列比对算法设计 | 第97-119页 |
| 5.1 引言 | 第97-98页 |
| 5.2 背景知识和相关概念 | 第98-100页 |
| 5.2.1 相关概念和定义 | 第99页 |
| 5.2.2 FM-index基础知识 | 第99-100页 |
| 5.3 基于改进FM-index的甲基化序列比对算法 | 第100-108页 |
| 5.3.1 BitMapperBS简介 | 第100-101页 |
| 5.3.2 三字符FM-index | 第101-105页 |
| 5.3.3 针对FM-index的进一步优化 | 第105-106页 |
| 5.3.4 种子与扩展策略 | 第106-108页 |
| 5.4 实验结果与分析 | 第108-117页 |
| 5.4.1 模拟数据上比对结果 | 第108-112页 |
| 5.4.2 真实数据上比对结果 | 第112-116页 |
| 5.4.3 比对算法在大规模数据集上的效率 | 第116-117页 |
| 5.5 本章小结 | 第117-119页 |
| 第6章 总结 | 第119-124页 |
| 6.1 本文工作 | 第119-121页 |
| 6.2 本文贡献与创新之处 | 第121-122页 |
| 6.3 进一步工作 | 第122-124页 |
| 参考文献 | 第124-133页 |
| 致谢 | 第133-135页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第135-137页 |
| 攻读学位期间参加的科研项目 | 第137页 |
