| 摘要 | 第5-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 符号说明 | 第12-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-42页 |
| 1.1 链霉菌基因组 | 第18-22页 |
| 1.1.1 链霉菌简介 | 第18页 |
| 1.1.2 链霉菌特殊的基因组结构 | 第18-20页 |
| 1.1.3 链霉菌基因组研究概况 | 第20-21页 |
| 1.1.4 放线菌型整合性接合元件 | 第21-22页 |
| 1.2 链霉菌线性质粒的复制机制 | 第22-31页 |
| 1.2.1 链霉菌线性质粒的端粒 | 第23-26页 |
| 1.2.2 链霉菌基因组编码的末端蛋白和端粒相关蛋白 | 第26-29页 |
| 1.2.3 链霉菌线性质粒的中心复制起始区 | 第29-30页 |
| 1.2.4 链霉菌线性复制子复制过程中的末端补平机制 | 第30-31页 |
| 1.3 毒素-抗毒素系统系统研究概况 | 第31-41页 |
| 1.3.1 毒素-抗毒素系统的定义 | 第32页 |
| 1.3.2 毒素-抗毒素系统的分布 | 第32-33页 |
| 1.3.3 毒素-抗毒素系统的分类 | 第33-36页 |
| 1.3.4 毒素-抗毒素系统中毒素蛋白的作用靶点 | 第36-37页 |
| 1.3.5 毒素-抗毒素系统的调控机制 | 第37-39页 |
| 1.3.6 毒素-抗毒素系统的功能 | 第39-40页 |
| 1.3.7 毒素-抗毒素系统的应用 | 第40-41页 |
| 1.4 本研究主要内容 | 第41-42页 |
| 第二章 材料与方法 | 第42-67页 |
| 2.1 本研究中使用的培养基 | 第42-43页 |
| 2.2 本研究中使用的试剂和缓冲液 | 第43-46页 |
| 2.3 本研究所用菌株、质粒及引物列表 | 第46-51页 |
| 2.4 实验方法 | 第51-62页 |
| 2.5 全基因组测序过程中的缺口填补的计算机方法及实验方法 | 第62-65页 |
| 2.6 全基因组注释及相关的生物信息学分析 | 第65-67页 |
| 第三章 卡特利链霉菌DSM46488基因组完整图谱的构建与分析 | 第67-89页 |
| 3.1 引言 | 第67-68页 |
| 3.2 实验结果与分析 | 第68-87页 |
| 3.2.1 DSM46488基因组的大规模测序、拼接及全基因组完整图谱的构建 | 第68-70页 |
| 3.2.2 DSM46488全基因组的基本特征 | 第70-72页 |
| 3.2.3 DSM46488与其他链霉菌全基因组之间的比较分析 | 第72-74页 |
| 3.2.4 DSM46488中1.81 Mb的复制子是巨型质粒 | 第74-76页 |
| 3.2.5 DSM46488编码的次级代谢产物生物合成基因簇 | 第76-79页 |
| 3.2.6 巨型质粒与染色体之间的交互作用 | 第79-82页 |
| 3.2.7 DSM46488基因组编码的整合性接合元件 | 第82-87页 |
| 3.3 本章小结 | 第87-89页 |
| 第四章 卡特利链霉菌DSM46488中巨型线性质粒pSCATT的复制起始区、末端蛋白及端粒相关蛋白的研究 | 第89-119页 |
| 4.1 引言 | 第89-90页 |
| 4.2 实验结果与分析 | 第90-118页 |
| 4.2.1 DSM46488中线性复制子的端粒的克隆、测序及分析 | 第90-92页 |
| 4.2.2 DSM46488的基因组包含的非典型端粒 | 第92-93页 |
| 4.2.3 巨型质粒编码的潜在的末端蛋白及端粒相关蛋白 | 第93-95页 |
| 4.2.4 tap2 - tpg2及tap1-tpg1分别形成操纵子结构 | 第95-96页 |
| 4.2.5 tap2 - tpg2及tap1-tpg1分别负责巨型质粒的两个不同端粒的复制 | 第96-103页 |
| 4.2.6 tap2 - tpg2中的SCATT_p03430并不是端粒cpTelo复制的必需基因 | 第103-105页 |
| 4.2.7 DSM46488的两套Tap-Tp在细菌中的分布 | 第105-107页 |
| 4.2.8 Tp1、Tp2、Tap1及Tap2序列分析 | 第107-108页 |
| 4.2.9 Tp1、Tp2、Tap1及Tap2在大肠杆菌中过量表达 | 第108-109页 |
| 4.2.10 Tp1、Tap2及Tp2在体外与cpTelo或pTelo DNA分子的结合 | 第109-110页 |
| 4.2.11 Tp1及Tp2中的细胞核定位信号的功能验证 | 第110-112页 |
| 4.2.12 DSM46488端粒序列的启动子活性 | 第112-114页 |
| 4.2.13 巨型质粒pSCATT的复制区 | 第114-117页 |
| 4.2.14 巨型质粒pSCATT的复制起始蛋白 | 第117-118页 |
| 4.3 本章小节 | 第118-119页 |
| 第五章 卡特利链霉菌DSM46488染色体编码的ReIBE家族的Ⅱ型毒素抗毒素系统的研究 | 第119-151页 |
| 5.1 引言 | 第119-121页 |
| 5.2 结果与分析 | 第121-149页 |
| 5.2.1 DSM46488中Ⅱ型毒素抗毒素系统的预测 | 第121-123页 |
| 5.2.2 DSM46488染色体编码的两套ReIBE系统 | 第123-124页 |
| 5.2.3 relBE2sca在DSM46488中形成操纵子结构 | 第124-127页 |
| 5.2.4 RelE2sca的表达抑制大肠杆菌MGJ5987的生长 | 第127-129页 |
| 5.2.5 毒素蛋白RelE2sca与抗毒素蛋白RelB2sca之间的相互作用 | 第129-132页 |
| 5.2.6 毒素蛋白RelE2sca中与活性相关的关键氨基酸残基 | 第132-134页 |
| 5.2.7 RelBE2sca系统的自我调控机制 | 第134-136页 |
| 5.2.8 RelBE2sca系统在不同压力条件的转录水平的变化 | 第136-139页 |
| 5.2.9 DSM46488中蛋白酶基因在不同压力条件下的转录水平 | 第139-141页 |
| 5.2.10 RelB2sca受到DSM46488编码的蛋白酶ClpPX的水解 | 第141-144页 |
| 5.2.11 不同来源的RelBE系统之间的互作 | 第144-146页 |
| 5.2.12 relBE2sca增强大肠杆菌质粒在宿主细胞中的稳定遗传 | 第146-147页 |
| 5.2.13 relBE2sca在常用的链霉菌异源表达宿主中的功能检测 | 第147-149页 |
| 5.3 本章小节 | 第149-151页 |
| 第六章 工作总结与展望 | 第151-154页 |
| 6.1 本论文的创新点 | 第151页 |
| 6.2 工作总结 | 第151-152页 |
| 6.3 下一步工作及展望 | 第152-154页 |
| 附录列表 | 第154-168页 |
| 附录Ⅰ | 第155-156页 |
| 附录Ⅱ | 第156-157页 |
| 附录Ⅲ | 第157-158页 |
| 附录Ⅳ | 第158-159页 |
| 附录Ⅴ | 第159-160页 |
| 附录Ⅵ | 第160-161页 |
| 附录Ⅶ | 第161-163页 |
| 附录Ⅷ | 第163-164页 |
| 附录Ⅸ | 第164-166页 |
| 附录Ⅹ | 第166-168页 |
| 参考文献 | 第168-182页 |
| 致谢 | 第182-184页 |
| 攻读博士学位期间的研究成果 | 第184-185页 |
