| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 引言 | 第12-26页 |
| 1.1 豆科简介 | 第12-13页 |
| 1.1.1 豆科植物简介 | 第12页 |
| 1.1.2 豆科植物的经济价值 | 第12-13页 |
| 1.1.3 豆科植物的生态价值 | 第13页 |
| 1.2 豆科的系统分类研究概况 | 第13-22页 |
| 1.2.1 豆科的分类研究 | 第13-14页 |
| 1.2.2 豆科的系统学研究概况 | 第14-22页 |
| 1.3 叶绿体系统发育基因组学概述 | 第22-24页 |
| 1.4 豆科的叶绿体系统发育基因组学研究进展 | 第24-25页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第25-26页 |
| 第2章 基于叶绿体基因组的豆科系统发育研究 | 第26-80页 |
| 2.1 材料和方法 | 第26-35页 |
| 2.1.1 材料与数据搜集 | 第26页 |
| 2.1.2 DNA提取与测序 | 第26-27页 |
| 2.1.3 数据组装与注释 | 第27-34页 |
| 2.1.4 矩阵构建 | 第34页 |
| 2.1.5 系统发育重建与Network分析 | 第34-35页 |
| 2.2 结果 | 第35-73页 |
| 2.2.1 叶绿体基因组基本结构特征与变异 | 第35-40页 |
| 2.2.2 基于叶绿体基因组的豆科系统发育关系 | 第40-73页 |
| 2.3 讨论 | 第73-80页 |
| 2.3.1 豆科六个亚科间的系统发育关系 | 第73页 |
| 2.3.2 豆科亚科内主要分支间的系统发育关系 | 第73-78页 |
| 2.3.2.1 紫荆亚科主要分支系统发育关系 | 第74页 |
| 2.3.2.2 甘豆亚科主要分支系统发育关系 | 第74-75页 |
| 2.3.2.3 蝶形花亚科主要分支系统发育关系 | 第75页 |
| 2.3.2.4 云实亚科主要分支系统发育关系 | 第75-78页 |
| 2.3.3 适用于解析豆科不同分类水平系统发育关系的叶绿体基因组序列探讨 | 第78-80页 |
| 第3章 含羞草分支的叶绿体基因组结构变异与演化 | 第80-104页 |
| 3.1 材料和方法 | 第80-84页 |
| 3.1.1 数据获取 | 第80-82页 |
| 3.1.2 重复序列分析 | 第82页 |
| 3.1.3 系统发育及IR扩张/收缩的演化模式重建 | 第82-83页 |
| 3.1.4 叶绿体基因组比较和序列分化分析 | 第83-84页 |
| 3.2 结果 | 第84-100页 |
| 3.2.1 含羞草分支叶绿体基因组基本结构特征 | 第84-87页 |
| 3.2.2 IR扩张与收缩 | 第87页 |
| 3.2.3 由IR扩张/收缩引起的基因的替换速率的变化 | 第87-90页 |
| 3.2.4 IR扩张/收缩演化模式的重建 | 第90-91页 |
| 3.2.5 重复序列及其与基因组大小和结构变异的关系 | 第91-93页 |
| 3.2.6 序列分化分析 | 第93-100页 |
| 3.3 讨论 | 第100-104页 |
| 3.3.1 含羞草分支叶绿体基因组结构变异 | 第100-101页 |
| 3.3.2 IR的扩张/收缩对基因替换速率的影响 | 第101页 |
| 3.3.3 IR扩张/收缩的演化模式 | 第101页 |
| 3.3.4 重复序列对含羞草分支叶绿体基因组的影响 | 第101-102页 |
| 3.3.5 序列分化对系统学研究的意义 | 第102-104页 |
| 第4章 紫荆亚科的叶绿体基因组结构变异与演化 | 第104-118页 |
| 4.1 材料和方法 | 第104-108页 |
| 4.1.1 数据获取 | 第104-105页 |
| 4.1.2 序列反转分析 | 第105页 |
| 4.1.3 同分异构体验证 | 第105-108页 |
| 4.1.4 系统发育重建 | 第108页 |
| 4.2 结果 | 第108-112页 |
| 4.2.1 紫荆亚科叶绿体基因组基本结构特征 | 第108页 |
| 4.2.2 紫荆亚科叶绿体基因组重排 | 第108-110页 |
| 4.2.3 Tylosema叶绿体基因组同分异构体验证 | 第110-112页 |
| 4.3 讨论 | 第112-118页 |
| 4.3.1 紫荆亚科叶绿体基因组的反转及IR扩张/收缩 | 第112-113页 |
| 4.3.2 Tylosema叶绿体基因组的同分异构现象 | 第113-114页 |
| 4.3.3 紫荆亚科叶绿体基因组结构变异演化模式 | 第114-118页 |
| 第5章 结论与展望 | 第118-122页 |
| 5.1 主要结论 | 第118-120页 |
| 5.1.1 豆科六个亚科及亚科内主要分支间的系统发育关系 | 第118页 |
| 5.1.2 适用于豆科系统学研究的叶绿体基因组片段和方法 | 第118-119页 |
| 5.1.3 含羞草分支叶绿体基因组的结构特征与变异 | 第119页 |
| 5.1.4 紫荆亚科叶绿体基因组的结构特征、变异和同分异构现象 | 第119-120页 |
| 5.2 展望 | 第120-122页 |
| 参考文献 | 第122-136页 |
| 附录 | 第136-148页 |
| 致谢 | 第148-152页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第152页 |
