| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 第一章 前言 | 第15-38页 |
| 1.1 σ因子概述 | 第15-16页 |
| 1.2 σ因子的分类 | 第16-21页 |
| 1.2.1 σ~(54)家族 | 第16-18页 |
| 1.2.2 σ~(70)家族 | 第18-21页 |
| 1.3 ECFσ因子 | 第21-25页 |
| 1.4 植物病原细菌 | 第25-27页 |
| 1.5 十字花科黑腐病菌 | 第27-28页 |
| 1.6 Ⅲ型分泌系统与hrp基因 | 第28-37页 |
| 1.6.1 Ⅲ型分泌系统(type Ⅲ secretion system, T3SS) | 第28-30页 |
| 1.6.2 hrp基因的功能及组成 | 第30-31页 |
| 1.6.3 hrp基因调控机理及研究进展 | 第31-37页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第37-38页 |
| 第二章 材料与方法 | 第38-69页 |
| 2.1 菌株及质粒 | 第38-43页 |
| 2.2 引物 | 第43-50页 |
| 2.3 培养基及培养条件和菌株保藏 | 第50页 |
| 2.4 常用溶液与缓冲液 | 第50-53页 |
| 2.5 遗传操作和微生物操作 | 第53页 |
| 2.6 缺失突变体及互补菌株的构建 | 第53-54页 |
| 2.6.1 缺失突变体的构建 | 第53-54页 |
| 2.6.2 顺式互补菌株的构建 | 第54页 |
| 2.6.3 反式互补菌株的构建 | 第54页 |
| 2.7 定点突变的构建 | 第54-55页 |
| 2.8 细菌抗逆性检测 | 第55页 |
| 2.9 胞外酶及胞外多糖的检测 | 第55-56页 |
| 2.9.1 胞外淀粉酶的检测 | 第55页 |
| 2.9.2 胞外纤维素酶的检测 | 第55页 |
| 2.9.3 胞外蛋白酶的检测 | 第55页 |
| 2.9.4 胞外多糖的平板检测 | 第55-56页 |
| 2.10 β-葡糖醛酸酶(GUS)酶活定量检测 | 第56-57页 |
| 2.11 6×His tagged蛋白的诱导表达和纯化 | 第57-59页 |
| 2.11.1 重组表达菌株的构建 | 第57页 |
| 2.11.2 蛋白的诱导表达和纯化 | 第57-58页 |
| 2.11.3 SDS聚丙烯酰胺凝胶(SDS-PAGE)电泳 | 第58-59页 |
| 2.12 体外转录实验 | 第59-61页 |
| 2.12.1 体外转录反应 | 第59页 |
| 2.12.2 转膜及交联 | 第59-60页 |
| 2.12.3 化学发光法检测生物素标记的DNA或RNA | 第60-61页 |
| 2.13 电泳迁移率实验(EMSA-electrophoretic mobility shift assay) | 第61页 |
| 2.14 Western杂交 | 第61-62页 |
| 2.15 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation assay, ChIP) | 第62-64页 |
| 2.16 细菌总RNA的提取 | 第64-65页 |
| 2.16.1 Xcc总RNA的提取 | 第64-65页 |
| 2.16.2 RNA中总DNA的去除 | 第65页 |
| 2.17 RT-PCR | 第65-67页 |
| 2.17.1 半定量RT-PCR | 第65-66页 |
| 2.17.2 荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR) | 第66-67页 |
| 2.18 植株感病实验 | 第67页 |
| 2.19 细菌的叶内生长曲线测定 | 第67页 |
| 2.20 HR检测分析 | 第67-68页 |
| 2.20.1 定性HR | 第68页 |
| 2.20.2 定量HR | 第68页 |
| 2.21 转录组测序及数据分析 | 第68-69页 |
| 第三章 Xcc 8004菌株σ因子的鉴定 | 第69-85页 |
| 3.1 引言 | 第69页 |
| 3.2 生物信息学分析σ因子 | 第69-72页 |
| 3.3 缺失突变体的构建 | 第72-78页 |
| 3.3.1 rpoE1缺失突变体的构建 | 第72-75页 |
| 3.3.2 其它σ因子单缺失突变体的构建 | 第75-78页 |
| 3.4 反式功能互补菌株的构建 | 第78-79页 |
| 3.5 ΔrpoE1顺式功能互补菌株的构建 | 第79-81页 |
| 3.6 XC_3806和XC_3843是Xcc 8004的看家基因 | 第81-84页 |
| 3.7 小结 | 第84-85页 |
| 第四章 rpoE1影响Xcc的致病性和HR | 第85-92页 |
| 4.1 引言 | 第85页 |
| 4.2 rpoE1影响Xcc 8004在寄主植物上的致病力 | 第85-88页 |
| 4.2.1 σ因子各单基因缺失突变体致病力的检测 | 第85页 |
| 4.2.2 σ因子多基因缺失突变体致病力的检测 | 第85-87页 |
| 4.2.3 rpoE1突变体叶内生长曲线的测定 | 第87-88页 |
| 4.3 rpoE1与Xcc 8004在非寄主植物上的HR反应相关 | 第88-90页 |
| 4.4 rpoE1不影响胞外酶的活性和胞外多糖的产量 | 第90-91页 |
| 4.5 小结 | 第91-92页 |
| 第五章 RpoE1正向调控hrpX的表达 | 第92-119页 |
| 5.1 引言 | 第92页 |
| 5.2 hrpX受RpoE1的正向调控 | 第92-93页 |
| 5.3 XC3806和XC3843不影响hrpX的表达 | 第93-94页 |
| 5.4 RpoE1正向调控其它hrp基因及T3SE的表达 | 第94-97页 |
| 5.5 RpoE1不影响hrpG的表达 | 第97页 |
| 5.6 组成型表达的hrpX可以恢复rpoE1突变体在寄主植物上的致病力和非寄主植物的HR反应 | 第97-101页 |
| 5.7 rpoE1的表达不受HrpG的调控 | 第101-102页 |
| 5.8 rpoE1受基本培养基和植物信号诱导 | 第102-103页 |
| 5.9 RpoE1调控hrpX的机理研究 | 第103-118页 |
| 5.9.1 转录组差异基因分析 | 第104-108页 |
| 5.9.2 RpoE1调控hrpX区域的鉴定 | 第108-113页 |
| 5.9.3 RpoE1增强hrpX的转录 | 第113-115页 |
| 5.9.4 RpoE1直接结合hrpX基因启动子区 | 第115-118页 |
| 5.10 小结 | 第118-119页 |
| 第六章 影响细菌抗逆的σ因子的鉴定 | 第119-127页 |
| 6.1 引言 | 第119页 |
| 6.2 ECFσ因子十基因缺失Δ10抗逆的检测 | 第119-120页 |
| 6.3 各个ECFσ因子对重金属耐受性的检测 | 第120-123页 |
| 6.4 各个ECFσ因子对SDS耐受性的检测 | 第123-124页 |
| 6.5 各个ECFσ因子对有机试剂苯酚耐受性的检测 | 第124-125页 |
| 6.6 各个ECFσ因子对不同pH环境耐受性的检测 | 第125-126页 |
| 6.7 小结 | 第126-127页 |
| 第七章 结论与讨论 | 第127-135页 |
| 7.1 结论 | 第127-130页 |
| 7.2 讨论 | 第130-135页 |
| 参考文献 | 第135-164页 |
| 致谢 | 第164-166页 |
| 攻读博士学位期间发表的研究论文 | 第166页 |
