| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-6页 |
| 目录 | 第6-12页 |
| 第一章 Markov链生成的K串计数的DNA模体识别 | 第12-28页 |
| ·数值枚举技术 | 第13-17页 |
| ·嵌入马尔科夫作为计数 | 第13-16页 |
| ·其次马尔科夫模型作为背景 | 第16-17页 |
| ·渐近近似 | 第17-20页 |
| ·最初以及嵌入马尔科夫链 | 第17-18页 |
| ·推导使用生成函数 | 第18-20页 |
| ·在拟南芥启动子上测试 | 第20-28页 |
| ·P值和Z值 | 第20-21页 |
| ·通过枚举发现模体 | 第21-28页 |
| 第二章 位置特异的模体的分析 | 第28-44页 |
| ·位置特异的模体聚类 | 第28页 |
| ·距离分析 | 第28-32页 |
| ·这是一个什么样的问题 | 第29页 |
| ·方法 | 第29-31页 |
| ·应用 | 第31页 |
| ·如何选择配对的距离偏差 | 第31-32页 |
| ·矩阵分析 | 第32-37页 |
| ·一阶矩和二阶矩 | 第37-44页 |
| ·数据模拟 | 第43-44页 |
| 第三章 转录因子基因结构分析 | 第44-58页 |
| ·数据的基本信息 | 第44-48页 |
| ·转录因子与非转录因子的基因结构的长度分布 | 第48-58页 |
| ·DATF基因,microRNA目标TF和microRNA目标基因的内含子分析 | 第49-51页 |
| ·启动子分析 | 第51页 |
| ·串联重复片断分析 | 第51-58页 |
| 第四章 SmartSEED:快速高精度全基因组模体识别程序 | 第58-62页 |
| ·摘要 | 第58页 |
| ·简介 | 第58-59页 |
| ·描述 | 第59页 |
| ·特点 | 第59页 |
| ·算法执行 | 第59页 |
| ·一致序列 | 第59-60页 |
| ·用户界面 | 第60-62页 |
| 第五章 利用字串分布预测基因组大小 | 第62-72页 |
| ·背景 | 第62-63页 |
| ·基因组大小估计的理论分析 | 第63-65页 |
| ·符号说明 | 第63页 |
| ·相对于υ_κ的统计 | 第63-64页 |
| ·n_κ的贝叶斯估计 | 第64页 |
| ·期望最大化算法 | 第64页 |
| ·从似然中推导 | 第64-65页 |
| ·估计不同因素的影响 | 第65-67页 |
| ·GSP的不同覆盖度下表现极佳 | 第65-66页 |
| ·GSP对于初值c的稳定性 | 第66页 |
| ·较大的l表现较佳 | 第66-67页 |
| ·在不同的基因组大小的测试中表现尚可 | 第67页 |
| ·带测序错误地预测基因组大小 | 第67-68页 |
| ·核心流程图示意 | 第68页 |
| ·实际应用 | 第68-69页 |
| ·与其他组装软件的比较 | 第69页 |
| ·讨论 | 第69-72页 |
| 第六章 补充综述 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-78页 |
| 主要成果 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79页 |
