| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-19页 |
| 1 引言 | 第10页 |
| 2 影响体型性状的因素 | 第10-11页 |
| 2.1 环境因素 | 第10-11页 |
| 2.1.1 气候因素 | 第10-11页 |
| 2.1.2 理化因素 | 第11页 |
| 2.1.3 营养因素 | 第11页 |
| 2.1.4 其他因素 | 第11页 |
| 2.2 遗传因素 | 第11页 |
| 3 体型大小研究进展 | 第11-14页 |
| 3.1 人类身高研究进展 | 第12-13页 |
| 3.2 农业动物体长研究进展 | 第13-14页 |
| 4 动物数量性状遗传解析的方法 | 第14-17页 |
| 4.1 候选基因法 | 第14-15页 |
| 4.2 QTL定位 | 第15页 |
| 4.3 eQTL定位 | 第15-16页 |
| 4.4 全基因组关联分析 | 第16-17页 |
| 4.4.1 全基因组关联分析的方法 | 第16页 |
| 4.4.2 全基因组关联分析在猪中的应用 | 第16-17页 |
| 4.5 系统遗传学 | 第17页 |
| 5 研究目的和意义 | 第17-19页 |
| 第二章 研究正文 | 第19-38页 |
| 1 前言 | 第19页 |
| 2 材料和方法 | 第19-24页 |
| 2.1 材料 | 第19页 |
| 2.2 表型测定 | 第19页 |
| 2.3 DNA提取及质量检测 | 第19-20页 |
| 2.4 RNA提取、质量检测及反转录 | 第20-21页 |
| 2.4.1 RNA提取、质量检测 | 第20页 |
| 2.4.2 RNA反转录 | 第20-21页 |
| 2.5 转录组测序 | 第21页 |
| 2.5.1 转录组测序概述 | 第21页 |
| 2.5.2 转录组测序样品的质量及浓度标准 | 第21页 |
| 2.5.3 实验操作步骤 | 第21页 |
| 2.5.4 转录组测序样本的挑选 | 第21页 |
| 2.6 全基因组60KSNP芯片扫描及质控 | 第21-22页 |
| 2.7 QTL精细定位样本的选择及新增SNP标记分型方法 | 第22页 |
| 2.8 候选基因BMP2突变位点搜寻 | 第22-23页 |
| 2.9 统计分析 | 第23-24页 |
| 2.9.1 全基因组关联分析与区域关联分析 | 第23页 |
| 2.9.2 群体层化分析 | 第23页 |
| 2.9.3 单倍型分析 | 第23页 |
| 2.9.4 转录组数据分析 | 第23-24页 |
| 3 结果与分析 | 第24-35页 |
| 3.1 全基因组关联分析结果 | 第24-27页 |
| 3.1.1 杜长大群体8个胴体性状的相关性分析 | 第24页 |
| 3.1.2 群体层化分析 | 第24-25页 |
| 3.1.3 QTL结果 | 第25-27页 |
| 3.2 SSC17QTL精细定位 | 第27-31页 |
| 3.2.1 第一轮精细定位结果 | 第27-28页 |
| 3.2.2 第二轮精细定位结果 | 第28-31页 |
| 3.3 候选基因的研究 | 第31页 |
| 3.3.1 BMP2DNA测序及多态位点搜寻 | 第31页 |
| 3.3.2 BMP2cDNA测序 | 第31页 |
| 3.4 RNA-seq结果 | 第31-35页 |
| 3.4.1 差异表达基因检测 | 第31-33页 |
| 3.4.2 差异表达基因GO功能分析 | 第33页 |
| 3.4.3 差异表达基因生物学通路(pathway)分析 | 第33-35页 |
| 4 分析与讨论 | 第35-37页 |
| 4.1 全基因组关联分析结果讨论 | 第35页 |
| 4.2 精细定位讨论与分析 | 第35-36页 |
| 4.3 候选基因BMP2讨论 | 第36-37页 |
| 5 小结 | 第37-38页 |
| 参考文献 | 第38-42页 |
| 附录 | 第42-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |