| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-14页 |
| 引言 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-35页 |
| 1.1 植物基因组中转座子的概述 | 第16页 |
| 1.2 转座子的分类 | 第16-19页 |
| 1.3 LTR反转座子 | 第19-27页 |
| 1.3.1 LTR反转座子的特征 | 第19-20页 |
| 1.3.2 LTR反转座子的分类 | 第20-23页 |
| 1.3.3 LTR反转座子的转座过程 | 第23-26页 |
| 1.3.4 LTR反转座子的活性 | 第26-27页 |
| 1.4 转座子对基因组的影响 | 第27-31页 |
| 1.4.1 LTR反转座子对基因组大小的影响 | 第27-29页 |
| 1.4.2 LTR反转座子对基因功能的影响 | 第29-31页 |
| 1.5 LTR反转座子在进化研究中的作用 | 第31-32页 |
| 1.6 基于LTR反转座子的分子标记及其应用 | 第32-35页 |
| 1.6.1 S-SAP标记 | 第33页 |
| 1.6.2 IRAP标记与REMAP标记 | 第33-34页 |
| 1.6.3 RBIP标记 | 第34-35页 |
| 第二章 东方梨基因组LTR反转座子注释和进化分析 | 第35-61页 |
| 前言 | 第36-37页 |
| 2.1 试验材料与方法 | 第37-38页 |
| 2.1.1 基因组数据及LTR-RT注释 | 第37页 |
| 2.1.2 LTR-RT在梨染色体上分布特征分析 | 第37页 |
| 2.1.3 LTR-RT插入时间计算 | 第37-38页 |
| 2.1.4 Copia及Gypsy超家族LTR-RT谱系进化树分析 | 第38页 |
| 2.2 结果与分析 | 第38-58页 |
| 2.2.1 东方梨基因组LTR-RT注释 | 第38-47页 |
| 2.2.2 LTR-RT在梨染色体上的分布特征 | 第47-50页 |
| 2.2.3 梨基因组中LTR-RT扩增历史 | 第50-52页 |
| 2.2.4 LTR-RT家族间的进化关系及插入时间分布特征 | 第52-58页 |
| 2.3 讨论 | 第58-61页 |
| 第三章 梨及其他四个蔷薇科物种中Cassandra反转座子的比较研究 | 第61-111页 |
| 前言 | 第62-63页 |
| 3.1 试验材料与方法 | 第63-72页 |
| 3.1.1 基因组数据与Cassandra注释 | 第63-65页 |
| 3.1.2 Cassandra在染色体上的分布特征分析 | 第65页 |
| 3.1.3 基因组DNA提取及PCR验证 | 第65-68页 |
| 3.1.4 扩增产物的回收、克隆与测序 | 第68-71页 |
| 3.1.5 Cassandra反转座子插入时间及分支进化时间计算 | 第71-72页 |
| 3.1.6 五个蔷薇科物种间的直系同源Cassandra反转座子 | 第72页 |
| 3.1.7 进化树分析 | 第72页 |
| 3.2 结果与分析 | 第72-105页 |
| 3.2.1 东方梨基因组Cassandra注释及结构分析 | 第72-90页 |
| 3.2.2 苹果、桃、梅及野生草莓Cassandra的注释及结构分析 | 第90-95页 |
| 3.2.3 Cassandra的染色体分布特征、插入特异位点及对基因的影响 | 第95-101页 |
| 3.2.4 五个蔷薇科物种基因组中Cassandra的插入时间分布特征 | 第101-102页 |
| 3.2.5 Cassandra在分支及物种间的进化关系 | 第102-104页 |
| 3.2.6 Cassandra在五个蔷薇科物种中的直系同源关系 | 第104-105页 |
| 3.3 讨论 | 第105-111页 |
| 第四章 基于比较基因组学的东方梨与西洋梨之间的进化分析 | 第111-127页 |
| 前言 | 第112-113页 |
| 4.1 试验材料与方法 | 第113-116页 |
| 4.1.1 直系同源LTR-RT搜索 | 第113页 |
| 4.1.2 直系同源LTR-RT的验证 | 第113-116页 |
| 4.1.3 直系同源单拷贝基因及其序列差异分析 | 第116页 |
| 4.2 结果分析 | 第116-125页 |
| 4.2.1 东方梨与西洋梨基因组的直系同源LTR-RT和单拷贝基因 | 第116-121页 |
| 4.2.2 LTR-RT与编码基因的进化速率及东西方梨的分化时间 | 第121-125页 |
| 4.3 讨论 | 第125-127页 |
| 综合讨论 | 第127-133页 |
| 全文结论与创新点 | 第133-135页 |
| 一、全文结论 | 第133-134页 |
| 二、创新点 | 第134-135页 |
| 参考文献 | 第135-151页 |
| 附录 | 第151-157页 |
| 致谢 | 第157-159页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第159页 |
