| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-27页 |
| 1.1 课题背景 | 第12页 |
| 1.2 光合作用 | 第12-17页 |
| 1.2.1 光合色素 | 第13-15页 |
| 1.2.2 色素-蛋白间的相互作用 | 第15-16页 |
| 1.2.3 色素-色素间的能量传递 | 第16-17页 |
| 1.3 紫细菌外周捕光天线 | 第17-20页 |
| 1.3.1 LH2的晶体结构 | 第17-20页 |
| 1.3.2 LH2的能量传递机制 | 第20页 |
| 1.4 LH2蛋白椭圆畸变对能量传递的影响 | 第20-23页 |
| 1.5 表面活性剂 | 第23页 |
| 1.6 脂质膜 | 第23-25页 |
| 1.7 本文研究的内容及其意义 | 第25-27页 |
| 第2章 模拟方法 | 第27-32页 |
| 2.1 MD模拟方法 | 第27-29页 |
| 2.1.1 牛顿运动方程 | 第27-28页 |
| 2.1.2 模拟系综 | 第28页 |
| 2.1.3 MD模拟的控温和控压技术 | 第28-29页 |
| 2.1.4 MD模拟力场 | 第29页 |
| 2.2 SMD模拟方法 | 第29-30页 |
| 2.2.1 SMD的定义 | 第29-30页 |
| 2.2.2 SMD模拟的模式 | 第30页 |
| 2.3 本章小结 | 第30-32页 |
| 第3章 捕光天线蛋白复合物Ⅱ的拉伸分子动力学模拟 | 第32-41页 |
| 3.1 引言 | 第32页 |
| 3.2 计算模型和方法 | 第32-34页 |
| 3.2.1 模拟系统和模拟方法 | 第32-33页 |
| 3.2.2 SMD模拟的实施 | 第33-34页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第34-39页 |
| 3.3.1 选取最佳椭圆形畸变过程 | 第34-36页 |
| 3.3.2 LH2椭圆形畸变过程中离心率随时间的变化 | 第36-37页 |
| 3.3.3 B850叶绿素环椭圆畸变过程中的构象变化 | 第37-39页 |
| 3.4 本章小结 | 第39-41页 |
| 第4章 LDAO膜环境捕光天线蛋白复合物Ⅱ的分子动力学模拟 | 第41-52页 |
| 4.1 引言 | 第41页 |
| 4.2 模型构建和计算方法 | 第41-42页 |
| 4.2.1 体系的构建 | 第41-42页 |
| 4.2.2 MD模拟 | 第42页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第42-50页 |
| 4.3.1 体系平衡分析 | 第42-44页 |
| 4.3.2 LH2蛋白构象变化 | 第44-48页 |
| 4.3.3 B850环叶绿素环构象变化 | 第48-50页 |
| 4.4 本章小结 | 第50-52页 |
| 第5章 DMPC膜环境捕光天线蛋白复合物Ⅱ的分子动力学模拟 | 第52-61页 |
| 5.1 引言 | 第52页 |
| 5.2 模型构建和计算方法 | 第52-53页 |
| 5.2.1 体系的构建 | 第52页 |
| 5.2.2 MD模拟 | 第52-53页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第53-60页 |
| 5.3.1 体系平衡分析 | 第53-54页 |
| 5.3.2 LH2蛋白构象变化 | 第54-57页 |
| 5.3.3 B850环叶绿素环构象变化 | 第57-60页 |
| 5.4 本章小结 | 第60-61页 |
| 第6章 总结与展望 | 第61-64页 |
| 6.1 总结 | 第61-62页 |
| 6.2 展望 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-69页 |
| 附录 | 第69-82页 |
| 附录一：拟合椭圆曲线 | 第69-74页 |
| 附录二：厚度为9A的LDAO膜环境氨基酸与B850色素分子形成的氢键 | 第74-76页 |
| 附录三：厚度为15A的LDAO膜环境氨基酸与B850色素分子形成的氢键 | 第76-78页 |
| 附录四：厚度为9A的DMPC膜环境氨基酸与B850色素分子形成的氢键 | 第78-80页 |
| 附录五：厚度为15A的DMPC膜环境氨基酸与B850色素分子形成的氢键 | 第80-82页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文及其他成果 | 第82-83页 |
| 致谢 | 第83页 |
