| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 1 引言 | 第12-25页 |
| 1.1 奶牛乳房的生理结构概况 | 第12页 |
| 1.2 奶牛乳房炎概述及分类 | 第12-15页 |
| 1.2.1 奶牛隐性乳房炎及其危害 | 第12-13页 |
| 1.2.2 奶牛乳房炎致病菌及其致病机理 | 第13-15页 |
| 1.3 奶牛隐性乳房炎的检测手段 | 第15-16页 |
| 1.4 奶牛乳房炎的预防及治疗方法 | 第16-19页 |
| 1.4.1 乳头清洗剂的分类 | 第16-17页 |
| 1.4.2 乳酸菌对乳房炎的预防与治疗 | 第17-18页 |
| 1.4.3 抗乳房炎乳酸菌的筛选 | 第18-19页 |
| 1.4.4 Lactobacillusplantarum介绍 | 第19页 |
| 1.5 组学技术在奶牛乳房炎研究中的应用现状 | 第19-23页 |
| 1.5.1 实时荧光定量PCR技术在乳房炎防治研究中的应用 | 第19-20页 |
| 1.5.2 三代测序技术在乳房炎防治研究中的应用 | 第20-21页 |
| 1.5.3 代谢组学技术在乳房炎防治研究中的应用 | 第21-23页 |
| 1.6 本研究的立题背景与主要研究内容 | 第23-25页 |
| 1.6.1 本研究的立题背景 | 第23-24页 |
| 1.6.2 本研究的主要研究内容 | 第24-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-39页 |
| 2.1 样品采集与保存 | 第25-28页 |
| 2.2 仪器与试剂 | 第28-29页 |
| 2.3 牛乳体细胞数以及细菌和致病菌总数测定 | 第29-30页 |
| 2.4 牛乳中乳杆菌及常见致病菌定量检测 | 第30-31页 |
| 2.4.1 细菌宏基因组DNA提取 | 第30页 |
| 2.4.2 制备荧光定量PCR外标品 | 第30-31页 |
| 2.4.3 定量PCR所使用的试剂与反应条件 | 第31页 |
| 2.5 牛乳细菌16SrRNA基因全长测序分析 | 第31-36页 |
| 2.5.1 细菌16SrRNA基因序列全长扩增 | 第31-32页 |
| 2.5.2 SMRT测序及序列分析 | 第32-35页 |
| 2.5.3 测序结果生物信息学分析 | 第35-36页 |
| 2.6 牛乳非靶向代谢组测定分析 | 第36-39页 |
| 2.6.1 牛乳样品预处理 | 第36页 |
| 2.6.2 UPLC-QTOF-MS/MS与MSE分析 | 第36-37页 |
| 2.6.3 数据预处理与统计学分析 | 第37-38页 |
| 2.6.4 牛乳代谢物鉴定与代谢通路分析 | 第38-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-66页 |
| 3.1 牛乳中体细胞与细菌总数测定结果 | 第39-40页 |
| 3.2 牛乳中乳杆菌属与致病菌qPCR定量结果 | 第40-41页 |
| 3.3 16SrRNA基因全长测序结果分析 | 第41-50页 |
| 3.3.1 序列丰度与多样性分析 | 第41-45页 |
| 3.3.2 两种乳头清洗剂处理后牛乳样品中菌群结构分析 | 第45-47页 |
| 3.3.3 两种乳头清洗剂处理后牛乳样品中差异性菌群分析 | 第47-50页 |
| 3.4 非靶向代谢组测定结果分析 | 第50-66页 |
| 3.4.1 牛乳UPLC-QTOF-MS色谱图分析 | 第50-52页 |
| 3.4.2 非靶向代谢组数据分析结果 | 第52页 |
| 3.4.3 不同乳头清洗剂处理后牛乳样品中代谢物组成变化 | 第52-56页 |
| 3.4.4 复合乳酸菌乳头清洗剂处理后牛乳代谢物组成变化 | 第56-64页 |
| 3.4.5 代谢通路分析结果 | 第64-66页 |
| 4 讨论 | 第66-74页 |
| 4.1 牛乳中体细胞数、细菌总数以及致病菌定量研究 | 第66-67页 |
| 4.2 牛乳中微生物多样性研究 | 第67-70页 |
| 4.3 牛乳非靶向代谢组研究 | 第70-74页 |
| 4.3.1 维生素代谢 | 第70-71页 |
| 4.3.2 碳水化合物与能量代谢 | 第71页 |
| 4.3.3 脂质代谢 | 第71-72页 |
| 4.3.4 蛋白质代谢 | 第72-74页 |
| 5 结论 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-86页 |
| 附录 | 第86-93页 |
| 作者简介 | 第93-94页 |
