| 中文摘要 | 第2-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 缩略词 | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-22页 |
| 1. 诱导性多能干细胞的研究进展 | 第9-15页 |
| 1.1 前言 | 第9页 |
| 1.2 胚胎干细胞的生物学特性 | 第9-10页 |
| 1.3 诱导性多能干细胞(iPSC)的发现鉴定及其表观遗传学修饰 | 第10-12页 |
| 1.4 小分子化合物(AZA)与诱导性多能干细胞 | 第12-14页 |
| 1.5 多能性相关信号通路的研究 | 第14-15页 |
| 2. lncRNA的研究进展 | 第15-20页 |
| 2.1 lncRNA的来源及分类 | 第15-16页 |
| 2.2 lncRNA的作用机制 | 第16-17页 |
| 2.3 lncRNA的调控修饰 | 第17-18页 |
| 2.4 lncRNA与细胞的发育、分化和多能性 | 第18-20页 |
| 2.5 前景展望 | 第20页 |
| 3. 高通量测序 | 第20-21页 |
| 4. 本研究的目的及意义 | 第21-22页 |
| 第二章 AZA处理鸡胚成纤维细胞CEF最佳浓度和处理时间的筛选 | 第22-34页 |
| 1 试验材料 | 第22-24页 |
| 1.1 主要仪器设备 | 第22-23页 |
| 1.2 主要试剂及配制 | 第23-24页 |
| 2 研究方法 | 第24-29页 |
| 2.1 鸡胚成纤维细胞(CEF)的制备 | 第24页 |
| 2.2 不同的浓度的AZA对CEF细胞的影响 | 第24-25页 |
| 2.3 AZA处理CEF时间段的筛选 | 第25-29页 |
| 2.3.1 逆转录聚合酶链式反应(Reverse Transcription-PCR,RT-PCR) | 第27-28页 |
| 2.3.2 实时荧光定量PCR (RT-qPCR)检测多能性相关的转录因子 | 第28-29页 |
| 3. 结果与分析 | 第29-32页 |
| 3.1 RTCA监测不同浓度的细胞的生长曲线 | 第29-31页 |
| 3.2 AZA处理细胞后形态 | 第31-32页 |
| 3.3 AZA处理后多能性相关转录因子的表达水平 | 第32页 |
| 4. 讨论 | 第32-34页 |
| 第三章 RNA-seq测序分析AZA处理CEF细胞的差异表达转录图谱 | 第34-50页 |
| 1. 材料 | 第34-35页 |
| 1.1 试验材料和仪器设备、试剂 | 第34页 |
| 1.2 主要的生物信息学网站以及分析软件 | 第34-35页 |
| 2 研究方法 | 第35-40页 |
| 2.1 AZA处理的CEF细胞的lncRNA/mRNA文库构建以及测序 | 第35-36页 |
| 2.2 AZA处理的CEF细胞lncRNA/mRNA鉴定及转录组特征 | 第36-38页 |
| 2.2.1 测序数据的评估、初步处理 | 第36页 |
| 2.2.2 参考序列的比对分析及转录本的拼接 | 第36-37页 |
| 2.2.3 候选lncRNA的筛选 | 第37-38页 |
| 2.2.4 lncRNA的靶基因预测 | 第38页 |
| 2.3 AZA处理的CEF的lncRNA/mRNA的差异表达分析 | 第38-40页 |
| 2.3.1 GO和KEGG分析 | 第38-39页 |
| 2.3.2 荧光定量PCR (RT-qPCR)验证 | 第39-40页 |
| 2.3.3 差异表达的lncRNA-mRNA共表达网络构建 | 第40页 |
| 3 结果及分析 | 第40-48页 |
| 3.1 总RNA质量 | 第40页 |
| 3.2 测序数据的质量评估及序列比对 | 第40-42页 |
| 3.3 候选lncRNA的筛选结果 | 第42页 |
| 3.4 差异表达的lncRNA及归类 | 第42-44页 |
| 3.5 差异表达lncRNA的GO和KEGG分析 | 第44-46页 |
| 3.6 测序结果的实时荧光定量PCR (RT-qPCR)验证 | 第46-47页 |
| 3.7 lncRNA与mRNA共表达网络的构建 | 第47-48页 |
| 4 讨论与小结 | 第48-50页 |
| 第四章 一条发育分化相关的新lncRNATCONS_00370408的鉴定及其表达规律分析 | 第50-59页 |
| 1. 材料 | 第50页 |
| 2 研究方法 | 第50-55页 |
| 2.1 lncRNA的PCR鉴定 | 第50-53页 |
| 2.1.1 PCR扩增 | 第50-51页 |
| 2.1.2 胶回收纯化、产物T-A克隆 | 第51-52页 |
| 2.1.3 转化感受态细胞以及阳性克隆斑的筛选 | 第52-53页 |
| 2.2 RACE确定cDNA的3'端 | 第53-54页 |
| 2.3 步移法确定lncRNA的5'端 | 第54-55页 |
| 2.4 lncRNA在不同细胞中的表达分析 | 第55页 |
| 3. 结果及分析 | 第55-58页 |
| 3.1 PCR扩增结果以及分析 | 第55-56页 |
| 3.2 lncRNA的长度鉴定 | 第56-57页 |
| 3.3 lncRNA在不同细胞上的表达水平 | 第57-58页 |
| 4. 小结与讨论 | 第58-59页 |
| 全文结论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 附录 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第67-68页 |
