DNA聚合酶Ⅰ和两个kinesin耦合体系的动力学研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-14页 |
| 1.1 DNA聚合酶Ⅰ | 第8-9页 |
| 1.2 T7引发酶 | 第9-10页 |
| 1.3 DNA聚合酶ⅠV | 第10-11页 |
| 1.4 两个kinesin耦合体系的运动 | 第11-14页 |
| 第2章 研究方法 | 第14-20页 |
| 2.1 分子动力学模拟简介 | 第14-17页 |
| 2.1.1 原理介绍 | 第15-16页 |
| 2.1.2 力场介绍 | 第16-17页 |
| 2.2 分子动力学模拟软件介绍 | 第17-20页 |
| 2.2.1 GROMACS | 第17页 |
| 2.2.2 GROMACS模拟的一般过程 | 第17-19页 |
| 2.2.3 VMD | 第19-20页 |
| 第3章 DNA聚合酶Ⅰ的动力学研究 | 第20-36页 |
| 3.1 引言 | 第20-21页 |
| 3.2 Linker的弹性 | 第21-24页 |
| 3.3 模型建立 | 第24-26页 |
| 3.4 结果分析 | 第26-33页 |
| 3.4.1 5'核酸酶区的移动 | 第26-28页 |
| 3.4.2 T7引发酶中ZBD区的移动 | 第28-31页 |
| 3.4.3 Dpo4中LF区的移动 | 第31-33页 |
| 3.5 讨论 | 第33-36页 |
| 第4章 多肽链的弹性公式 | 第36-54页 |
| 4.1 引言 | 第36-38页 |
| 4.2 修正模型 | 第38-52页 |
| 4.2.1 焓的作用 | 第38-40页 |
| 4.2.2 小力部分 | 第40-42页 |
| 4.2.3 负力部分 | 第42-44页 |
| 4.2.4 大力部分 | 第44-45页 |
| 4.2.5 插值公式 | 第45-46页 |
| 4.2.6 模型对比 | 第46-50页 |
| 4.2.7 正负力弹性的作用 | 第50-52页 |
| 4.3 结果总结 | 第52-54页 |
| 第5章 两个kinesin耦合体系的运动 | 第54-72页 |
| 5.1 引言 | 第54-55页 |
| 5.2 单个kinesin的动力学 | 第55-59页 |
| 5.3 两个kinesin耦合体系的模型 | 第59-71页 |
| 5.3.1 不脱落模型 | 第59-63页 |
| 5.3.2 考虑脱落-再结合——无加载力时 | 第63-66页 |
| 5.3.3 脱落-再结合模型——有加载力时 | 第66-71页 |
| 5.4 结果总结 | 第71-72页 |
| 第6章 G4的折叠(附录) | 第72-78页 |
| 6.1 引言 | 第72-73页 |
| 6.2 实验结果 | 第73-74页 |
| 6.3 模拟结果 | 第74-75页 |
| 6.4 结果总结 | 第75-78页 |
| 第7章 总结和展望 | 第78-82页 |
| 7.1 论文总结 | 第78-80页 |
| 7.2 未来展望 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-90页 |
| 个人简历及发表文章目录 | 第90-92页 |
| 致谢 | 第92-93页 |
