基于线粒体基因组的棕黑疣螈种组系统发育关系研究
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 概述 | 第11-24页 |
| 1.1 线粒体基因组分子系统学研究概况 | 第11-16页 |
| 1.1.1 分子系统学简介 | 第11-12页 |
| 1.1.2 系统发育树的构建方法 | 第12-13页 |
| 1.1.3 线粒体基因组及其应用 | 第13-16页 |
| 1.2 疣螈属的研究概况 | 第16-23页 |
| 1.2.1 疣螈的生活习性、分布及基本特征 | 第16-19页 |
| 1.2.2 疣螈系统发育学研究 | 第19-23页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| 2 实验材料与方法 | 第24-38页 |
| 2.1 实验材料 | 第24-27页 |
| 2.1.1 研究样品 | 第24-25页 |
| 2.1.2 主要实验仪器 | 第25-26页 |
| 2.1.3 主要实验试剂 | 第26页 |
| 2.1.4 主要试剂配制方法 | 第26-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-32页 |
| 2.2.1 疣螈基因组DNA提取及质量检测 | 第27-28页 |
| 2.2.2 引物设计 | 第28-30页 |
| 2.2.3 线粒体基因组片段的扩增、检测及测序 | 第30-32页 |
| 2.3 实验数据处理 | 第32页 |
| 2.3.1 测序结果校对及序列拼接 | 第32页 |
| 2.3.2 线粒体基因组的基因识别 | 第32页 |
| 2.3.3 线粒体基因组的组成和结构分析 | 第32页 |
| 2.4 系统发育分析 | 第32-38页 |
| 2.4.1 序列选择和下载 | 第32-34页 |
| 2.4.2 序列比对、替代饱和分析及遗传距离分析 | 第34页 |
| 2.4.3 数据及分区及进化模型选择 | 第34-35页 |
| 2.4.4 系统发育分析 | 第35-36页 |
| 2.4.5 分化时间估计 | 第36-38页 |
| 3 结果分析 | 第38-59页 |
| 3.1 基因组DNA样品质量和PCR结果检测 | 第38-40页 |
| 3.2 疣螈属物种线粒体基因组结构和特征分析 | 第40-52页 |
| 3.2.1 疣螈线粒体基因组结构 | 第40页 |
| 3.2.2 蛋白质编码基因 | 第40-47页 |
| 3.2.3 rRNA和tRNA基因 | 第47-48页 |
| 3.2.4 轻链复制起始位点和控制区 | 第48-50页 |
| 3.2.5 疣螈线粒体基因组的串联重复现象 | 第50-52页 |
| 3.3 疣螈属系统发育 | 第52-59页 |
| 3.3.1 棕黑疣螈种组遗传距离分析 | 第52-53页 |
| 3.3.2 疣螈属系统发育分析 | 第53-56页 |
| 3.3.3 蝾螈科分化时间估计 | 第56-59页 |
| 4 讨论 | 第59-66页 |
| 4.1 疣螈线粒体基因组结构特征 | 第59-60页 |
| 4.2 疣螈线粒体基因组的串联重复现象 | 第60-61页 |
| 4.3 疣螈属系统发育关系 | 第61-63页 |
| 4.4 蝾螈科物种的起源和疣螈属的扩散 | 第63-66页 |
| 5 结论 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
| 附录 | 第77-86页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文目录 | 第86页 |
