| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-23页 |
| 1.1 微生物的比较基因组学 | 第11-19页 |
| 1.1.1 基因组测序技术的发展 | 第11-13页 |
| 1.1.2 微生物比较基因组学的研究背景 | 第13页 |
| 1.1.3 微生物比较基因组学的研究进展 | 第13-15页 |
| 1.1.4 微生物比较基因组学的应用 | 第15-17页 |
| 1.1.5 比较基因组学常用序列比对方法与工具 | 第17-19页 |
| 1.2 拟无枝酸菌的研究进展 | 第19-22页 |
| 1.2.1 拟无枝酸菌属的研究背景 | 第19-21页 |
| 1.2.2 拟无枝酸菌BJA-103概述 | 第21-22页 |
| 1.3 研究的目的及意义 | 第22-23页 |
| 第二章 拟无枝酸菌BJA-103全基因组测序与生物信息学分析 | 第23-42页 |
| 2.1 实验材料 | 第23页 |
| 2.1.1 测序菌株 | 第23页 |
| 2.1.2 培养基 | 第23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-27页 |
| 2.2.1 拟无枝酸菌BJA-103的保存、复苏与培养 | 第23页 |
| 2.2.2 BJA-103基因组DNA的提取 | 第23-24页 |
| 2.2.3 拟无枝酸菌BJA-103基因组序列的测定 | 第24页 |
| 2.2.4 拟无枝酸菌BJA-103的完整基因组注释与分析 | 第24-27页 |
| 2.3 结果与分析 | 第27-40页 |
| 2.3.1 BJA-103基因组DNA的提取 | 第27页 |
| 2.3.2 基因组测序组装结果评价 | 第27-28页 |
| 2.3.3 BJA-103基因组测序基本信息 | 第28-29页 |
| 2.3.4 基因组ORFs的预测 | 第29-30页 |
| 2.3.5 非编码RNA分析 | 第30-31页 |
| 2.3.6 基因组内重复序列分析 | 第31-32页 |
| 2.3.7 其他基因组元件的预测 | 第32-34页 |
| 2.3.8 基因功能注释和分类 | 第34-38页 |
| 2.3.9 信号肽及分泌蛋白预测 | 第38页 |
| 2.3.10 基因组表观修饰 | 第38-39页 |
| 2.3.11 次级代谢基因簇分析 | 第39-40页 |
| 2.4 讨论 | 第40-42页 |
| 第三章 拟无枝酸菌BJA-103的比较基因组学分析 | 第42-64页 |
| 3.1 实验材料 | 第42页 |
| 3.2 实验方法 | 第42-44页 |
| 3.2.1 完全测序的拟无枝酸菌基因组比较分析 | 第42页 |
| 3.2.2 拟无枝酸菌属的泛基因组分析 | 第42-43页 |
| 3.2.3 拟无枝酸菌属的系统进化分析 | 第43页 |
| 3.2.4 基因组的基因含量和组成分析 | 第43-44页 |
| 3.2.5 抗生素生物合成基因簇分析 | 第44页 |
| 3.3 结果与分析 | 第44-63页 |
| 3.3.1 完全测序的拟无枝酸菌基因组比较分析 | 第44-48页 |
| 3.3.2 拟无枝酸菌属的泛基因组分析 | 第48-50页 |
| 3.3.3 拟无枝酸菌属的系统进化分析 | 第50-56页 |
| 3.3.4 基因组的基因含量和组成分析 | 第56-59页 |
| 3.3.5 抗生素生物合成基因簇分析 | 第59-63页 |
| 3.4 讨论 | 第63-64页 |
| 第四章 结论与展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 作者简介 | 第75页 |
