| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-34页 |
| 1.1 猪繁殖与呼吸综合征病毒概述 | 第14-21页 |
| 1.1.1 PRRSV分子病原学特征 | 第14页 |
| 1.1.2 PRRSV基因组结构及其复制过程 | 第14-18页 |
| 1.1.3 PRRSV编码的蛋白 | 第18-20页 |
| 1.1.4 PRRSV的预防和控制 | 第20-21页 |
| 1.2 宿主模式识别受体和病原相关分子模式概述 | 第21-29页 |
| 1.2.1 核酸识别概述 | 第21-22页 |
| 1.2.2 宿主模式识别受体及其信号通路 | 第22-25页 |
| 1.2.3 病原相关分子模式 | 第25-29页 |
| 1.3 PRRSV感染与宿主免疫应答 | 第29-32页 |
| 1.3.1 PRRSV诱导的适应性免疫特征 | 第29-30页 |
| 1.3.2 PRRSV诱导的固有免疫特征 | 第30-32页 |
| 1.4 本研究的目的与意义 | 第32-34页 |
| 第二章 利用RIP-seq对PRRSVPAMPs进行初步鉴定分析 | 第34-53页 |
| 2.1 引言 | 第34页 |
| 2.2 实验材料 | 第34-35页 |
| 2.2.1 细胞和病毒 | 第34页 |
| 2.2.2 试剂及耗材 | 第34页 |
| 2.2.3 主要仪器设备 | 第34-35页 |
| 2.3 实验方法 | 第35-40页 |
| 2.3.1 PAM的分离与培养 | 第35-36页 |
| 2.3.2 RIP-seq样品制备 | 第36-37页 |
| 2.3.3 二代测序文库构建及上机测序 | 第37-38页 |
| 2.3.4 生物信息学分析 | 第38-40页 |
| 2.4 实验结果与分析 | 第40-51页 |
| 2.4.1 RIP测序RNA样品制备及质量检测结果 | 第40-42页 |
| 2.4.2 二代测序文库构建及上机测序 | 第42-43页 |
| 2.4.3 生物信息学分析 | 第43-51页 |
| 2.5 讨论 | 第51-52页 |
| 2.6 小结 | 第52-53页 |
| 第三章 PRRSV基因组3’端假结结构作为PAMP通过RIG-I和TLR3激活抗病毒免疫应答 | 第53-95页 |
| 3.1 引言 | 第53页 |
| 3.2 实验材料 | 第53-54页 |
| 3.2.1 细胞和病毒 | 第53-54页 |
| 3.2.2 试剂及耗材 | 第54页 |
| 3.2.3 主要仪器设备 | 第54页 |
| 3.3 实验方法 | 第54-71页 |
| 3.3.1 PAM的分离与培养 | 第54页 |
| 3.3.2 双荧光素酶报告实验检测病毒感染细胞中IFN-β启动子活性 | 第54-55页 |
| 3.3.3 细胞样品RNA的提取、反转录及实时荧光定量PCR检测 | 第55-57页 |
| 3.3.4 细胞上清中PRRSV的滴度测定 | 第57页 |
| 3.3.5 siRNA介导的基因沉默实验 | 第57-58页 |
| 3.3.6 WesternBlot检测蛋白表达水平 | 第58-60页 |
| 3.3.7 RNA制备及转染 | 第60-66页 |
| 3.3.8 RNA二级结构预测 | 第66-67页 |
| 3.3.9 真核表达载体构建 | 第67-69页 |
| 3.3.10 RNA-pulldown实验 | 第69-71页 |
| 3.3.11 统计学分析 | 第71页 |
| 3.4 实验结果与分析 | 第71-92页 |
| 3.4.1 PRRSV感染诱导抗病毒免疫应答 | 第71-74页 |
| 3.4.2 PRRSV诱导IFN与RIG-I、MDA5和TLR3相关 | 第74-76页 |
| 3.4.3 PRRSV基因组5’UTR和3’UTR能诱导IFN产生 | 第76-79页 |
| 3.4.4 PRRSV基因组3’UTR假结结构是诱导IFN的关键 | 第79-81页 |
| 3.4.5 PRRSV基因组3’UTR假结之间的相互作用是诱导IFN产生的关键 | 第81-84页 |
| 3.4.6 PRRSV基因组3’UTR假结结构诱导IFN与RIG-I和TLR3相关 | 第84-85页 |
| 3.4.7 PRRSV基因组3’UTR假结结构与RIG-I和TLR3相互作用 | 第85-87页 |
| 3.4.8 PRRSV基因组3’UTR假结结构能特异性抑制PRRSV感染 | 第87-90页 |
| 3.4.9 病毒基因组3’UTR假结结构诱导IFN在动脉炎病毒科保守 | 第90-92页 |
| 3.5 讨论 | 第92-94页 |
| 3.6 小结 | 第94-95页 |
| 第四章 PRRSV基因组3’UTR假结与RIG-I互作结构生物学研究 | 第95-108页 |
| 4.1 引言 | 第95页 |
| 4.2 实验材料 | 第95页 |
| 4.2.1 试剂及耗材 | 第95页 |
| 4.2.2 主要仪器设备 | 第95页 |
| 4.3 实验方法 | 第95-100页 |
| 4.3.1 pRIG-I-RD表达载体的构建 | 第96页 |
| 4.3.2 pRIG-I-RD蛋白表达 | 第96-97页 |
| 4.3.3 pRIG-I-RD蛋白纯化 | 第97-99页 |
| 4.3.4 体外转录制备PRRSV3’UTR假结结构RNA | 第99页 |
| 4.3.5 凝胶过滤层析分析PRRSV3’UTR假结结构与pRIG-I-RD结合 | 第99页 |
| 4.3.6 pRIG-I-RD结晶条件的筛选与优化 | 第99-100页 |
| 4.3.7 SAXS数据收集与解析 | 第100页 |
| 4.4 实验结果与分析 | 第100-106页 |
| 4.4.1 pRIG-I-RD蛋白表达纯化 | 第101-102页 |
| 4.4.2 凝胶过滤层析分析RNA与pRIG-I-RD结合 | 第102-103页 |
| 4.4.3 pRIG-I-RD与pRIG-I-RD-RNA复合物结晶条件的筛选与优化 | 第103-104页 |
| 4.4.4 pRIG-I-RD-RNA小角散射数据收集及结构分析 | 第104-106页 |
| 4.5 讨论 | 第106-107页 |
| 4.6 小结 | 第107-108页 |
| 全文总结 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-121页 |
| 创新点 | 第121-122页 |
| 缩略语及中英文对照 | 第122-124页 |
| 致谢 | 第124-126页 |
| 作者简介 | 第126-127页 |
