| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第1章 前言 | 第10-20页 |
| 1.1 蓝细菌概述 | 第10页 |
| 1.2 集胞藻中的转录调控系统 | 第10-13页 |
| 1.2.1 双组分信号转导系统 | 第10-11页 |
| 1.2.2 小RNA | 第11-13页 |
| 1.3 系统生物学与生物网络 | 第13-14页 |
| 1.3.1 系统生物学 | 第13页 |
| 1.3.2 生物网络 | 第13-14页 |
| 1.4 蓝细菌中生物燃料研究相关进展 | 第14-17页 |
| 1.4.1 生物燃料的研究现状 | 第14-15页 |
| 1.4.2 不同生物燃料在蓝细菌中的研究进展 | 第15-17页 |
| 1.5 生物燃料的毒性与耐受机制 | 第17-18页 |
| 1.5.1 生物燃料对微生物的毒性 | 第17页 |
| 1.5.2 微生物对生物燃料的耐受机制 | 第17-18页 |
| 1.6 本研究的主要内容 | 第18-20页 |
| 第2章 代谢组解析集胞藻双组分系统对中央代谢的调控机制 | 第20-42页 |
| 2.1 实验材料 | 第20-23页 |
| 2.1.1 实验对象 | 第20-22页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第22页 |
| 2.1.3 主要仪器与设备 | 第22-23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-27页 |
| 2.2.1 双组分系统敲除突变株的构建 | 第23-24页 |
| 2.2.2 各突变株在两种营养条件下的生长情况 | 第24页 |
| 2.2.3 基于LC-MS的代谢组学分析 | 第24-25页 |
| 2.2.4 代谢组数据的统计分析 | 第25-26页 |
| 2.2.5 双组分系统突变株在代谢组水平的Crosstalk鉴定 | 第26页 |
| 2.2.6 调节因子的系统进化分析 | 第26-27页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第27-41页 |
| 2.3.1 突变株在两种生长条件下的生长分析 | 第27-28页 |
| 2.3.2 混养条件对集胞藻代谢水平的影响 | 第28-31页 |
| 2.3.3 不同调控因子对集胞藻中央代谢的影响 | 第31-36页 |
| 2.3.4 两种营养条件下调控因子对中央代谢的Crosstalk现象 | 第36-38页 |
| 2.3.5 调控因子系统发育与突变株代谢谱的联合分析 | 第38-41页 |
| 2.4 本章小结 | 第41-42页 |
| 第3章 蛋白组解析集胞藻对生物燃料的抗性机制 | 第42-60页 |
| 3.1 实验材料 | 第42-44页 |
| 3.1.1 实验对象 | 第42页 |
| 3.1.2 实验试剂 | 第42-43页 |
| 3.1.3 实验仪器 | 第43-44页 |
| 3.2 实验方法 | 第44-50页 |
| 3.2.1 菌体的培养与样本选择 | 第44页 |
| 3.2.2 蛋白的提取与iTRAQ蛋白质组分析 | 第44-46页 |
| 3.2.3 蛋白双色网络的构建与网络拓扑结构分析 | 第46-48页 |
| 3.2.4 蛋白WGCNA的构建 | 第48-50页 |
| 3.2.5 功能富集分析 | 第50页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第50-58页 |
| 3.3.1 蛋白组数据概述 | 第50-52页 |
| 3.3.2 蛋白双色网络的构建和拓扑结构分析 | 第52-53页 |
| 3.3.3 集胞藻对五种压力胁迫的共同响应机制 | 第53-54页 |
| 3.3.4 蛋白组WGCNA分析 | 第54-56页 |
| 3.3.5 与生物燃料抗性特异相应模块的功能富集 | 第56-58页 |
| 3.4 本章小结 | 第58-60页 |
| 第4章 sRNA工程构建集胞藻生物燃料高耐受底盘 | 第60-90页 |
| 4.1 实验材料 | 第60-63页 |
| 4.1.1 实验对象 | 第60-61页 |
| 4.1.2 实验试剂 | 第61-62页 |
| 4.1.3 主要仪器与设备 | 第62-63页 |
| 4.2 实验方法 | 第63-74页 |
| 4.2.1 培养条件选择 | 第63页 |
| 4.2.2 sRNA的提取与测序 | 第63-68页 |
| 4.2.3 sRNA数据分析 | 第68-69页 |
| 4.2.4 与生物燃料响应有关sRNA的qRT-PCR验证 | 第69-71页 |
| 4.2.5 sRNA转录起始方向的确定 | 第71页 |
| 4.2.6 质粒与菌株的构建和转化 | 第71-73页 |
| 4.2.7 突变株在多种胁迫条件下表型验证 | 第73页 |
| 4.2.8 RACE验证sRNA的长度 | 第73页 |
| 4.2.9 靶基因的功能预测与验证 | 第73-74页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第74-88页 |
| 4.3.1 sRNA的深度测序与鉴定 | 第74-77页 |
| 4.3.2 集胞藻中高表达sRNA的分析 | 第77-78页 |
| 4.3.3 sRNA的定量分析与qRT-PCR验证 | 第78-81页 |
| 4.3.4 生物燃料响应sRNA的功能验证 | 第81-85页 |
| 4.3.5 nc117全长及靶基因验证 | 第85-88页 |
| 4.4 本章小结 | 第88-90页 |
| 第5章 结论与展望 | 第90-94页 |
| 5.1 研究总结 | 第90-91页 |
| 5.2 创新点 | 第91-92页 |
| 5.3 展望 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-108页 |
| 附录 | 第108-122页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第122-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
