| 致谢 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩写表 | 第15-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-33页 |
| 1.1 叶绿体基因组研究进展 | 第16-27页 |
| 1.1.1 叶绿体及其起源 | 第16-17页 |
| 1.1.2 叶绿体基因组的序列结构特征 | 第17-22页 |
| 1.1.3 叶绿体基因组测序方法进展 | 第22-23页 |
| 1.1.4 叶绿体基因组的应用 | 第23-27页 |
| 1.2 三种唇形科植物研究进展 | 第27-31页 |
| 1.2.1 薄荷研究进展 | 第27-29页 |
| 1.2.2 白毛夏枯草研究进展 | 第29-30页 |
| 1.2.3 活血丹研究进展 | 第30-31页 |
| 1.3 本课题的目的及意义 | 第31-33页 |
| 第二章 材料与方法 | 第33-44页 |
| 2.1 材料,试剂与设备 | 第33-34页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第33页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第33-34页 |
| 2.1.3 实验设备 | 第34页 |
| 2.2 实验流程与方法 | 第34-37页 |
| 2.2.1 叶绿体的提取,分离与纯化 | 第34-35页 |
| 2.2.2 叶绿体DNA的提取 | 第35-36页 |
| 2.2.3 文库构建与基因组测序 | 第36-37页 |
| 2.3 叶绿体基因组的生物信息分析方法 | 第37-44页 |
| 2.3.1 叶绿体基因组的组装 | 第37-40页 |
| 2.3.2 叶绿体基因组的注释及物理图谱的构建 | 第40页 |
| 2.3.3 重复序列,SSRs以及Small inversion分析 | 第40-41页 |
| 2.3.4 叶绿体基因组序列差异分析 | 第41-42页 |
| 2.3.5 同义替代率以及错义替代率分析 | 第42页 |
| 2.3.6 叶绿体基因组系统发育分析 | 第42-44页 |
| 第三章 唇形科三种植物叶绿体基因组分析 | 第44-64页 |
| 3.1 薄荷叶绿体基因组分析 | 第44-53页 |
| 3.1.1 薄荷叶绿体基因组特征 | 第44-48页 |
| 3.1.2 密码子偏好性分析 | 第48-50页 |
| 3.1.3 重复序列与SSRs | 第50-53页 |
| 3.2 白毛夏枯草叶绿体基因组分析 | 第53-57页 |
| 3.2.1 白毛夏枯草叶绿体基因组特征 | 第53-54页 |
| 3.2.2 密码子偏好性分析 | 第54-55页 |
| 3.2.3 重复序列与SSRs | 第55-57页 |
| 3.3 活血丹叶绿体基因组分析 | 第57-62页 |
| 3.3.1 活血丹叶绿体基因组特征 | 第57-59页 |
| 3.3.2 密码子偏好性分析 | 第59-60页 |
| 3.3.3 重复序列与SSRs | 第60-62页 |
| 3.4 本章小结 | 第62-64页 |
| 第四章 唇形科叶绿体基因组比较分析 | 第64-77页 |
| 4.1 唇形科叶绿体基因组基本特征 | 第64-66页 |
| 4.2 唇形科中的Small inversion分析 | 第66-67页 |
| 4.3 唇形科序列差异性分析 | 第67-69页 |
| 4.4 核苷酸替代率分析 | 第69-71页 |
| 4.5 IR边界比较 | 第71-72页 |
| 4.6 唇形科系统进化分析 | 第72-75页 |
| 4.7 本章小结 | 第75-77页 |
| 第五章 总结与展望 | 第77-79页 |
| 5.1 总结 | 第77页 |
| 5.2 展望 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-89页 |
| 附录 | 第89-104页 |
| 作者简历 | 第104页 |