| 致谢 | 第5-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 目录 | 第11-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-36页 |
| 1.1 宏基因组学研究 | 第15-20页 |
| 1.1.1 宏基因组DNA提取 | 第16-17页 |
| 1.1.2 目的基因获取 | 第17-20页 |
| 1.2 嗜盐古菌基因组研究 | 第20-26页 |
| 1.2.1 嗜盐古菌基因组特点 | 第21-24页 |
| 1.2.2 嗜盐古菌的代谢 | 第24-26页 |
| 1.3 脂类水解酶概述 | 第26-32页 |
| 1.3.1 脂类水解酶的分类 | 第26-28页 |
| 1.3.2 脂类水解酶的筛选方法 | 第28-31页 |
| 1.3.3 脂类水解酶的结构 | 第31-32页 |
| 1.4 蛋白质结构预测 | 第32-36页 |
| 1.4.1. 从头预测法 | 第33页 |
| 1.4.2 同源建模法 | 第33-36页 |
| 第2章 深海宏基因组文库构建 | 第36-46页 |
| 2.1 材料 | 第36-38页 |
| 2.1.1 样品 | 第36页 |
| 2.1.2 质粒和菌株 | 第36-37页 |
| 2.1.3 主要溶液和试剂 | 第37-38页 |
| 2.1.4 培养基 | 第38页 |
| 2.2 方法 | 第38-41页 |
| 2.2.1 宏基因组DNA提取 | 第38-39页 |
| 2.2.2 宏基因组DNA的回收和浓缩 | 第39页 |
| 2.2.3 DNA末端补平 | 第39-40页 |
| 2.2.4 连接反应 | 第40页 |
| 2.2.5 包装 | 第40页 |
| 2.2.6 转染 | 第40页 |
| 2.2.7 文库的保存 | 第40-41页 |
| 2.2.8 文库质粒的抽提 | 第41页 |
| 2.2.9 文库质粒限制性片段长度多态性(RFLP)鉴定 | 第41页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第41-44页 |
| 2.4 本章小结 | 第44-46页 |
| 第3章 嗜盐古菌Halobiforma lacisalsi AJ5~T基因组研究 | 第46-72页 |
| 3.1 材料 | 第46-47页 |
| 3.1.1 菌株 | 第46-47页 |
| 3.1.2 主要溶液和试剂 | 第47页 |
| 3.1.3 培养基 | 第47页 |
| 3.2 方法 | 第47-51页 |
| 3.2.1 嗜盐古菌基因组DNA的提取和检测 | 第47-48页 |
| 3.2.2 基因组测序和分析 | 第48-51页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第51-71页 |
| 3.3.1 基因组DNA的提取 | 第51-52页 |
| 3.3.2 基因组测序和组装结果 | 第52-55页 |
| 3.3.3 基因组特征 | 第55-56页 |
| 3.3.4 基因功能注释 | 第56-58页 |
| 3.3.5 插入序列 | 第58-59页 |
| 3.3.6 16S rRNA上游序列基因簇 | 第59-60页 |
| 3.3.7 CRISPRs和Cas基因 | 第60-62页 |
| 3.3.8 中央代谢途径 | 第62页 |
| 3.3.9 DNA修复相关基因 | 第62-66页 |
| 3.3.10 蛋白质等电点(pI)值预测 | 第66-67页 |
| 3.3.11 视紫红质相关基因 | 第67-69页 |
| 3.3.12 有潜在应用价值的酶 | 第69-70页 |
| 3.3.13 质粒描述 | 第70-71页 |
| 3.4 本章小结 | 第71-72页 |
| 第4章 酯酶基因筛选 | 第72-91页 |
| 4.1 材料 | 第72-73页 |
| 4.1.1 质粒和菌株 | 第72页 |
| 4.1.2 主要溶液和试剂 | 第72-73页 |
| 4.1.3 培养基 | 第73页 |
| 4.2 方法 | 第73-75页 |
| 4.2.1 宏基因组文库中酯酶基因的筛选和分析 | 第73-75页 |
| 4.2.2 P.halotolerans B2~T基因组中酯酶基因的筛选和分析 | 第75页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第75-90页 |
| 4.3.1 宏基因组文库中酯酶基因筛选和分析 | 第75-84页 |
| 4.3.2 P.halotolerans B2~T基因组中酯酶基因筛选和分析 | 第84-90页 |
| 4.4 本章小结 | 第90-91页 |
| 第5章 酯酶异源表达和酶学性质研究 | 第91-116页 |
| 5.1 材料 | 第91-92页 |
| 5.1.1 质粒和菌株 | 第91页 |
| 5.1.2 主要溶液和试剂 | 第91-92页 |
| 5.1.3 培养基 | 第92页 |
| 5.2 方法 | 第92-99页 |
| 5.2.1 酯酶基因克隆 | 第92-94页 |
| 5.2.2 酯酶Est6异源表达 | 第94-95页 |
| 5.2.3 酯酶Est6酶学性质研究 | 第95-97页 |
| 5.2.4 酯酶PE10异源表达 | 第97页 |
| 5.2.5 酯酶PE10酶学性质研究 | 第97-99页 |
| 5.2.6 酯酶PE10同源建模 | 第99页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第99-115页 |
| 5.3.1 酯酶基因克隆 | 第99-101页 |
| 5.3.2 酯酶Est6异源表达和亲和层析纯化 | 第101-102页 |
| 5.3.3 酯酶Est6天然分子质量的测定 | 第102-103页 |
| 5.3.4 Est6酶学性质 | 第103-106页 |
| 5.3.5 酯酶PE10异源表达和亲和层析纯化 | 第106-107页 |
| 5.3.6 PE10酶学性质 | 第107-113页 |
| 5.3.7 PE10同源建模和分析 | 第113-115页 |
| 5.4 本章小结 | 第115-116页 |
| 第6章 结论和展望 | 第116-118页 |
| 6.1 结论 | 第116-117页 |
| 6.2 展望 | 第117-118页 |
| 参考文献 | 第118-134页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第134页 |
