| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-23页 |
| 1.1 刺糖多孢菌概述 | 第8-9页 |
| 1.2 多杀菌素概述 | 第9-11页 |
| 1.2.1 多杀菌素的化学结构 | 第9-10页 |
| 1.2.2 多杀菌素的抗虫活性及作用机理 | 第10页 |
| 1.2.3 多杀菌素的主要研究方向 | 第10-11页 |
| 1.3 基因组尺度代谢网络模型概述 | 第11-12页 |
| 1.4 旨在改进菌种性能的基于 GSMM 指导的代谢工程策略 | 第12-18页 |
| 1.4.1 生化信息的获取 | 第12-13页 |
| 1.4.2 GSMM 的构建 | 第13-14页 |
| 1.4.3 基于限制的优化算法 | 第14-17页 |
| 1.4.4 湿实验验证 | 第17-18页 |
| 1.5 GSMM 在不同工业应用领域取得的成果 | 第18-21页 |
| 1.5.1 食品工业 | 第18-20页 |
| 1.5.2 生物药品 | 第20-21页 |
| 1.6 本文研究内容及意义 | 第21-23页 |
| 第二章 刺糖多孢菌基因组尺度代谢网络模型的构建 | 第23-35页 |
| 2.1 反应列表草图的创建 | 第23-24页 |
| 2.2 反应列表草图的精炼 | 第24-32页 |
| 2.2.1 统一列表中的 ID 号 | 第25页 |
| 2.2.2 对于反应列表中结构不确定的代谢物的处理 | 第25-26页 |
| 2.2.3 对大分子参与的某些反应的处理 | 第26页 |
| 2.2.4 对总分反应的处理 | 第26-27页 |
| 2.2.5 反应辅因子的确定 | 第27页 |
| 2.2.6 对于反应方向和可逆性的确定 | 第27页 |
| 2.2.7 自发反应的添加 | 第27-28页 |
| 2.2.8 生物量及大分子合成反应的添加 | 第28-30页 |
| 2.2.9 反应分室的划分 | 第30页 |
| 2.2.10 运输反应的添加 | 第30-31页 |
| 2.2.11 交换反应的添加 | 第31页 |
| 2.2.12 网络模型中 GPR 关系的确定 | 第31-32页 |
| 2.3 将精炼后的网络模型转换为 SBML 格式 | 第32页 |
| 2.4 基因组尺度代谢网络模型的调试 | 第32-33页 |
| 2.4.1 对网络模型中格式错误的修正 | 第32页 |
| 2.4.2 对网络模型中存在的 GAP 进行分析和修正 | 第32-33页 |
| 2.4.3 对网络模型中存在局部高通量循环体进行分析和修正 | 第33页 |
| 2.5 刺糖多孢菌基组尺度代谢网络模型的基本特征 | 第33-34页 |
| 2.7 本章结论 | 第34-35页 |
| 第三章 基因组尺度代谢网络模型的计算与实验验证 | 第35-60页 |
| 3.1 对网络模型的模拟运算 | 第35-49页 |
| 3.1.1 实验方法 | 第35-37页 |
| 3.1.2 鲁棒性计算结果与讨论 | 第37-41页 |
| 3.1.3 氨基酸补加计算结果与讨论 | 第41-43页 |
| 3.1.4 针对辅因子及 NAD(P)+转氢酶的计算结果与讨论 | 第43-49页 |
| 3.1.4.1 辅因子添加对多杀菌素和生物量最大合成速率的影响 | 第43-44页 |
| 3.1.4.2 NAD(P)+转氢酶活性对多杀菌素合成速率的影响 | 第44-45页 |
| 3.1.4.3 对转氢酶反应通量进行的鲁棒性分析 | 第45-47页 |
| 3.1.4.4 不同情况下体内代谢流分布的计算 | 第47-48页 |
| 3.1.4.6 NAD(P)+转氢酶相关计算结果小结 | 第48-49页 |
| 3.2 过表达 NAD(P)+转氢酶基因的基因工程菌的构建 | 第49-59页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第49-52页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第52-58页 |
| 3.2.3 结果与讨论 | 第58-59页 |
| 3.3 本章小结 | 第59-60页 |
| 第四章 结论与展望 | 第60-62页 |
| 4.1 结论 | 第60-61页 |
| 4.2 展望 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-71页 |
| 研究生期间发表论文 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72页 |
