| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 前言 | 第8-21页 |
| 1.1 生物信息学的兴起 | 第8-9页 |
| 1.2 比较基因组学 | 第9-10页 |
| 1.3 生物信息学在比较基因组学中的应用 | 第10-11页 |
| 1.4 比较基因组可视化工具 | 第11-15页 |
| 1.5 Circos在基因组可视化中的应用 | 第15-17页 |
| 1.6 Perl语言在生物信息学中的应用 | 第17页 |
| 1.7 裸子植物松科研究现状 | 第17-18页 |
| 1.8 裸子植物DNA条形码研究 | 第18-21页 |
| 第二章 Geno2Cir工具的开发 | 第21-29页 |
| 2.1 前言 | 第21-22页 |
| 2.2 材料和方法 | 第22-24页 |
| 2.2.1 数据准备 | 第22页 |
| 2.2.2 操作界面 | 第22-23页 |
| 2.2.3 基因组注释可视化 | 第23页 |
| 2.2.4 两两基因组比较 | 第23-24页 |
| 2.2.5 多个基因组同时比较 | 第24页 |
| 2.3 结果 | 第24-28页 |
| 2.3.1 裸子植物松属(Pinus)物种叶绿体基因组比较可视化 | 第24-26页 |
| 2.3.2 凤蝶总科(Papilionoidea)物种线粒体基因组比较可视化 | 第26-28页 |
| 2.4 讨论 | 第28-29页 |
| 第三章 裸子植物松属叶绿体基因组比较分析 | 第29-42页 |
| 3.1 前言 | 第29-36页 |
| 3.1.1 大规模种间水平叶绿体基因组分析 | 第29-30页 |
| 3.1.2 植物叶绿体结构 | 第30-32页 |
| 3.1.3 松属叶绿体基因组进化分析 | 第32-34页 |
| 3.1.4 叶绿体基因组与物种鉴别 | 第34-36页 |
| 3.2 材料和方法 | 第36-37页 |
| 3.2.1 松科松属8个物种叶绿体基因组获得 | 第36页 |
| 3.2.2 基因组对位排列 | 第36-37页 |
| 3.2.3 利用Geno2Cir比较8个松属叶绿体基因组 | 第37页 |
| 3.2.4 利用Circos对比较结果进行可视化 | 第37页 |
| 3.3 结果 | 第37-39页 |
| 3.4 讨论 | 第39-42页 |
| 3.4.1 松属物种叶绿体基因组特征 | 第39-40页 |
| 3.4.2 系统进化分析和物种鉴别位点 | 第40-42页 |
| 第四章 结论与展望 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-48页 |
| 附录1 Geno2Cir使用方法 | 第48-51页 |
| 1 安装Linux系统 | 第48页 |
| 2 安装EMBOSS | 第48-49页 |
| 3 安装Circos | 第49页 |
| 4 运行Geno2Cir | 第49-50页 |
| 5 使用范例：10个线粒体基因组比较 | 第50-51页 |
| 附录2 Geno2Cir代码 | 第51-59页 |
| 致谢 | 第59-61页 |
| 学习期间发表和正在撰写的论文 | 第61-62页 |
