| 本论文的创新点 | 第5-9页 |
| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 缩写符号 Abbreviations | 第14-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-35页 |
| 1.1 莲物种概述 | 第16-18页 |
| 1.1.1 莲属植物系统分类研究 | 第16-18页 |
| 1.1.2 莲属物种 | 第18页 |
| 1.2 中国莲次生代谢物关键基因的研究 | 第18-21页 |
| 1.2.1 中国莲次生代谢物研究进展 | 第18-19页 |
| 1.2.2 苯丙氨酸解氨酶PAL研究 | 第19-20页 |
| 1.2.3 苯丙氨酸解氨酶进化 | 第20-21页 |
| 1.3 细胞器基因组研究 | 第21-28页 |
| 1.3.1 叶绿体基因组概述 | 第22-23页 |
| 1.3.2 线粒体基因组研究 | 第23-28页 |
| 1.4 中国莲基因组高通量测序 | 第28-33页 |
| 1.4.1 DNA测序技术的概述 | 第29-30页 |
| 1.4.2 DNA测序技术的原理 | 第30-32页 |
| 1.4.3 Pacific Bioscience平台的应用 | 第32-33页 |
| 1.5 本研究的目的与意义 | 第33-35页 |
| 第二章 中国莲PAL家族的鉴定及进化分析 | 第35-65页 |
| 引言 | 第35页 |
| 2.1 实验材料 | 第35-36页 |
| 2.2 实验方法 | 第36-48页 |
| 2.2.1 中国莲基因组DNA的提取 | 第36页 |
| 2.2.2 中国莲核基因组高通量重测序及PAL的鉴定 | 第36-37页 |
| 2.2.3 中国莲PAL家族的进化分析 | 第37-39页 |
| 2.2.4 中国莲NnPAL1的生物信息学分析 | 第39页 |
| 2.2.5 中国莲NnPAL1的原核表达 | 第39-44页 |
| 2.2.6 NnPAL1的原核表达及功能鉴定 | 第44-47页 |
| 2.2.7 NnPAL1基因表达差异分析 | 第47-48页 |
| 2.3 实验结果 | 第48-62页 |
| 2.3.1 中国莲基因组DNA提取与重测序 | 第48-49页 |
| 2.3.2 中国莲PAL基因家族的鉴定 | 第49-50页 |
| 2.3.3 中国莲PAL家族进化 | 第50-54页 |
| 2.3.4 中国莲NnPAL1的生物信息学分析 | 第54-55页 |
| 2.3.5 NnPAL1的原核表达及功能分析 | 第55-62页 |
| 2.4 讨论 | 第62-65页 |
| (1) 中国莲PAL家族进化分析 | 第62-64页 |
| (2) NnPAL1蛋白活性及差异表达鉴定 | 第64-65页 |
| 第三章 中国莲叶绿体基因组的重新构建与进化研究 | 第65-88页 |
| 引言 | 第65页 |
| 3.1 实验试剂和实验设备 | 第65-66页 |
| 3.2 实验方法 | 第66-70页 |
| 3.2.1 叶绿体DNA分离 | 第66-67页 |
| 3.2.2 Illumina Miseq测序和Pacbio RSⅡ测序 | 第67-68页 |
| 3.2.3 IlluminaMiseq和Pacbio RSⅡ平台的基因组组装 | 第68-69页 |
| 3.2.4 叶绿体基因组DNA三种测序平台的比较 | 第69页 |
| 3.2.5 中国莲叶绿体基因组注释 | 第69页 |
| 3.2.6 中国莲叶绿体基因组特征分析 | 第69页 |
| 3.2.7 中国莲叶绿体基因组的进化 | 第69-70页 |
| 3.2.8 基部双子叶植物叶绿体基因组进化 | 第70页 |
| 3.3 实验结果 | 第70-85页 |
| 3.3.1 叶绿体DNA的分离 | 第70-71页 |
| 3.3.2 Illumina和PacBio测序统计及数据组装 | 第71-74页 |
| 3.3.3 Sanger,Illumina和Pacbio数据评估 | 第74-75页 |
| 3.3.4 中国莲叶绿体基因组注释 | 第75-78页 |
| 3.3.5 中国莲叶绿体基因组的特征分析 | 第78-80页 |
| 3.3.6 中国莲叶绿体基因组进化 | 第80-82页 |
| 3.3.7 基部双子叶植物分化及进化 | 第82-85页 |
| 3.4 讨论 | 第85-88页 |
| (1) 中国莲叶绿体DNA的分离 | 第85-86页 |
| (2) 中国莲叶绿体基因组测序的评估 | 第86-87页 |
| (3) 中国莲叶绿体基因组序列及结构进化 | 第87-88页 |
| 第四章 中国莲线粒体基因组图谱构建及进化研究 | 第88-112页 |
| 引言 | 第88页 |
| 4.1 材料与方法 | 第88-89页 |
| 4.2 实验方法 | 第89-96页 |
| 4.2.1 线粒体DNA分离 | 第89-90页 |
| 4.2.2 Pacbio RSⅡ测序文库构建 | 第90页 |
| 4.2.3 线粒体基因组Pacbio RSⅡ组装 | 第90页 |
| 4.2.4 中国莲线粒体基因注释和图谱绘制 | 第90-91页 |
| 4.2.5 中国莲线粒体基因组特征分析 | 第91页 |
| 4.2.6 中国莲线粒体基因组进化 | 第91-94页 |
| 4.2.7 中国莲线粒体蛋白编码基因的编辑 | 第94-96页 |
| 4.2.8 被子植物线粒体基因丢失模式 | 第96页 |
| 4.3 实验结果 | 第96-107页 |
| 4.3.1 中国莲线粒体DNA的分离及测序、组装 | 第96-97页 |
| 4.3.2 中国莲线粒体基因组的基因注释与图谱绘制 | 第97-100页 |
| 4.3.3 中国莲线粒体基因组的结构特征分析 | 第100-101页 |
| 4.3.4 被子植物线粒体基因进化 | 第101-102页 |
| 4.3.5 中国莲线粒体基因的RNA编辑 | 第102-105页 |
| 4.3.6 被子植物线粒体蛋白编码基因的丢失模式 | 第105-107页 |
| 4.4 讨论 | 第107-112页 |
| (1) 线粒体DNA的分离、测序与组装技术 | 第107-109页 |
| (2) 中国莲线粒体基因的注释 | 第109页 |
| (3) 中国莲线粒体基因组特征分析 | 第109-110页 |
| (4) 线粒体基因的进化、编辑和丢失 | 第110-112页 |
| 第五章 总讨论 | 第112-114页 |
| 附录1 贝叶斯法(BI)和邻接法(NJ)构建的PAL基因家族进化树 | 第114-115页 |
| 附录2 133个物种叶绿体基因信息 | 第115-123页 |
| 附录3 Sanger和Illumina Miseq中国莲叶绿体基因组图 | 第123-124页 |
| 附录4 部分线粒体蛋白编码基因同义\非同义突变率检测 | 第124-125页 |
| 参考文献 | 第125-133页 |
| 在读期间发表和待发表的论文 | 第133-134页 |
| 致谢 | 第134页 |
