| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 RNA-Seq技术介绍 | 第9页 |
| 1.2 微量RNA-Seq扩增方法介绍 | 第9-14页 |
| 1.2.1 SMARTer~(TM) PCR c DNA Synthesis Kit（Clontech） | 第10页 |
| 1.2.2 Ovation RNASeq System（Nu GEN） | 第10-14页 |
| 1.2.3 Trans Plex Complete Whole Transcriptome Amplification Kit | 第14页 |
| 1.3 微量RNA-Seq研究现状 | 第14-15页 |
| 1.4 研究目的与意义 | 第15-16页 |
| 第二章 实验材料 | 第16-17页 |
| 2.1 主要试剂 | 第16页 |
| 2.2 实验样本 | 第16页 |
| 2.2.1 标准品RNA | 第16页 |
| 2.2.2 非标准品RNA | 第16页 |
| 2.3 实验设备 | 第16-17页 |
| 第三章 实验方法 | 第17-33页 |
| 3.1 SMARTer_(TM) PCR cDNA Synthesis Kit扩增RNA | 第17-20页 |
| 3.1.1 一链合成 | 第17-18页 |
| 3.1.2 cDNA大量合成 | 第18-20页 |
| 3.2 Ovation?RNA-Seq System扩增RNA | 第20-23页 |
| 3.2.1 一链合成 | 第20-21页 |
| 3.2.2 二链合成 | 第21页 |
| 3.2.3 二链c DNA产物纯化 | 第21-22页 |
| 3.2.4 SPIA反应 | 第22页 |
| 3.2.5 Ovation RNA-Seq System | 第22页 |
| 3.2.6 Post-SPIA Modification I | 第22页 |
| 3.2.7 Post-SPIA Modification II | 第22-23页 |
| 3.2.8 Post-SPIAc DNA产物纯化 | 第23页 |
| 3.3 Trans Plex Complete Whole Transcriptome Amplification Kit扩增RNA | 第23-25页 |
| 3.3.1 RNA WTA扩增 | 第23-24页 |
| 3.3.2 WTAc DNA产物纯化 | 第24-25页 |
| 3.4 文库制备 | 第25-30页 |
| 3.4.1 扩增产物Covaris E210打断 | 第25页 |
| 3.4.2 末端修复 | 第25页 |
| 3.4.3 末端加“A” | 第25-26页 |
| 3.4.4 Adapter连接 | 第26页 |
| 3.4.5 连接产物胶回收与纯化 | 第26-29页 |
| 3.4.6 PCR反应 | 第29页 |
| 3.4.7 PCR产物的胶回收纯化 | 第29-30页 |
| 3.4.8 文库质量标准与评估 | 第30页 |
| 3.5 文库上机测序 | 第30页 |
| 3.5.1 c Bot桥式PCR | 第30页 |
| 3.5.2 Hiseq2000测序 | 第30页 |
| 3.6 下机数据信息分析 | 第30-33页 |
| 3.6.1 原始数据预处理 | 第30-31页 |
| 3.6.2 测序比对评估 | 第31页 |
| 3.6.3 测序随机性评估 | 第31页 |
| 3.6.4 基因覆盖度、测序深度的分布 | 第31-32页 |
| 3.6.5 基因表达量 | 第32页 |
| 3.6.6 相关性分析 | 第32-33页 |
| 第四章 结果与分析 | 第33-63页 |
| 4.1 扩增方法初筛结果 | 第33-41页 |
| 4.1.1 RNA样本及文库Agilent 2100 Bioanalyzer检测结果 | 第33-34页 |
| 4.1.2 rRNA比例及duplication比例评估 | 第34-35页 |
| 4.1.3 基因比对评估结果 | 第35页 |
| 4.1.4 随机性评估结果 | 第35-36页 |
| 4.1.5 基因覆盖度评估结果 | 第36-39页 |
| 4.1.6 基因数目检测结果 | 第39页 |
| 4.1.7 相关性分析评估结果 | 第39-40页 |
| 4.1.8 初筛阶段小结 | 第40-41页 |
| 4.2 SMARTer_(TM) PCR c DNA Synthesis Kit重复性和相关性评估结果 | 第41-57页 |
| 4.2.1 rRNA比例及duplication比例评估 | 第41-43页 |
| 4.2.2 基因比对评估结果 | 第43-44页 |
| 4.2.3 随机性评估结果 | 第44页 |
| 4.2.4 基因覆盖度评估结果 | 第44-45页 |
| 4.2.5 基因数目评估结果 | 第45-50页 |
| 4.2.6 重复实验间相关性比较 | 第50-52页 |
| 4.2.7 与QPCR及control文库的相对定量 | 第52-55页 |
| 4.2.8 与control文库检测到的基因交集 | 第55-56页 |
| 4.2.9 阶段小结 | 第56-57页 |
| 4.3 人外周血细胞Total RNA验证结果 | 第57-63页 |
| 4.3.1 外周血细胞提取RNA 2100 pico检测结果 | 第57-58页 |
| 4.3.2 血样文库2100质控结果 | 第58页 |
| 4.3.3 基因比对评估结果 | 第58-59页 |
| 4.3.4 随机性评估 | 第59-62页 |
| 4.3.5 相关性分析 | 第62-63页 |
| 第五章 结论 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-70页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第70-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 附件 | 第72页 |
