| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第一章 研究背景 | 第9-20页 |
| 1.1 生物信息学及其产生 | 第9页 |
| 1.2 生物信息学研究内容 | 第9-13页 |
| 1.2.1 生物分子数据的收集与管理 | 第10页 |
| 1.2.2 数据库搜索及序列比对 | 第10-11页 |
| 1.2.3 基因组序列分析 | 第11-12页 |
| 1.2.4 基因表达数据的分析与处理 | 第12页 |
| 1.2.5 蛋白质结构预测 | 第12-13页 |
| 1.3 生物信息学研究的基本方法 | 第13-14页 |
| 1.3.1 建立生物数据库 | 第13页 |
| 1.3.2 数据库检索 | 第13页 |
| 1.3.3 序列分析 | 第13页 |
| 1.3.4 统计模型 | 第13页 |
| 1.3.5 算法 | 第13-14页 |
| 1.4 Perl、Bioperl 与生物信息学 | 第14-15页 |
| 1.4.1 Perl 简介 | 第14页 |
| 1.4.2 Bioperl 简介 | 第14-15页 |
| 1.5 表达序列标签（EST）的研究进展 | 第15-19页 |
| 1.5.1 EST 技术的原理和方法 | 第15-17页 |
| 1.5.1.1 EST 技术的形成 | 第16页 |
| 1.5.1.2 EST 数据库的建立 | 第16-17页 |
| 1.5.1.3 EST 序列的分析 | 第17页 |
| 1.5.2 EST 技术与功能基因组学 | 第17页 |
| 1.5.3 EST 技术与比较基因组学 | 第17-18页 |
| 1.5.4 EST 技术与生物信息学 | 第18页 |
| 1.5.5 EST 技术的不足之处 | 第18-19页 |
| 1.6 本课题研究内容及目的意义 | 第19-20页 |
| 第二章 日本血吸虫数据分析体系的构建 | 第20-30页 |
| 2.1 体系的总体设计 | 第20-21页 |
| 2.2 EST 序列聚类拼接体系的构建 | 第21-24页 |
| 2.2.1 软件包的获取以及安装 | 第21页 |
| 2.2.2 序列生成过程及相应的处理设置 | 第21-23页 |
| 2.2.2.1 原始序列文件的读取 | 第21-22页 |
| 2.2.2.2 文件的预处理 | 第22-23页 |
| 2.2.3 序列文件的载体屏蔽 | 第23页 |
| 2.2.4 序列的聚类拼接 | 第23-24页 |
| 2.3 本地化BLAST 系统的构建 | 第24-26页 |
| 2.3.1 BLAST 软件的获得和安装 | 第24-25页 |
| 2.3.1.1 数据库格式化 | 第25页 |
| 2.3.2 命令行方式本地化BLAST 系统的使用 | 第25-26页 |
| 2.4 Gene Ontology 的方法建立和分析 | 第26-27页 |
| 2.4.1 GO 分类的策略和方法 | 第26-27页 |
| 2.5 Interpro Domain 平台的建立 | 第27页 |
| 2.6 ORF 预测 | 第27-28页 |
| 2.6.1 ORF 预测策略和方法 | 第28页 |
| 2.7 EST 序列数据分析平台特点 | 第28-30页 |
| 第三章 血吸虫转录组数据的分析结果 | 第30-49页 |
| 3.1 血吸虫的生活周期 | 第30-31页 |
| 3.2 血吸虫转录组的研究现状 | 第31-32页 |
| 3.3 日本血吸虫转录组数据的研究 | 第32-45页 |
| 3.3.1 研究基本策略内容和意义 | 第32页 |
| 3.3.2 EST 及EST 拼接结果分析 | 第32-33页 |
| 3.3.3 拼接序列同源性比对的基本情况 | 第33-36页 |
| 3.3.4 拼接序列Interpro Domain 分析结果 | 第36-42页 |
| 3.3.5 血吸虫全长基因分析 | 第42-43页 |
| 3.3.6 血吸虫基因功能预测 | 第43-45页 |
| 3.4 血吸虫数据库平台网站建设 | 第45-49页 |
| 第四章 结论与展望 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-53页 |
| 致谢 | 第53页 |
